| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 858374 = | 91 (0.930) | 7 (0.080) | 5/146 | NT | 8.1% | intergenic (+69/‑70) | gapA1/pgk | Glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase 1/Phosphoglycerate kinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 858405 = | 75 (0.840) | intergenic (+100/‑39) | gapA1/pgk | Glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase 1/Phosphoglycerate kinase | |||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
AGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACCATGGCTAAAAAAATTGTTTCTGATTTAGATCTTAAAGGTAAAACAGTCC > USA300TCH1516_ALE/858315‑858492 | gaaacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTAt > 1:1501081‑M1/60‑91 (MQ=255)gaaacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTAt > 1:1501087‑M1/60‑91 (MQ=255) aacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTAttt > 1:1185058‑M1/58‑91 (MQ=255) caatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTAttttt > 1:2625213‑M1/56‑91 (MQ=255) caatttttttagccagggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTAttttt > 1:2625203‑M1/56‑91 (MQ=255) aTTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTTAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtata < 1:3511519/91‑1 (MQ=255) aTTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtata < 1:2741143/91‑1 (MQ=255) aTTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtata < 1:3928251/91‑1 (MQ=255) aTTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtata < 1:2356476/91‑1 (MQ=255) aTTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtata > 1:2478157/1‑91 (MQ=255) aTTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtata < 1:2742218/91‑1 (MQ=255) ttCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatat < 1:1697958/91‑1 (MQ=255) ttCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatat < 1:1698211/91‑1 (MQ=255) tCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatata < 1:1780092/91‑1 (MQ=255) tCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatata > 1:2563481/1‑91 (MQ=255) tCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatata > 1:2493529/1‑91 (MQ=255) tCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatata < 1:563311/91‑1 (MQ=255) tCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatata < 1:1779957/91‑1 (MQ=255) aaTACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATaaaa > 1:1351249/1‑91 (MQ=255) aTACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAAt > 1:2250502/1‑91 (MQ=255) aTACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAAt > 1:2414283/1‑91 (MQ=255) tACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAAtt > 1:644501/1‑91 (MQ=255) cGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTc < 1:4107253/91‑1 (MQ=255) cGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTc < 1:4107478/91‑1 (MQ=255) gCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTcc < 1:281673/91‑1 (MQ=255) gCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTcc > 1:2660373/1‑91 (MQ=255) gCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTcc < 1:1853006/91‑1 (MQ=255) gCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTcc < 1:281911/91‑1 (MQ=255) gCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTcc < 1:439858/91‑1 (MQ=255) cTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCt < 1:387015/91‑1 (MQ=255) 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tATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAggagga < 1:2848297/91‑1 (MQ=255) aTTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGaa > 1:616722/1‑91 (MQ=255) aTTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGaa < 1:1626094/91‑1 (MQ=255) aTTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGaa < 1:1626040/91‑1 (MQ=255) tttAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGaaa > 1:1843720/1‑91 (MQ=255) tAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAaca > 1:775499/1‑91 (MQ=255) gCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACAcc > 1:3049761/1‑91 (MQ=255) gCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACAcc > 1:553879/1‑91 (MQ=255) gCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACAcc > 1:310421/1‑91 (MQ=255) gCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACAcc > 1:314141/1‑91 (MQ=255) cATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACCa < 1:907844/91‑1 (MQ=255) ttaattaaAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACCATg > 1:142006/1‑91 (MQ=255) taattaaAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACCATgg < 1:1166268/91‑1 (MQ=255) taaAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACCATGGCTaa < 1:564327/91‑1 (MQ=255) aGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACCATGGCTaaaaa > 1:2677518/1‑91 (MQ=255) aGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACCATGGCTaaaaa > 1:3472890/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |