| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 868058 = | 90 (0.920) | 6 (0.070) | 5/146 | NT | 7.3% | coding (206/465 nt) | smpB | SsrA‑binding protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 868096 = | 70 (0.780) | coding (244/465 nt) | smpB | SsrA‑binding protein | |||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
CAATTCGCCGAGGTAGTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGAAAATTATTATTGCACAAGCGTGAAATCATTAAATTGGGTGATCAAAC > USA300TCH1516_ALE/867968‑868148 | cAATTCGCCGAGGTAGTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATa < 1:271228/91‑1 (MQ=255)cAATTCGCCGAGGTAGTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATATATTTGAATAATATGCATATAGCACCATa > 1:3330982/1‑91 (MQ=255) agctttaacggcacaatcgaataaccaatctcacgtgtttgatcacccaatttaatgatttcacgcttgtgcaataataattttcgagaAc < 1:1746035‑M1/2‑1 (MQ=255) agctttaacggcacaatcgaataaccaatctcacgtgtttgatcacccaatttaatgatttcacgcttgtgcaataataattttcgagaAc < 1:4108188‑M1/2‑1 (MQ=255) agctttaacggcacaatcgaataaccaatctcacgtgtttgatcacccaatttaatgatttcacgcttgtgcaataataattttcgagaAc < 1:2669495‑M1/2‑1 (MQ=255) agctttaacggcacaatcgaataaccaatctcacgtgtttgatcacccaatttaatgatttcacgcttgtgcaataataattttcgagaAc < 1:2966823‑M1/2‑1 (MQ=255) gctttaacggcacaatcgaataaccaatctcacgtgtttgatcacccaatttaatgatttcacgcttgtgcaataataattttcgagaACg < 1:3815830‑M1/3‑1 (MQ=255) gctttaacggcacaatcgaataaccaatctcacgtgtttgatcacccaatttaatgatttcacgcttgtgcaataataattttcgagaACg > 1:1394061‑M1/89‑91 (MQ=255) tttaacggcacaatcgaataaccaatctcacgtgtttgatcacccaatttaatgatttcacgcttgtgcaataataattttcgagaACgaa < 1:795487‑M1/5‑1 (MQ=255) tCGCCGAGGTAGTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACgaa > 1:472989/1‑91 (MQ=255) ttaacggcacaatcgaataaccaatctcacgtgtttgatcacccaatttaatgatttcacgcttgtgcaataataattttcgagaACgaag > 1:374039‑M1/86‑91 (MQ=255) ttaacggcacaatcgaataaccaatctcacgtgtttgatcacccaatttaatgatttcacgcttgtgcaataataattttcgagaACgaag > 1:1496745‑M1/86‑91 (MQ=255) ttaacggcacaatcgaataaccaatctcacgtgtttgatcacccaatttaatgatttcacgcttgtgcaataataattttcgagaACgaag > 1:549414‑M1/86‑91 (MQ=255) taacggcacaatcgaataaccaatctcacgtgtttgatcacccaatttaatgatttcacgcttgtgcaataataattttcgagaACgaaga < 1:2760539‑M1/7‑1 (MQ=255) taacggcacaatcgaataacaaatctcacgtgtttgatcacccaatttaatgatttcacgcttgtgcaataataattttcgagaACgaaga < 1:227342‑M1/7‑1 (MQ=255) ccGAGGTAGTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACgaagaa > 1:2172237/1‑91 (MQ=255) cGAGGTAGTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGaagaag < 1:1480755/91‑1 (MQ=255) cGAGGTAGTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGaagaag < 1:2126830/91‑1 (MQ=255) gAGGTAGTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAgg > 1:2856928/1‑91 (MQ=255) aGGTAGTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAggg < 1:2472145/91‑1 (MQ=255) ggTCGTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGa < 1:3263912/91‑1 (MQ=255) ggTAGTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGa > 1:3744601/1‑91 (MQ=255) ggTAGTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGa > 1:724818/1‑91 (MQ=255) gTAGTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGaa < 1:1547774/91‑1 (MQ=255) gTAGTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGaa < 1:2564712/91‑1 (MQ=255) gTAGTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGaa < 1:2564688/91‑1 (MQ=255) gTAGTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGaa < 1:2441654/91‑1 (MQ=255) tAGTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAAt < 1:3935281/91‑1 (MQ=255) gTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCg < 1:17731/91‑1 (MQ=255) gTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCg < 1:17433/91‑1 (MQ=255) gTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCg < 1:737485/91‑1 (MQ=255) gTGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCg > 1:3156090/1‑91 (MQ=255) tGCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGt < 1:2604727/91‑1 (MQ=255) gCTAACCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGtt > 1:2513635/1‑91 (MQ=255) aCCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTaa > 1:1368532/1‑91 (MQ=255) aCCTTAAAGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTaa > 1:1365432/1‑91 (MQ=255) aaGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGa > 1:2347955/1‑91 (MQ=255) aaGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGa > 1:639948/1‑91 (MQ=255) aGATAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGAt > 1:1150506/1‑91 (MQ=255) ctcacgtgtttgatcacccaatttaatgatttcacgcttgtgcaataataattttcgagaACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATcc > 1:3113103‑M1/61‑91 (MQ=255) aTAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATcc < 1:1299116/91‑1 (MQ=255) tAGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCct > 1:1102743/1‑91 (MQ=255) aGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCctc > 1:311903/1‑91 (MQ=255) aGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCctc < 1:3115444/91‑1 (MQ=255) aGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCctc > 1:602326/1‑91 (MQ=255) aGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCctc > 1:1496967/1‑91 (MQ=255) aGTTATGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCctc < 1:3614589/91‑1 (MQ=255) cgtgtttgatcacccaatttaatgatttcacgcttgtgcaataataattttcgagaACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCtt > 1:4033792‑M1/57‑91 (MQ=255) tgtttgatcacccaatttaatgatttcacgcttgtgcaataataattttcgagaACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCg > 1:268495‑M1/55‑91 (MQ=255) tGCGCAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGt < 1:3612568/91‑1 (MQ=255) gcgcAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGtt < 1:1037839/91‑1 (MQ=255) ttgatcacccaatttaatgatttcacgcttgtgcaataataattttcgagaACGAAG‑‑‑GGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCg > 1:160841‑M1/52‑91 (MQ=255) cgcAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTtc < 1:3600910/91‑1 (MQ=255) cgcAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTtc < 1:1166357/91‑1 (MQ=255) cgcAAGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTtc > 1:884146/1‑91 (MQ=255) aaGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCg < 1:1743451/91‑1 (MQ=255) aaGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCg < 1:2622912/91‑1 (MQ=255) aaGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCg < 1:1902686/91‑1 (MQ=255) aGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGa > 1:1804106/1‑91 (MQ=255) aGTTAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGa > 1:3485493/1‑91 (MQ=255) ttAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGATTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGaaa > 1:3320944/1‑91 (MQ=255) tAAAAACGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGaaaa < 1:2148319/91‑1 (MQ=255) aaaaCGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGAAAatt > 1:3687633/1‑91 (MQ=255) aaaaCGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGAAAatt < 1:2646167/91‑1 (MQ=255) aaaCGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGAAAatta > 1:3429977/1‑91 (MQ=255) aaaCGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGAAAatta > 1:925132/1‑91 (MQ=255) aaCGGTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGAAAattat > 1:2423550/1‑91 (MQ=255) ggTGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGAAAattattat < 1:1843557/91‑1 (MQ=255) tGAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGAAAATTATTATTg > 1:1660267/1‑91 (MQ=255) gAAATGTATTTGAATAATATGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGAAAATTATTATTGc > 1:1451947/1‑91 (MQ=255) 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tatGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGAAAATTATTATTGCACAAGCGTGAAATCAtt > 1:4096153/1‑91 (MQ=255) tGCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGAAAATTATTATTGCACAAGCGTGAAATCATTaa < 1:1922422/91‑1 (MQ=255) gCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGAAAATTATTATTGCACAAGCGTGAAATCATTaaa < 1:1909190/91‑1 (MQ=255) gCATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGAAAATTATTATTGCACAAGCGTGAAATCATTaaa > 1:1198495/1‑91 (MQ=255) cATATAGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGAAAATTATTATTGCACAAGCGTGAAATCATTAAAt > 1:906036/1‑91 (MQ=255) ataGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGAAAATTATTATTGCACAAGCGTGAAATCATTAAATTgg < 1:4058594/91‑1 (MQ=255) ataGCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGAAAATTATTATTGCACAAGCGTGAAATCATTAAATTgg < 1:2778602/91‑1 (MQ=255) gCACCATACGAAGAAGGGAATCGTTTTAATCACGATCCTCTTCGTTCTCGAAAATTATTATTGCACAAGCGTGAAATCATTAAATTGGGTg > 1:3079904/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |