New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 868305 = | 81 (0.820) | 9 (0.100) | 5/148 | NT | 11.7% | coding (453/465 nt) | smpB | SsrA‑binding protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 868342 = | 61 (0.670) | intergenic (+25/+1297) | smpB/USA300HOU_RS04240 | SsrA‑binding protein/hypothetical protein |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
ACTTGGTGTTGCACGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGT > USA300TCH1516_ALE/868215‑868392 | cctgtcgaatccatgaacgtccccgaaataataaatcaaacaaatcatacttttgtaatttacaaaagcacatatacctatatcaaatata > 1:1936445‑M1/91‑91 (MQ=255) cctgtcgaatccatgaacgtccccgaaataataaatcaaacaaatcatacttttgtaatttacaaaagcacatataactatatcaaatata < 1:2748344‑M1/1‑1 (MQ=255) aCTTGGTGTTGCACGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAA > 1:3450051‑M1/1‑91 (MQ=255) ctgtcgaatccatgaacgtccccgaaataataaatcaaacaaatcatacttttgtaatttacaaaagcacatataactatatcaaatatAg < 1:2999701‑M1/2‑1 (MQ=255) cTTGGTGTTGCACGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAG < 1:3423643‑M1/91‑1 (MQ=255) cTTGGTGTTGCACGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAG > 1:2175375‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGGTGTTGCACGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGC > 1:2597287‑M1/1‑91 (MQ=255) gtcgaatccatgaacgtccccgaaataataaatcaaacaaatcatacttttgtaatttacaaaagcacatataactatatcaaatatAGcc < 1:2777073‑M1/4‑1 (MQ=255) ggTGTTGCACGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCC > 1:3671223‑M1/1‑91 (MQ=255) tgtTGCACGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGt < 1:344797/91‑1 (MQ=255) tGCACGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGttat > 1:3038393/1‑91 (MQ=255) tGCACGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGttat < 1:180046/91‑1 (MQ=255) gCACGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGttatt > 1:1762270/1‑91 (MQ=255) cACGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGttatta > 1:705246/1‑91 (MQ=255) aCGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGTTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTaa < 1:3535730/91‑1 (MQ=255) aCGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTaa < 1:413696/91‑1 (MQ=255) aCGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTaa < 1:1373291/91‑1 (MQ=255) gAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGc < 1:2322372/91‑1 (MQ=255) aGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCg < 1:902647/91‑1 (MQ=255) ggTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGa < 1:223684/91‑1 (MQ=255) ggaaGAAAAAAGATGATAAGCGCCAAGCTCTGAAAGAAAAAGCAGTCAATCGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGAt < 1:1894877/89‑1 (MQ=255) gTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGAt > 1:362815/1‑91 (MQ=255) gTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGAt < 1:5731/91‑1 (MQ=255) gTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGAt < 1:5646/91‑1 (MQ=255) aaGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGAttt > 1:3355903/1‑91 (MQ=255) ccccgaaataataaatcaaacaaatcatacttttgtaatttacaaaagcacatataactatatcaaatatAGCCCG‑‑ATTAAGCGATTTAGt > 1:547743‑M1/71‑91 (MQ=255) ccccgaaataataaatcaaacaaatcatacttttgtaatttacaaaagcacatataactatatcaaatatAGCCCG‑‑ATTAAGCGATTTAGt > 1:547732‑M1/71‑91 (MQ=255) aGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTa < 1:3680775/91‑1 (MQ=255) ccgaaataataaatcaaacaaatcatacttttgtaatttacaaaagcacatataactatatcaaatatAGCCCG‑‑ATTAAGCGATTTAGTTg > 1:2583364‑M1/69‑91 (MQ=255) aaaaaaTATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGt < 1:4145069/91‑1 (MQ=255) aaaaaTATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGtt > 1:2819734/1‑91 (MQ=255) aaaaaTATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGtt < 1:3532387/91‑1 (MQ=255) aaaaaTATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGtt < 1:881215/91‑1 (MQ=255) aaaaTATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTg < 1:772592/91‑1 (MQ=255) aaaTATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGc < 1:3608802/91‑1 (MQ=255) aaaTATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGc < 1:470491/91‑1 (MQ=255) aaaTATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGc > 1:1104222/1‑91 (MQ=255) aaaCATGATAAACGTCAAGCGTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAGCGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGc < 1:650948/91‑1 (MQ=255) aaTATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGttattaagcaactaaatcgct < 1:769201‑M1/91‑22 (MQ=255) aaTATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGattaagcaactaaatcgctta < 1:3439019‑M1/91‑22 (MQ=255) aaTATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCt > 1:2855527/1‑91 (MQ=255) atatGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGattaagcaactaaatcgcttaa < 1:533929‑M1/91‑23 (MQ=255) atatGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGattaagcaactaaatcgcttaa < 1:533958‑M1/91‑23 (MQ=255) atatGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCtt > 1:309914/1‑91 (MQ=255) atatGATAAACGTCAAGCTTTGAAACAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCtt < 1:3864664/91‑1 (MQ=255) atGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGattaagcaactaaatcgcttaata < 1:1090251‑M1/91‑25 (MQ=255) tGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAAt < 1:1683918/91‑1 (MQ=255) tGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAAt > 1:1099634/1‑91 (MQ=255) tGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAAt > 1:1099456/1‑91 (MQ=255) ataaatcaaacaaatcatacttttgtaatttacaaaagcacatataactatatcaaatatAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAAt > 1:722631‑M1/61‑91 (MQ=255) ataaatcaaacaaatcatacttttgtaatttacaaaagcacatataactatatcaaatatAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAAt > 1:1785344‑M1/61‑91 (MQ=255) gATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATc < 1:88791‑M2/91‑2 (MQ=255) atcaaacaaatcatacttttgtaatttacaaaagcacatataactatatcaaatatAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCggg > 1:2531838‑M1/57‑91 (MQ=255) aaaCGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGattaagcaactaaatcgcttaataacggg < 1:1063166‑M1/91‑30 (MQ=255) aaaCGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcggg > 1:3039554‑M2/1‑87 (MQ=255) aaaCGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcggg > 1:2133031‑M2/1‑87 (MQ=255) aaaCGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcggg > 1:2133269‑M2/1‑87 (MQ=255) aaaCGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcggg > 1:2133159‑M2/1‑87 (MQ=255) aacaaatcatacttttgtaatttacaaaagcacatataactatatcaaatatAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCtat > 1:2155118‑M1/53‑91 (MQ=255) tCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCGAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGGCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCtata < 1:3857698/91‑1 (MQ=255) cAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTatat < 1:1278972/91‑1 (MQ=255) aaGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATCtt > 1:814782/1‑91 (MQ=255) aGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATAttt < 1:708234/91‑1 (MQ=255) gCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTg < 1:3609799/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGa < 1:2821792/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGa < 1:2975062/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGa < 1:484066/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGa < 1:3819785/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGa < 1:890556/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGa < 1:2272835/91‑1 (MQ=255) gaaaAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTta > 1:1030413/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTtat < 1:1507481/91‑1 (MQ=255) aaaaGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATCGTtata < 1:3221901/91‑1 (MQ=255) aaaaGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTtata < 1:863289/91‑1 (MQ=255) cAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGc > 1:1750120/1‑91 (MQ=255) cAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGc > 1:201597/1‑91 (MQ=255) aGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCt < 1:144072/91‑1 (MQ=255) aGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCt > 1:2557696/1‑91 (MQ=255) 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agaTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAAt > 1:4094969/1‑91 (MQ=255) aTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTa < 1:3970195/91‑1 (MQ=255) aTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTa > 1:304482/1‑91 (MQ=255) gTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTACTTTTGTAATTTACa < 1:2830205/91‑1 (MQ=255) ttGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACaa > 1:112299/1‑91 (MQ=255) tGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACaaa < 1:2917441/91‑1 (MQ=255) gcgcgcGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACaaaa < 1:1979475/91‑1 (MQ=255) cgcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTa < 1:2559127/91‑1 (MQ=255) cgcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTa < 1:3804800/91‑1 (MQ=255) cgcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTa < 1:1869323/91‑1 (MQ=255) atatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTATAAAAGTATGAt < 1:316404/91‑1 (MQ=255) atatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTCTGTAAATTACAAAAGTATGAt > 1:908205/1‑91 (MQ=255) atatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATCTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAt > 1:2670035/1‑91 (MQ=255) tatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAtt < 1:223021/91‑1 (MQ=255) | ACTTGGTGTTGCACGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGT > USA300TCH1516_ALE/868215‑868392 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |