| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 868305 = | 81 (0.820) | 9 (0.100) | 5/148 | NT | 11.7% | coding (453/465 nt) | smpB | SsrA‑binding protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 868342 = | 61 (0.670) | intergenic (+25/+1297) | smpB/USA300HOU_RS04240 | SsrA‑binding protein/hypothetical protein | |||||
GTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCATGGATTCGACAGG > USA300TCH1516_ALE/868253‑868431 | aacaaatcatacttttgtaatttacaaaagcacatataactatatcaaatatAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCtat > 1:2155118‑M1/53‑91 (MQ=255) tCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCGAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGGCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCtata < 1:3857698/91‑1 (MQ=255) cAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTatat < 1:1278972/91‑1 (MQ=255) aaGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATCtt > 1:814782/1‑91 (MQ=255) aGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATAttt < 1:708234/91‑1 (MQ=255) gCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTg < 1:3609799/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGa < 1:2821792/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGa < 1:3819785/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGa < 1:484066/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGa < 1:3819190/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGa < 1:632041/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGa < 1:2975062/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGa < 1:2272796/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGa < 1:890556/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGa < 1:2272835/91‑1 (MQ=255) gaaaAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTta > 1:1030413/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTtat < 1:1507481/91‑1 (MQ=255) aaaaGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATCGTtata < 1:3221901/91‑1 (MQ=255) aaaaGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTtata < 1:863289/91‑1 (MQ=255) aaaGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTatat > 1:1772932/1‑91 (MQ=255) cAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGc > 1:201597/1‑91 (MQ=255) cAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGc > 1:1750120/1‑91 (MQ=255) aGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCt < 1:2851926/91‑1 (MQ=255) aGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCt > 1:2557696/1‑91 (MQ=255) aGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCt < 1:144072/91‑1 (MQ=255) aGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCt < 1:144056/91‑1 (MQ=255) gTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCtt > 1:1226359/1‑91 (MQ=255) cAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCtttt < 1:2729596/91‑1 (MQ=255) aaCGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGt > 1:966826/1‑91 (MQ=255) aaCGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGt > 1:3354212/1‑91 (MQ=255) aaCGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGt > 1:3354516/1‑91 (MQ=255) cGAGATGTTGCGCGCGATATGAGAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTaa < 1:1814010/91‑1 (MQ=255) cGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTaa > 1:640318/1‑91 (MQ=255) agaTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAAt > 1:4094969/1‑91 (MQ=255) aTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTa > 1:304482/1‑91 (MQ=255) aTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTa < 1:3970195/91‑1 (MQ=255) gTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTACTTTTGTAATTTACa < 1:2830205/91‑1 (MQ=255) ttGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACaa > 1:112299/1‑91 (MQ=255) tGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACaaa < 1:2917441/91‑1 (MQ=255) gcgcgcGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACaaaa < 1:1979475/91‑1 (MQ=255) cgcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTa < 1:1869323/91‑1 (MQ=255) cgcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTa < 1:3804800/91‑1 (MQ=255) cgcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTa < 1:2559127/91‑1 (MQ=255) atatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTATAAAAGTATGAt < 1:316404/91‑1 (MQ=255) atatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAt > 1:46398/1‑91 (MQ=255) atatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTCTGTAAATTACAAAAGTATGAt > 1:908205/1‑91 (MQ=255) atatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATCTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAt > 1:2670035/1‑91 (MQ=255) tatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAtt < 1:223021/91‑1 (MQ=255) gAAAGCCCGTTAGTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAtttgt > 1:3182547/1‑91 (MQ=255) atagcccgattaagcaactaaatcgcttaataacgggctATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAtttgtt > 1:2155118‑M2/40‑91 (MQ=255) cccgattaagcaactaaatcgcttaataacgggctATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGAt > 1:2531838‑M2/36‑91 (MQ=255) cccgattaagcaactaaatcgcttaataacgggctATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTGGTTTGAt > 1:2079890‑M2/36‑91 (MQ=255) CCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGAtt > 1:685682‑M1/1‑91 (MQ=255) tGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGAttt > 1:80207‑M1/2‑91 (MQ=255) cgattaagcaactaaatcgcttaataacgggctATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGAttt > 1:1226686‑M2/34‑91 (MQ=255) CGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGAttt > 1:891507‑M1/1‑91 (MQ=255) CGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGAttt < 1:3024731‑M1/91‑1 (MQ=255) GTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTa > 1:345512‑M1/1‑91 (MQ=255) GTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTa > 1:935093‑M1/1‑91 (MQ=255) ttattaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttat < 1:2199350/91‑1 (MQ=255) ttattaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttat < 1:2199239/91‑1 (MQ=255) ttattaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttat < 1:62160/91‑1 (MQ=255) attaagcaactaaatcgcttaataacgggctATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttat > 1:722631‑M2/32‑91 (MQ=255) attaagcaactaaatcgcttaataacgggctATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttat > 1:1785344‑M2/32‑91 (MQ=255) attaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAACTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttatta > 1:3328293/1‑91 (MQ=255) taAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTattatt > 1:512688/1‑91 (MQ=255) aaGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTAttt > 1:2302322/1‑91 (MQ=255) aaGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTAttt > 1:2302609/1‑91 (MQ=255) aGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTc < 1:3661223/91‑1 (MQ=255) gCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCg < 1:1132923/91‑1 (MQ=255) gCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCg < 1:1133789/91‑1 (MQ=255) caactaaatcgcttaatcgggctATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCgg > 1:2583364‑M2/24‑91 (MQ=255) actaaatcgcttaatcgggctATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCgggg > 1:547732‑M2/22‑91 (MQ=255) actaaatcgcttaatcgggctATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCgggg > 1:547743‑M2/22‑91 (MQ=255) tAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACg > 1:2624254/1‑91 (MQ=255) aGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGt < 1:709407/91‑1 (MQ=255) tGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCa > 1:345631/1‑91 (MQ=255) tGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCa < 1:2723998/91‑1 (MQ=255) cTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCATg > 1:2384110/1‑91 (MQ=255) cTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCATg < 1:1630950/91‑1 (MQ=255) ttAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCATgg < 1:3881415/91‑1 (MQ=255) aaTCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCATGGAt < 1:2656503/91‑1 (MQ=255) aTCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCATGGAtt > 1:147077/1‑91 (MQ=255) tCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCATGGATTc > 1:1251575/1‑91 (MQ=255) ggctATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCATGGATTCGAc < 1:2777073‑M2/87‑1 (MQ=255) ggctATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCATGGATTCGAc > 1:3481613‑M2/5‑91 (MQ=255) ctATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCATGGATTCGACAg < 1:2999701‑M2/89‑1 (MQ=255) tATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCATGGATTCGACAgg < 1:2748344‑M2/90‑1 (MQ=255) tATATTTGATATAGGTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCATGGATTCGACAgg > 1:1936445‑M2/2‑91 (MQ=255) | GTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCATGGATTCGACAGG > USA300TCH1516_ALE/868253‑868431 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |