| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 869579 = | 125 (1.270) | 10 (0.120) | 7/140 | NT | 9.4% | intergenic (+1262/+60) | smpB/USA300HOU_RS04240 | SsrA‑binding protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 869621 = | 84 (0.980) | intergenic (+1304/+18) | smpB/USA300HOU_RS04240 | SsrA‑binding protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
TAAAAGGCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTAGTATGTTTATTTTTATTTTAGGATGCTATTTATCAACTCAACA > USA300TCH1516_ALE/869489‑869669 | gttaatgatatattagaaggttataaaaatagtgagttatatgttgagttgataaatagcatcctaaaataaaaataaacatactaagatt < 1:3134611‑M1/1‑1 (MQ=255) aaaGGCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAg < 1:3653571/91‑1 (MQ=255) aatgatatattagaaggttataaaaatagtgagttatatgttgagttgataaatagcatcctaaaataaaaataaacatactaagatTAGc < 1:3610927‑M1/4‑1 (MQ=255) aaGGCTAGAGTAAAGCTTACTTGTTGATTATACATATTTGAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGc < 1:3856579/91‑1 (MQ=255) aaGGCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGc > 1:2531168/1‑91 (MQ=255) aaGGCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGc > 1:3090058/1‑91 (MQ=255) atgatatattagaaggttataaaaatagtgagttatatgttgagttgataaatagcatcctaaaataaaaataaacatactaagatTAGCt < 1:3169929‑M1/5‑1 (MQ=255) aGGCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCt > 1:3077550/1‑91 (MQ=255) aGGCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCt > 1:4149140/1‑91 (MQ=255) tgatatattagaaggttataaaaatagtgagttatatgttgagttgataaatagcatcctaaaataaaaataaacatactaagatTAGCTa > 1:81475‑M1/86‑91 (MQ=255) ggCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTa > 1:442362/1‑91 (MQ=255) ggCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTa < 1:1203202/91‑1 (MQ=255) gCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTAt > 1:863335/1‑91 (MQ=255) gCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTAt > 1:1317241/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |