| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 933411 | 69 (0.700) | 24 (0.300) | 13/130 | NT | 27.0% | intergenic (+28/+31) | USA300HOU_RS04645/yjlD | hypothetical protein/NADH dehydrogenase‑like protein YjlD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 933421 | 74 (0.930) | intergenic (+38/+21) | USA300HOU_RS04645/yjlD | hypothetical protein/NADH dehydrogenase‑like protein YjlD | |||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GATGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGATTTTAAAATAGAAGCGAGTC > USA300TCH1516_ALE/933321‑933500 | gATGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGT > 1:1751789‑M1/1‑91 (MQ=255) ggTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAAt > 1:3406794/1‑91 (MQ=255) ggTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAAt > 1:1501007/1‑91 (MQ=255) ttATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAg < 1:1693101/91‑1 (MQ=255) atataCAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAgtg > 1:3002999/1‑91 (MQ=255) tataCAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTtcacacta < 1:1401857‑M1/91‑9 (MQ=255) tataCAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTtcacacta < 1:1402557‑M1/91‑9 (MQ=255) ataCAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTtcacactat < 1:119328‑M1/91‑10 (MQ=255) ataCAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGtgtg > 1:2555389/1‑91 (MQ=255) caaacaaaGCAGATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAAGAATATACACATTACTAAAAGCAATGTCAGTtcacactattac < 1:1199282‑M1/91‑13 (MQ=255) caaacaaaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAac < 1:2994898‑M2/91‑3 (MQ=255) aacaaaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAGAGCTTGTGAATGGATAATATATACACAACTAAAAGCAATGTCAGTtcacactattactg < 1:3309735‑M1/91‑15 (MQ=255) aacaaaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAactg > 1:2899693‑M2/1‑87 (MQ=255) acaaaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTtcacactattactga < 1:2367535‑M1/91‑16 (MQ=255) caaaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTtcacactattactgac < 1:3489816‑M1/91‑17 (MQ=255) caaaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTtcacactattactgac < 1:3490016‑M1/91‑17 (MQ=255) caaaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTtcacactattactgac < 1:2069947‑M1/91‑17 (MQ=255) aaaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTtcacactattactgaca < 1:1069271‑M1/91‑18 (MQ=255) aaaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTtcacactattactgaca < 1:1633334‑M1/91‑18 (MQ=255) aaaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTtcacactattactgaca < 1:1210324‑M1/91‑18 (MQ=255) aaaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAactgaca < 1:2279252‑M2/91‑8 (MQ=255) aaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTtcacactattactgacat < 1:751882‑M1/91‑19 (MQ=255) aaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAactgacat < 1:2698450‑M2/91‑9 (MQ=255) aaaTCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACATATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAactgacattgct < 1:4145897‑M2/91‑13 (MQ=255) aaaTCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTtcacactattactgacattgct < 1:1628712‑M1/91‑23 (MQ=255) aaaTCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTtcacactattactgacattgct < 1:1628787‑M1/91‑23 (MQ=255) aaTCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAactgacattgctt < 1:470862‑M2/91‑14 (MQ=255) tCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAactgacattgctttt > 1:3085873‑M2/1‑76 (MQ=255) cACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCttttt > 1:3127698/1‑91 (MQ=255) aCTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTtttta > 1:427269/1‑91 (MQ=255) tCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTttttaat < 1:2737123/91‑1 (MQ=255) gATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAACGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTttttaattt < 1:3868970/91‑1 (MQ=255) aTTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTttttaatttt < 1:1964085/91‑1 (MQ=255) tataGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAAc < 1:1804323/91‑1 (MQ=255) ataGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAATTGACATTGCTTTTTAATTTTAAcc > 1:1219152/1‑91 (MQ=255) ataGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAAcc < 1:2464673/91‑1 (MQ=255) ataGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAAcc > 1:3920982/1‑91 (MQ=255) ataGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGGCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAAcc < 1:2464587/91‑1 (MQ=255) taGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCa > 1:3875380/1‑91 (MQ=255) aGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTtcacactattactgacattgcttttagttatgtgtata < 1:3358649‑M1/91‑39 (MQ=255) aCCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATtg < 1:1731631/91‑1 (MQ=255) ccAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATtgt < 1:3247100/91‑1 (MQ=255) aaGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGata > 1:4010839/1‑91 (MQ=255) gCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATAtt > 1:438094/1‑91 (MQ=255) ttGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTta > 1:3908765/1‑91 (MQ=255) gtgAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTtata > 1:1635584/1‑91 (MQ=255) gtgAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTtata < 1:373095/91‑1 (MQ=255) gtgAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTtata > 1:1812796/1‑91 (MQ=255) aatgaatAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATaa < 1:54284/91‑1 (MQ=255) aatgaatAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATaa < 1:56876/91‑1 (MQ=255) atgaatAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAAc > 1:1428653/1‑91 (MQ=255) tgaatAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAAcc < 1:3227470/91‑1 (MQ=255) gaatAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttt < 1:633114‑M2/91‑48 (MQ=255) gaatAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCa < 1:644588/91‑1 (MQ=255) aataatATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCaa < 1:1052291/91‑1 (MQ=255) taataTACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAg > 1:292536/1‑91 (MQ=255) atatACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTa < 1:2399606/91‑1 (MQ=255) tataCACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttttggtct < 1:3358649‑M2/91‑54 (MQ=255) taCACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGc > 1:3573232/1‑91 (MQ=255) taCACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGc < 1:2838932/91‑1 (MQ=255) acacATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGcc > 1:490635/1‑91 (MQ=255) acacATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGcc > 1:2829218/1‑91 (MQ=255) cacaTAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAGTTTTAACCATTGTCATATTTATATAACCAAAGTGCGCCg > 1:3860983/1‑91 (MQ=255) cacaTAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTATGCCg < 1:3277158/91‑1 (MQ=255) cacaTAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCg > 1:864619/1‑91 (MQ=255) cacaTAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCg > 1:3060608/1‑91 (MQ=255) cacaTAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCg > 1:2829276/1‑91 (MQ=255) cTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGATTTTa < 1:676130/91‑1 (MQ=255) tAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGATTTTaa < 1:2312625/91‑1 (MQ=255) aaaaGCAATGTCAGTtcacactattactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttttggtctataaatcgagtga > 1:3085873‑M1/1‑15 (MQ=255) aaaGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGATTTTaaaa < 1:145306/91‑1 (MQ=255) aaaGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGATTTTaaaa > 1:1791137/1‑91 (MQ=255) aaGCAATGTCAGTtcacactattactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttttggtctataaatcgagtgatt < 1:470862‑M1/91‑79 (MQ=255) aGCAATGTCAGTtcacactattactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttttggtctataaatcgagtgattt < 1:433442‑M1/91‑80 (MQ=255) aGCAATGTCAGTtcacactattactgacattgcttttagttatatgtatattattcattcacaagcttttggtctataaatcgagtgattt < 1:4145897‑M1/91‑80 (MQ=255) aGCAATGTCAGTAATAGTGTGAactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttttggtctataaatcgagtgattt < 1:1628712‑M2/91‑70 (MQ=255) aaTGTCAGTAATAGTGTGAactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttttggtctataaatcgagtgatttgct < 1:329008‑M2/91‑73 (MQ=255) aTGTCAGTtcacactattactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttttggtctataaatcgagtgatttgctt < 1:2698450‑M1/91‑84 (MQ=255) aTGTCAGTAATAGTGTGAactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttttggtctataaatcgagtgatttgctt < 1:2835830‑M2/91‑74 (MQ=255) aTGTCAGTAATAGTGTGAactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttttggtctataaatcgagtgatttgctt < 1:751882‑M2/91‑74 (MQ=255) aTGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGATTTTAAAATAGAAg > 1:2995717/1‑91 (MQ=255) aTGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGATTTTAAAATAGAAg > 1:1155285/1‑91 (MQ=255) tGTCAGTtcacactattactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttttggtctataaatcgagtgatttgcttt < 1:2279252‑M1/91‑85 (MQ=255) tGTCAGTAATAGTGTGAactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttttggtctataaatcgagtgatttgcttt < 1:1069271‑M2/91‑75 (MQ=255) tGTCAGTAATAGTGTGAactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttttggtctataaatcgagtgatttgcttt < 1:702050‑M2/91‑75 (MQ=255) tGTCAGTAATAGTGTGAactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttttggtctataaatcgagtgatttgcttt < 1:1210324‑M2/91‑75 (MQ=255) tGTCAGTAATAGTGTGAactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttttggtctataaatcgagtgatttgcttt < 1:1633334‑M2/91‑75 (MQ=255) tGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGATTTTAAAATAGAAGc > 1:576414/1‑91 (MQ=255) tGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGATTTTAAAATAGAAGc > 1:3155515/1‑91 (MQ=255) gTCAGTAATAGTGTGAactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttttggtctataaatcgagtgatttgctttg < 1:3490016‑M2/91‑76 (MQ=255) gTCAGTAATAGTGTGAactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttttggtctataaatcgagtgatttgctttg < 1:3489826‑M2/91‑76 (MQ=255) gTCAGTAATAGTGTGAactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttttggtctataaatcgagtgatttgctttg < 1:3489816‑M2/91‑76 (MQ=255) gTCAGTAATAGTGTGAactgacattgcttttagttatgtgtatattattcattcacaagcttttggtctataaatcgagtgatatgctttg < 1:2069445‑M2/91‑76 (MQ=255) gTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGATTTTAAAATAGAAGCg < 1:82793/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |