New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 943421 = | 100 (1.020) | 7 (0.080) | 4/142 | NT | 7.6% | coding (1462/1497 nt) | mnhD1_2 | Na(+)/H(+) antiporter subunit D1 |
? | USA300TCH1516_ALE | 943487 = | 81 (0.930) | coding (1396/1497 nt) | mnhD1_2 | Na(+)/H(+) antiporter subunit D1 |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CACAAACAACCAAAACACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAAC > USA300TCH1516_ALE/943331‑943505 | gtcaaccaaaaggatatgatcttaataacaaagtcgacgtcaaatatttaactacgattgcaatcgttgcagttgtgataactgttttata > 1:3765866‑M1/91‑91 (MQ=255) cacaAACAACCAATACACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGa < 1:2638606/91‑1 (MQ=255) cacaAACAACCAAAACACTGCGATAATAGAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGa < 1:1888730/91‑1 (MQ=255) caaccaaaaggatatgatcttaataacaaagtcgacgtcaaatatttaactacgattgcaatcgttgcagttgtgataactgttttatATg > 1:2377682‑M1/89‑91 (MQ=255) caaacaaCCGAAACACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATg < 1:3724207/91‑1 (MQ=255) aaccaaaaggatatgatcttaataacaaagtcgacgtcaaatatttaactacgattgcaatcgttgcagttgtgataactgttttatATgg > 1:1819931‑M1/88‑91 (MQ=255) aaacaaCCAAAACACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATgg < 1:3897902/91‑1 (MQ=255) aaacaaCCAAAACACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATgg < 1:3897691/91‑1 (MQ=255) aaacaaCCAAAACACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATgg < 1:2376211/91‑1 (MQ=255) accaaaaggatatgatcttaataacaaagtcgacgtcaaatatttaactacgattgcaatcgttgcagttgtgataactgttttatATGGa > 1:3042819‑M1/87‑91 (MQ=255) aacCAAAACACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTg < 1:2442135/91‑1 (MQ=255) aaaaggatatgatcttaataacaaagtcgacgtcaaatatttaactacgattggaatcgttgcagttgtgataactgttttatATGGATTg > 1:3497580‑M1/84‑91 (MQ=255) acCAAAACACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATTGATTGt < 1:3230880/91‑1 (MQ=255) acCAAAACACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGt < 1:3638552/91‑1 (MQ=255) aaaggatatgatcttaataacaaagtcgacgtcaaatatttaactacgattgcaatcgttgcagttgtgataactgttttatATGGATTGt < 1:2143360‑M1/9‑1 (MQ=255) ccAAAACACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTa < 1:2894283/91‑1 (MQ=255) cAAAACACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAg > 1:1163498/1‑91 (MQ=255) cAAAACACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAg > 1:3129014/1‑91 (MQ=255) cAAAACACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAg < 1:2510789/91‑1 (MQ=255) cAAAACACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAg > 1:4003836/1‑91 (MQ=255) cAAAACACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAg > 1:1162299/1‑91 (MQ=255) aaaaCACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGa > 1:732791/1‑91 (MQ=255) aaaaCACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGa > 1:732792/1‑91 (MQ=255) aaaaCACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGa > 1:3482223/1‑91 (MQ=255) aaaCACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGaa < 1:905498/91‑1 (MQ=255) aaaCACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGaa > 1:898432/1‑91 (MQ=255) acacTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATg < 1:4059338/91‑1 (MQ=255) acacTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATg < 1:1471807/91‑1 (MQ=255) cacTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGt > 1:3998100/1‑91 (MQ=255) tGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTc > 1:286956/1‑91 (MQ=255) gCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCt > 1:2834539/1‑91 (MQ=255) gCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCt > 1:768604/1‑91 (MQ=255) cGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTg > 1:3617960/1‑91 (MQ=255) gATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACATCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGc < 1:3503378/91‑1 (MQ=255) gATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGc < 1:3691363/91‑1 (MQ=255) ataataAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCa > 1:3896227/1‑91 (MQ=255) aataaAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAGTGTTTCTGCAcc < 1:3203960/91‑1 (MQ=255) aataaAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCAcc > 1:442331/1‑91 (MQ=255) ataaAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCa < 1:3754233/91‑1 (MQ=255) ataaAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCa < 1:1577667/91‑1 (MQ=255) aaaGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGc > 1:4035015/1‑91 (MQ=255) aGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCtt < 1:1651640/91‑1 (MQ=255) aGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCtt > 1:2375093/1‑91 (MQ=255) aGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTACACCAGCtt < 1:3043573/91‑1 (MQ=255) tttAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCtttt < 1:561652/91‑1 (MQ=255) tttAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCtttt < 1:561637/91‑1 (MQ=255) tttAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCtttt < 1:2343241/91‑1 (MQ=255) tttAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCtttt < 1:1222103/91‑1 (MQ=255) tttAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCtttt < 1:2049516/91‑1 (MQ=255) aaTACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTAcc < 1:2847579/91‑1 (MQ=255) aTACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCa > 1:2257941/1‑91 (MQ=255) tACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCAt < 1:682919/91‑1 (MQ=255) tACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCAt > 1:3982104/1‑91 (MQ=255) cTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTg > 1:1303512/1‑91 (MQ=255) 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ttAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTa < 1:2093613/91‑1 (MQ=255) aCGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATca > 1:3604619/1‑91 (MQ=255) aCGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATca > 1:3604577/1‑91 (MQ=255) cGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTCTCTGCACCAGCTTGTACCATTGGATATGAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATcac < 1:3859693/91‑1 (MQ=255) gTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATcaca > 1:1996018/1‑91 (MQ=255) aGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAAc > 1:1696485/1‑91 (MQ=255) | CACAAACAACCAAAACACTGCGATAATAAAGTTTAATACTAATTGTACAGCCATGTTATTTACCTCCTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAAC > USA300TCH1516_ALE/943331‑943505 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |