New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 943421 = | 100 (1.020) | 7 (0.080) | 4/142 | NT | 7.6% | coding (1462/1497 nt) | mnhD1_2 | Na(+)/H(+) antiporter subunit D1 |
? | USA300TCH1516_ALE | 943487 = | 81 (0.930) | coding (1396/1497 nt) | mnhD1_2 | Na(+)/H(+) antiporter subunit D1 |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAGATCATATCCTTTTGGTTGAC > USA300TCH1516_ALE/943397‑943576 | ctAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCata > 1:689190/1‑91 (MQ=255) ctAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCata > 1:3042982/1‑91 (MQ=255) ctAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATAGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCata > 1:3325734/1‑91 (MQ=255) aTACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATaa > 1:2016650/1‑91 (MQ=255) aTACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATaa > 1:3603852/1‑91 (MQ=255) aTACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATaa < 1:1655289/91‑1 (MQ=255) agttgtgataactgttttatATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATaaa > 1:2703062‑M1/21‑91 (MQ=255) agttgtgataactgttttatATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATaaa > 1:2700367‑M1/21‑91 (MQ=255) agttgtgataactgttttatATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATaaa > 1:828669‑M1/21‑91 (MQ=255) cAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAAc > 1:330674/1‑91 (MQ=255) cAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAAc > 1:2363875/1‑91 (MQ=255) aGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACa > 1:1245978/1‑91 (MQ=255) gCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAg < 1:1975561/91‑1 (MQ=255) gCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAg < 1:3031992/91‑1 (MQ=255) gCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAg > 1:3804786/1‑91 (MQ=255) tttAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGtt > 1:3356964/1‑91 (MQ=255) ttAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTa < 1:2432676/91‑1 (MQ=255) ttAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTa < 1:1817991/91‑1 (MQ=255) ttAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTa < 1:2093613/91‑1 (MQ=255) aCGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATca > 1:3604577/1‑91 (MQ=255) aCGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATca > 1:3604619/1‑91 (MQ=255) aCGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATca > 1:6513/1‑91 (MQ=255) cGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATcac > 1:2055989/1‑91 (MQ=255) cGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTCTCTGCACCAGCTTGTACCATTGGATATGAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATcac < 1:3860117/91‑1 (MQ=255) cGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTCTCTGCACCAGCTTGTACCATTGGATATGAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATcac < 1:3859693/91‑1 (MQ=255) ttttatatggattgtcagcagattacttatatccaatggtaaaagctggtgcagaaacattctacaatccatATAAAACAGTTATCACAAc > 1:1690047‑M2/73‑91 (MQ=255) aGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAAc > 1:1696485/1‑91 (MQ=255) tttatatggattgtcagcagattacttatatccaatggtaaaagctggtgcagaaacattctacaatccatATAAAACAGTTATCACAACt > 1:2703062‑M2/72‑91 (MQ=255) tttatatggattgtcagcagattacttatatccaatggtaaaagctggtgcagaaacattctacaatccatATAAAACAGTTATCACAACt > 1:2700367‑M2/72‑91 (MQ=255) tttatatggattgtcagcagattacttatatccaatggtaaaagctggtgcagaaacattctacaatccatATAAAACAGTTATCACAACt > 1:828669‑M2/72‑91 (MQ=255) gattgtcagcagattacttatatccaatggtaaaagctggtgcagaaacattctacaatccatATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGAt > 1:624127‑M2/64‑91 (MQ=255) GATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGAt > 1:1258421‑M1/1‑91 (MQ=255) GATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGAt > 1:1080225‑M1/1‑91 (MQ=255) GATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGAt < 1:2522288‑M1/91‑1 (MQ=255) GATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGAt < 1:305446‑M1/91‑1 (MQ=255) TTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTg < 1:3892503‑M1/91‑1 (MQ=255) TAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCaa < 1:587166‑M1/91‑1 (MQ=255) gAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATc > 1:413060/1‑91 (MQ=255) aaTGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCg > 1:735380/1‑91 (MQ=255) aTGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGt < 1:1257282/91‑1 (MQ=255) gTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAg > 1:3785718/1‑91 (MQ=255) ttCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGtt > 1:1976107/1‑91 (MQ=255) tCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTa > 1:654304/1‑91 (MQ=255) tCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTa > 1:3394785/1‑91 (MQ=255) tCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTa > 1:4102822/1‑91 (MQ=255) tCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTa < 1:2426412/91‑1 (MQ=255) tCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTa < 1:4029132/91‑1 (MQ=255) tCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTa < 1:4029146/91‑1 (MQ=255) cTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCCTATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTaa > 1:3295921/1‑91 (MQ=255) aCCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAatat < 1:1195814/91‑1 (MQ=255) aCCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAatat > 1:2548784/1‑91 (MQ=255) aCCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAatat > 1:2546684/1‑91 (MQ=255) ccAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATAtt < 1:519827/91‑1 (MQ=255) aGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTg > 1:4070717/1‑91 (MQ=255) 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tGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTg < 1:2778113/91‑1 (MQ=255) ggATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGt < 1:3108817/91‑1 (MQ=255) gATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGtt < 1:907431/91‑1 (MQ=255) gATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGtt > 1:188900/1‑91 (MQ=255) atatAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGtta > 1:2174951/1‑91 (MQ=255) atatAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGtta < 1:2842318/91‑1 (MQ=255) tataAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGttat < 1:1492890/91‑1 (MQ=255) tataAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGttat > 1:3919887/1‑91 (MQ=255) ataAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGttatt < 1:2709258/91‑1 (MQ=255) taAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGttatta > 1:1940404/1‑91 (MQ=255) aGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAg > 1:829564/1‑91 (MQ=255) aGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAg > 1:490744/1‑91 (MQ=255) aGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAg > 1:285307/1‑91 (MQ=255) aGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAg > 1:2916918/1‑91 (MQ=255) gTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAGa < 1:612265/91‑1 (MQ=255) tAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAGAt > 1:431701/1‑91 (MQ=255) aaTCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAGATc > 1:1944474/1‑91 (MQ=255) aTCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAGATCa < 1:2426144/91‑1 (MQ=255) ctgctgACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAGATCata < 1:709667/91‑1 (MQ=255) ctgctgACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAGATCata > 1:3444010/1‑91 (MQ=255) ctgACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAGATCATATcc > 1:2711323/1‑91 (MQ=255) tgACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAGATCATATCCt < 1:170521/91‑1 (MQ=255) gACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAGATCATATCCtt < 1:2770530/91‑1 (MQ=255) gACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAGATCATATCCtt < 1:1372384/91‑1 (MQ=255) acaatccatATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAGATCATATCCttt < 1:2143360‑M2/82‑1 (MQ=255) caatccatATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTCCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAGATCATATCCtttt > 1:3497580‑M2/9‑91 (MQ=255) tccatATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAGATCATATCCTTTTGGt > 1:3042819‑M2/6‑91 (MQ=255) ccatATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAGATCATATCCTTTTGGtt > 1:1819931‑M2/5‑91 (MQ=255) catATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAGATCATATCCTTTTGGTTg > 1:2377682‑M2/4‑91 (MQ=255) atATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAGATCATATCCTTTTGGTTGa > 1:1891032‑M2/3‑91 (MQ=255) | CTAATACAGCTTTAACGTAGGTTGATGGATTGTAGAATGTTTCTGCACCAGCTTTTACCATTGGATATAAGTAATCTGCTGACAATCCATATAAAACAGTTATCACAACTGCAACGATTGCAATCGTAGTTAAATATTTGACGTCGACTTTGTTATTAAGATCATATCCTTTTGGTTGAC > USA300TCH1516_ALE/943397‑943576 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |