| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 954365 = | 53 (0.540) | 7 (0.080) | 6/138 | NT | 13.1% | intergenic (+19/+484) | gluD/glpQ_1 | NAD‑specific glutamate dehydrogenase/Glycerophosphodiester phosphodiesterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 954407 = | 47 (0.550) | intergenic (+61/+442) | gluD/glpQ_1 | NAD‑specific glutamate dehydrogenase/Glycerophosphodiester phosphodiesterase | |||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
ATGAGACTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCT > USA300TCH1516_ALE/954275‑954455 | ccaccagcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaat > 1:3950915‑M1/91‑91 (MQ=255)ccaccagcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaat > 1:3951848‑M1/91‑91 (MQ=255)ccaccagcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtcttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaat < 1:3287681‑M1/1‑1 (MQ=255)ccaccagcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtcttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaat < 1:3289794‑M1/1‑1 (MQ=255) caccagcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaatt < 1:1728834‑M1/2‑1 (MQ=255) gagaCTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTA < 1:3217693‑M1/91‑1 (MQ=255) gagaCTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTA < 1:492074‑M1/91‑1 (MQ=255) accagcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTa < 1:1985005‑M1/3‑1 (MQ=255) accagcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTa < 1:1984976‑M1/3‑1 (MQ=255) ttGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAG > 1:2928072‑M1/1‑91 (MQ=255) ctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGc > 1:2042546‑M1/83‑91 (MQ=255) tctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCt > 1:2837086‑M1/82‑91 (MQ=255) gcagcaTATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCT > 1:1814656‑M1/1‑91 (MQ=255) cagcaTATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTT > 1:2576674‑M1/1‑91 (MQ=255) gcaTATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTgg > 1:3410008/1‑91 (MQ=255) caTATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTggg < 1:2575770/91‑1 (MQ=255) atCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGa > 1:2385968/1‑91 (MQ=255) atCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGa < 1:3230044/91‑1 (MQ=255) cATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGaaa < 1:242967/91‑1 (MQ=255) aTAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGaaaa < 1:428169/91‑1 (MQ=255) aGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACa > 1:476113/1‑91 (MQ=255) gTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACaaa > 1:2183113/1‑91 (MQ=255) tATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAg < 1:1721487/91‑1 (MQ=255) aTTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTCACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGc > 1:3849147/1‑91 (MQ=255) aTTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGc < 1:2674139/91‑1 (MQ=255) ttAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTagggctttgttttctgtc < 1:1660553‑M1/91‑19 (MQ=255) ttAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTagggctttgttttctgtc < 1:2410717‑M1/91‑19 (MQ=255) ttAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGcc < 1:1190564/91‑1 (MQ=255) tAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTagggctttgttttctgtcc < 1:387272‑M1/91‑20 (MQ=255) tAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTagggctttgttttctgtcc < 1:3756250‑M1/91‑20 (MQ=255) atttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGccc > 1:2503511‑M1/62‑91 (MQ=255) tttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCt > 1:2839937‑M1/61‑91 (MQ=255) aaaTGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCt < 1:3266830/91‑1 (MQ=255) aaaCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTagggctttgttttctgtccc < 1:1259460‑M1/91‑21 (MQ=255) aaaCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCt > 1:250339/1‑91 (MQ=255) aaaCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCt > 1:838215/1‑91 (MQ=255) ttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTa > 1:3365306‑M1/60‑91 (MQ=255) aaCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTTGGCCTAATTAATAATCATATGTGATCTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTa < 1:3310328‑M2/91‑2 (MQ=255) aaCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTCATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTa < 1:3445120‑M2/91‑2 (MQ=255) aaCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTagggctttgttttctgtccca < 1:2461909‑M1/91‑22 (MQ=255) aCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaa < 1:5635‑M2/91‑3 (MQ=255) aCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaa < 1:5799‑M2/91‑3 (MQ=255) aCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaa < 1:7038‑M2/91‑3 (MQ=255) tgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGc < 1:665366‑M1/35‑1 (MQ=255) gTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTagggctttgttttctgtcccaagc < 1:1069252‑M1/91‑25 (MQ=255) gTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagc < 1:239030‑M2/91‑5 (MQ=255) gTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagc < 1:238697‑M2/91‑5 (MQ=255) tACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTagggctttgttttctgtcccaagct < 1:790605‑M1/91‑26 (MQ=255) tACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagct < 1:3484802‑M2/91‑6 (MQ=255) tACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagct < 1:1199861‑M2/91‑6 (MQ=255) gaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCt > 1:1222053‑M1/56‑91 (MQ=255) gaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCt > 1:1221791‑M1/56‑91 (MQ=255) aaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTc > 1:1203695‑M1/55‑91 (MQ=255) aCAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctc > 1:3804160‑M2/1‑85 (MQ=255) aCAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctc < 1:1056600‑M2/91‑7 (MQ=255) agcagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcgt < 1:370139‑M2/91‑9 (MQ=255) gcagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcgtt < 1:4105595‑M2/91‑10 (MQ=255) gcagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcgtt < 1:2018463‑M2/91‑10 (MQ=255) gcagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcgtt < 1:1401206‑M2/91‑10 (MQ=255) agAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcgttaa > 1:957664‑M2/1‑80 (MQ=255) agAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcgttaa > 1:2213806‑M2/1‑80 (MQ=255) aaGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGCAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatt > 1:3851049/1‑91 (MQ=255) aaGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatt > 1:3986173/1‑91 (MQ=255) aaGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatt < 1:2939982/91‑1 (MQ=255) aaGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatt < 1:2940235/91‑1 (MQ=255) aaGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatt > 1:2488384/1‑91 (MQ=255) agcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattt > 1:3471635/1‑91 (MQ=255) agcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattt > 1:2277846/1‑91 (MQ=255) gcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatttt > 1:2581947/1‑91 (MQ=255) agcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttat > 1:1758712/1‑91 (MQ=255) 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attaattaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAAc < 1:2228841/91‑1 (MQ=255) attaattaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAAc < 1:2228854/91‑1 (MQ=255) ttaattaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACa < 1:2183907/91‑1 (MQ=255) ttaattaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACa < 1:263168/91‑1 (MQ=255) taattaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACaa < 1:1347338/91‑1 (MQ=255) attaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATg < 1:2759651/91‑1 (MQ=255) ttaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGc > 1:2040785/1‑91 (MQ=255) tCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCg > 1:328793/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |