| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 954365 = | 53 (0.540) | 7 (0.080) | 6/138 | NT | 13.1% | intergenic (+19/+484) | gluD/glpQ_1 | NAD‑specific glutamate dehydrogenase/Glycerophosphodiester phosphodiesterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 954407 = | 47 (0.550) | intergenic (+61/+442) | gluD/glpQ_1 | NAD‑specific glutamate dehydrogenase/Glycerophosphodiester phosphodiesterase | |||||
AAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCTGGTGGA > USA300TCH1516_ALE/954318‑954497 | aaGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGCAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatt > 1:3851049/1‑91 (MQ=255)aaGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatt < 1:2940235/91‑1 (MQ=255)aaGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatt < 1:2939982/91‑1 (MQ=255)aaGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatt > 1:2488384/1‑91 (MQ=255)aaGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatt > 1:3986173/1‑91 (MQ=255) agcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattt > 1:3471635/1‑91 (MQ=255) agcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattt > 1:2277846/1‑91 (MQ=255) gcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatttt > 1:2581947/1‑91 (MQ=255) agcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttat > 1:1758712/1‑91 (MQ=255) gcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttatt > 1:1510865/1‑91 (MQ=255) gATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAg > 1:2869213/1‑91 (MQ=255) atatCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGc > 1:1002975/1‑91 (MQ=255) tatCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCa < 1:947547/91‑1 (MQ=255) atCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCag > 1:1319406/1‑91 (MQ=255) atCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCag < 1:2444058/91‑1 (MQ=255) atCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCag < 1:2443952/91‑1 (MQ=255) gTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagtag > 1:978553/1‑91 (MQ=255) gTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagtag > 1:1757692/1‑91 (MQ=255) gTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATATTATTTTAGCagtag < 1:3537550/91‑1 (MQ=255) gTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTg < 1:2104193/91‑1 (MQ=255) gTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTg < 1:2106583/91‑1 (MQ=255) gTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTg < 1:2280709/91‑1 (MQ=255) 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ttaattaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACa < 1:263168/91‑1 (MQ=255) taattaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACaa < 1:1347338/91‑1 (MQ=255) attaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATg < 1:2759651/91‑1 (MQ=255) ttaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGc > 1:2040785/1‑91 (MQ=255) tCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCg > 1:328793/1‑91 (MQ=255) cATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCgt > 1:2102604/1‑91 (MQ=255) tgtgATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTaa > 1:3647324/1‑91 (MQ=255) tgATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAaca < 1:3461360/91‑1 (MQ=255) tttAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGc < 1:1466832/91‑1 (MQ=255) TTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGct > 1:883768‑M1/1‑91 (MQ=255) TAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGctc > 1:589994‑M1/1‑91 (MQ=255) TAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGctc > 1:667306‑M1/1‑91 (MQ=255) AACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGctct > 1:2826683‑M1/1‑91 (MQ=255) AACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGctct > 1:2826492‑M1/1‑91 (MQ=255) ACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTGATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAGAACAATGCCCGTGTAACACTCTCtt < 1:3866703‑M1/91‑1 (MQ=255) ACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCtt < 1:3400225‑M1/91‑1 (MQ=255) ACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCtt < 1:3323363‑M1/91‑1 (MQ=255) gagcttagggctttgttttctgtcccaagctcgttaaTTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCtttt > 1:1203695‑M2/38‑91 (MQ=255) agcttagggctttgttttctgtcccaagctcgttaaTTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTc > 1:1221791‑M2/37‑91 (MQ=255) agcttagggctttgttttctgtcccaagctcgttaaTTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTc > 1:1222053‑M2/37‑91 (MQ=255) AGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTc < 1:3064665‑M1/91‑1 (MQ=255) gcttagggctttgttttctgtcccaagctcgttaaTTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCa < 1:665366‑M2/56‑1 (MQ=255) GCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCa < 1:1512528‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCaa > 1:4020217‑M1/1‑91 (MQ=255) 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aTTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCtggtgg > 1:3951848‑M2/2‑91 (MQ=255) aTTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCtggtgg > 1:3950915‑M2/2‑91 (MQ=255) ttttattttaGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCTGGTGGa < 1:3882100/91‑1 (MQ=255) | AAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCTGGTGGA > USA300TCH1516_ALE/954318‑954497 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |