| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 971402 | 96 (0.980) | 8 (0.090) | 6/142 | NT | 8.2% | intergenic (+30/+141) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 971425 | 95 (1.090) | intergenic (+53/+118) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase | |||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCA > USA300TCH1516_ALE/971314‑971492 | tGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCa < 1:3129062/91‑1 (MQ=255) tATGAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATgg < 1:2832765/91‑1 (MQ=255) aTTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGa < 1:2835243/91‑1 (MQ=255) ttAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATTAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGAc < 1:3011643/91‑1 (MQ=255) ttAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGAc < 1:867547/91‑1 (MQ=255) ttAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGAc > 1:3484509/1‑91 (MQ=255) tAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACa > 1:886446/1‑91 (MQ=255) tAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACa > 1:680100/1‑91 (MQ=255) ggTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAat < 1:4127981/91‑1 (MQ=255) ggTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAat < 1:2476856/91‑1 (MQ=255) cATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAAttatta > 1:617039/1‑91 (MQ=255) aTTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAg > 1:3834828/1‑91 (MQ=255) aTTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAg > 1:3055721/1‑91 (MQ=255) tCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTc < 1:1236128/91‑1 (MQ=255) tACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCa < 1:47669/91‑1 (MQ=255) tACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCa < 1:3145844/91‑1 (MQ=255) aCCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCaa > 1:1251785/1‑91 (MQ=255) aCCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCaa > 1:2078018/1‑91 (MQ=255) ccGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGtcttggactaataattgtccat < 1:1128102‑M1/91‑23 (MQ=255) ccGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGtcttggactaataattgtccat < 1:2220460‑M1/91‑23 (MQ=255) ccGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAg > 1:3015096/1‑91 (MQ=255) ccGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAg > 1:3015501/1‑91 (MQ=255) cGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGtcttggactaataattgtccatg < 1:1342419‑M1/91‑24 (MQ=255) cGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGa > 1:3513943/1‑91 (MQ=255) gTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGtcttggactaataattgtccatgc < 1:3746580‑M1/91‑25 (MQ=255) gTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGtcttggactaataattgtccatgc < 1:734658‑M1/91‑25 (MQ=255) ttAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGtcttggcctaataattgtccatgcc < 1:188198‑M1/91‑26 (MQ=255) tAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGtcttggactaataattgtccatgcct < 1:3656169‑M1/91‑27 (MQ=255) tAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAcct < 1:3692481‑M2/91‑4 (MQ=255) gggCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAcctta > 1:647786‑M2/1‑86 (MQ=255) gCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAccttatg < 1:1148813‑M2/91‑8 (MQ=255) ccTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAccttatgt < 1:747115‑M2/91‑9 (MQ=255) ccTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAccttatgt < 1:1193826‑M2/91‑9 (MQ=255) tataTCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCt < 1:1961898/91‑1 (MQ=255) tataTCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCt < 1:1547686/91‑1 (MQ=255) tCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCttttt > 1:2479105/1‑91 (MQ=255) tCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCttttt < 1:335258/91‑1 (MQ=255) cAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCtttttt > 1:2031273/1‑91 (MQ=255) aaaaTTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTg > 1:3704516/1‑91 (MQ=255) aaaaTTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTg > 1:1547574/1‑91 (MQ=255) aaTTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGAt < 1:1708640/91‑1 (MQ=255) tattCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCt < 1:1308704/91‑1 (MQ=255) tattCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCt < 1:75632/91‑1 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa > 1:3832943/1‑91 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa > 1:308239/1‑91 (MQ=255) tCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATT‑‑‑‑GTCCATGcttatgtcatatactatatgtcttatca < 1:4098631‑M2/91‑29 (MQ=255) cGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaa > 1:4061725/1‑91 (MQ=255) ttGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGtt < 1:326432/91‑1 (MQ=255) ggCTAATTGATAAGACATATAGTATACGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTaa > 1:3448149/1‑91 (MQ=255) tAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTCAACa > 1:3448947/1‑91 (MQ=255) tAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACa > 1:2898897/1‑91 (MQ=255) tAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCCTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACa > 1:3689511/1‑91 (MQ=255) aaTTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACAt > 1:258809/1‑91 (MQ=255) aTTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATa < 1:1215573/91‑1 (MQ=255) aTTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATa < 1:165456/91‑1 (MQ=255) tGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGcatggacaattgtccatgccttatgtcatatactatatgtcttatcaattagccaataccga < 1:4098631‑M1/91‑63 (MQ=255) tGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATaaa < 1:2100822/91‑1 (MQ=255) tAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATaaaaaa > 1:3719762/1‑91 (MQ=255) tAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATaaaaaa < 1:539871/91‑1 (MQ=255) tAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATaaaaaa < 1:1912216/91‑1 (MQ=255) tAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATaaaaaa < 1:539737/91‑1 (MQ=255) aGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACGATTATTAGTCCAGGACCTTATGTCTGTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATg < 1:3315834/91‑1 (MQ=255) 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aGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAccttatgtcatatactatatgtcttatcaattagccaataccgaataattttgatataggcccta < 1:3656169‑M2/91‑66 (MQ=255) ggCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTcc > 1:4140982/1‑91 (MQ=255) ggCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTcc < 1:1034586/91‑1 (MQ=255) ggCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTcc > 1:3149736/1‑91 (MQ=255) ggCATGGACAATTATTAGGCCAAGAccttatgtcatatactatatgtcttatcaattagccaataccgaataattttgatataggccctaa < 1:188198‑M2/91‑67 (MQ=255) gCATGGACAATTATTAGTCCAAGAccttatgtcatatactatatgtcttatcaattagccaataccgaataattttgatataggccctaac < 1:734658‑M2/91‑68 (MQ=255) | TGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCA > USA300TCH1516_ALE/971314‑971492 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |