| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 971402 | 96 (0.980) | 8 (0.090) | 6/142 | NT | 8.2% | intergenic (+30/+141) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 971425 | 95 (1.090) | intergenic (+53/+118) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase | |||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGACAATT > USA300TCH1516_ALE/971335‑971515 | cGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGa > 1:3513943/1‑91 (MQ=255) tAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAcct < 1:3692481‑M2/91‑4 (MQ=255) gggCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAcctta > 1:647786‑M2/1‑86 (MQ=255) gggCCTATATCAAAATTATTCGGGATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATTGACAATTATTAGTCCAAGAcctta > 1:1299198‑M2/1‑86 (MQ=255) gCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAccttatg < 1:1148813‑M2/91‑8 (MQ=255) ccTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAccttatgt < 1:1193826‑M2/91‑9 (MQ=255) ccTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAccttatgt < 1:747066‑M2/91‑9 (MQ=255) tataTCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCt < 1:1547686/91‑1 (MQ=255) atCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCtttt > 1:3518256/1‑91 (MQ=255) tCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCttttt < 1:335258/91‑1 (MQ=255) tCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCttttt > 1:2479105/1‑91 (MQ=255) cAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCtttttt < 1:1912603/91‑1 (MQ=255) cAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCtttttt > 1:2031273/1‑91 (MQ=255) aaaaTTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGTCAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTg > 1:3685549/1‑91 (MQ=255) aaaaTTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTg > 1:3704485/1‑91 (MQ=255) aaaaTTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTg > 1:3704516/1‑91 (MQ=255) aaaaTTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTg > 1:1547574/1‑91 (MQ=255) tattCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCt < 1:75632/91‑1 (MQ=255) tattCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCt < 1:1308704/91‑1 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa > 1:3832943/1‑91 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa > 1:308239/1‑91 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa < 1:1207333/91‑1 (MQ=255) tCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATT‑‑‑‑GTCCATGcttatgtcatatactatatgtcttatca < 1:4098631‑M2/91‑29 (MQ=255) cGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaa > 1:1088136/1‑91 (MQ=255) cGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaa > 1:4061725/1‑91 (MQ=255) ggTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaaa > 1:2442553/1‑91 (MQ=255) ggCTAATTGATAAGACATATAGTATACGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTaa > 1:3448149/1‑91 (MQ=255) gCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTaaa < 1:4124538/91‑1 (MQ=255) cTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAAc < 1:1182511/91‑1 (MQ=255) tAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTCAACa > 1:3448947/1‑91 (MQ=255) tAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACa > 1:2898897/1‑91 (MQ=255) tAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCCTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACa > 1:3689511/1‑91 (MQ=255) aaTTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACAt > 1:258809/1‑91 (MQ=255) aTTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATa < 1:165456/91‑1 (MQ=255) tGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATaaa < 1:2100455/91‑1 (MQ=255) tGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATaaa < 1:2100822/91‑1 (MQ=255) tAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTTAAACAaaaaaa > 1:292366/1‑91 (MQ=255) tAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATaaaaaa < 1:539737/91‑1 (MQ=255) 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aCATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGa > 1:1817217/1‑91 (MQ=255) aCATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACATTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGa > 1:3285084/1‑91 (MQ=255) cATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGAc < 1:3094986/91‑1 (MQ=255) cATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGAc < 1:2215051/91‑1 (MQ=255) tataGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTg < 1:714749/91‑1 (MQ=255) ataGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTgg > 1:1048702/1‑91 (MQ=255) ataGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTgg > 1:1047636/1‑91 (MQ=255) taGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGa < 1:3521059/91‑1 (MQ=255) taGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGa < 1:3814895/91‑1 (MQ=255) gTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGAta > 1:1185439/1‑91 (MQ=255) tatGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGAtagta < 1:2239577/91‑1 (MQ=255) atGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGAtagtag > 1:1570186/1‑91 (MQ=255) gACGTAAGGGATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAgtagta < 1:3725761/91‑1 (MQ=255) gACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAgtagta < 1:2825540/91‑1 (MQ=255) gACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAgtagta < 1:1056344/91‑1 (MQ=255) aCATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTTAACATAAAACCTAAACTGGTTagtagtgc > 1:829292/1‑89 (MQ=255) 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tattaGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTa > 1:401817/1‑91 (MQ=255) aGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCt > 1:1652078/1‑91 (MQ=255) gTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTa < 1:1595289/91‑1 (MQ=255) tCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAGACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAg < 1:1389366/91‑1 (MQ=255) gACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGACAAt < 1:2057188/91‑1 (MQ=255) aCCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGACAAtt < 1:16952/91‑1 (MQ=255) | CGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGACAATT > USA300TCH1516_ALE/971335‑971515 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |