| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1005781 = | 113 (1.150) | 20 (0.240) | 10/138 | NT | 16.2% | intergenic (+417/+43) | pepF1_1/USA300HOU_RS04965 | Oligoendopeptidase F, plasmid/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1005817 = | 109 (1.290) | intergenic (+453/+7) | pepF1_1/USA300HOU_RS04965 | Oligoendopeptidase F, plasmid/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
GTTAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATC > USA300TCH1516_ALE/1005691‑1005871 | ccattcaacaaaaaattgaaaaacttaaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaatta > 1:3415823‑M1/91‑91 (MQ=255) ttAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAA < 1:3630345‑M1/91‑1 (MQ=255) cattcaacaaaaaattgaaaaacttaaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattaa < 1:2033979‑M1/2‑1 (MQ=255) tAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAA < 1:1405111‑M1/91‑1 (MQ=255) aacaaaaaattgaaaaacttaaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGAcc > 1:2895191‑M1/85‑91 (MQ=255) aacaaaaaattgaaaaacttaaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGAcc > 1:2358454‑M1/85‑91 (MQ=255) tCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCT < 1:2860090‑M1/91‑1 (MQ=255) tCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCT > 1:2210931‑M1/1‑91 (MQ=255) acaaaaaattgaaaaacttaaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCt < 1:2063361‑M1/8‑1 (MQ=255) acaaaaaattgaaaaacttaaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCt < 1:3925389‑M1/8‑1 (MQ=255) aaaaattgaaaaacttaaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGt > 1:3089270‑M1/81‑91 (MQ=255) aaaaattgaaaaacttaaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGt > 1:3338721‑M1/81‑91 (MQ=255) aaaaaTATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGT > 1:3021551‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTAc > 1:3772340/1‑91 (MQ=255) atatCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACa > 1:4116540/1‑91 (MQ=255) tatCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTacacc < 1:2283231‑M1/91‑6 (MQ=255) tatCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACAt < 1:4089216/91‑1 (MQ=255) tatCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACAt > 1:1401232/1‑91 (MQ=255) atCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACAtt > 1:2642587/1‑91 (MQ=255) tCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACAttt > 1:666741/1‑91 (MQ=255) cACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTa < 1:1061340/91‑1 (MQ=255) cACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTa < 1:1062244/91‑1 (MQ=255) cACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTa > 1:2479246/1‑91 (MQ=255) aCTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTAt > 1:190726/1‑91 (MQ=255) cTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATg < 1:2111291/91‑1 (MQ=255) tAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTacaccataaat < 1:3878574‑M1/91‑12 (MQ=255) tAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTacaccataaat < 1:3998082‑M1/91‑12 (MQ=255) tAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATgg < 1:819041/91‑1 (MQ=255) aaTATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTacaccataaatg < 1:2205210‑M1/91‑13 (MQ=255) aaTATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTacaccataaatg < 1:902848‑M1/91‑13 (MQ=255) aaTATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGgt < 1:1589501/91‑1 (MQ=255) cttaaataaccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaaacaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGgtg > 1:4040484‑M1/68‑91 (MQ=255) tatatTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTCCATTTATGgtgt < 1:3189610/91‑1 (MQ=255) tatatTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGgtgt < 1:3438262/91‑1 (MQ=255) tatatTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGgtgt < 1:2456217/91‑1 (MQ=255) taaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTa > 1:2703953‑M1/66‑91 (MQ=255) tatTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTacaccataaatgtaac < 1:1303853‑M1/91‑17 (MQ=255) aaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTAc > 1:2196287‑M1/65‑91 (MQ=255) atTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTacaccataaatgtaacg < 1:3366492‑M1/91‑18 (MQ=255) atatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGa > 1:585975‑M1/63‑91 (MQ=255) ttAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTacaccataaatgtaacgag < 1:1481755‑M1/91‑20 (MQ=255) tatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAg > 1:1831165‑M1/62‑91 (MQ=255) tAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTacaccataaatgtaacgagg < 1:3276101‑M1/91‑21 (MQ=255) tAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTacgagg < 1:2556980‑M2/91‑7 (MQ=255) tAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTacgagg < 1:2229394‑M2/91‑7 (MQ=255) aGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTacaccataaatgtaacgaggt < 1:2667543‑M1/91‑22 (MQ=255) aGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTacgaggt > 1:2949461‑M2/1‑84 (MQ=255) aTCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTacgaggtct > 1:2627710‑M2/1‑82 (MQ=255) aTCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTacgaggtct > 1:869675‑M2/1‑82 (MQ=255) aTCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTacgaggtct > 1:3146326‑M2/1‑82 (MQ=255) agatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCtt > 1:2524486‑M1/57‑91 (MQ=255) gATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTa > 1:1281258/1‑91 (MQ=255) aTGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTaa > 1:1207818/1‑91 (MQ=255) tgtgTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAat > 1:2823352/1‑91 (MQ=255) tgtgTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAat > 1:1167767/1‑91 (MQ=255) gtgtAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatt > 1:1779474/1‑91 (MQ=255) tgtAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAattt > 1:1038948/1‑91 (MQ=255) atttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttat > 1:1796075‑M1/49‑91 (MQ=255) aaCATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttatt < 1:3406518/91‑1 (MQ=255) cATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttattta > 1:942716/1‑91 (MQ=255) cATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttattta > 1:942327/1‑91 (MQ=255) cATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttattta < 1:3467939/91‑1 (MQ=255) tACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttatttattt < 1:1095905/91‑1 (MQ=255) aCGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTAtttt > 1:2162025/1‑91 (MQ=255) cGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttg > 1:205127/1‑91 (MQ=255) ttCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttgat > 1:2953035/1‑91 (MQ=255) ttCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttgat < 1:35715/91‑1 (MQ=255) tCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttgatt > 1:3546867/1‑91 (MQ=255) taataaTTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttgatttg > 1:2403490/1‑91 (MQ=255) aataatTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATttcgatttga > 1:2078117/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |