New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1058102 = | 92 (0.940) | 5 (0.060) | 4/144 | NT | 6.6% | intergenic (+143/+64) | slyA_2/atl_1 | Transcriptional regulator SlyA/Bifunctional autolysin |
? | USA300TCH1516_ALE | 1058152 = | 59 (0.670) | intergenic (+193/+14) | slyA_2/atl_1 | Transcriptional regulator SlyA/Bifunctional autolysin |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GAATCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTA > USA300TCH1516_ALE/1058012‑1058192 | tgctaaaatcatcaaaggctactatgataaaattggcgaagtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacatag > 1:2441931‑M1/91‑91 (MQ=255) gctaaaatcatcaaaggctactatgataaaattggcgaagtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacatagg > 1:1763557‑M1/90‑91 (MQ=255) aTCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGa > 1:3426508/1‑91 (MQ=255) tCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGAt > 1:1335380/1‑91 (MQ=255) aaaatcatcaaaggctactatgataaaattggcgaagtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacataGGATc < 1:1070758‑M1/5‑1 (MQ=255) aaaatcatcaaaggctactatgataaaattggcgaagtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacataGGATc < 1:2439381‑M1/5‑1 (MQ=255) aaaatcatcaaaggctactatgataaaattggcgaagtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacataGGATc < 1:2336153‑M1/5‑1 (MQ=255) aaaatcatcaaaggctactatgataaaattggcgaagtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacataGGATc < 1:1751029‑M1/5‑1 (MQ=255) aTGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCa < 1:407107/91‑1 (MQ=255) tGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCaa < 1:330042/91‑1 (MQ=255) gAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCaaa < 1:1836744/91‑1 (MQ=255) gAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCaaa < 1:1481743/91‑1 (MQ=255) atcatcaaaggctactatgataaaattggcgaagtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacataGGATCaaa < 1:1341050‑M1/8‑1 (MQ=255) aaTTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAg < 1:3782423/91‑1 (MQ=255) 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tAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGa < 1:1040755/91‑1 (MQ=255) tAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGa > 1:2940006/1‑91 (MQ=255) aaaaTTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGAt > 1:3408487/1‑91 (MQ=255) aaaaTTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGAt < 1:886504/91‑1 (MQ=255) aaaaTTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGAt < 1:509469/91‑1 (MQ=255) aaaTTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATg > 1:1665634/1‑91 (MQ=255) aaaTTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATg < 1:598666/91‑1 (MQ=255) agtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacataGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGa > 1:454664‑M1/52‑91 (MQ=255) agtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacataGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGa > 1:751290‑M1/52‑91 (MQ=255) aatggATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGa < 1:3340485/87‑1 (MQ=255) aaTTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGa < 1:3167761/91‑1 (MQ=255) aTTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATCGTGGGGGATGAc < 1:3174477/91‑1 (MQ=255) ttGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACt < 1:1858948/91‑1 (MQ=255) ggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacataGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACttt > 1:220000‑M1/48‑91 (MQ=255) gATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACttt > 1:2295739/1‑91 (MQ=255) gATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACttt > 1:2295887/1‑91 (MQ=255) 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tgtatAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTgg > 1:2422235/1‑91 (MQ=255) tataAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGa > 1:3378250/1‑91 (MQ=255) tataAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGa > 1:3378703/1‑91 (MQ=255) aaaGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGa < 1:3139252/91‑1 (MQ=255) gggATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGt > 1:2749298/1‑91 (MQ=255) GGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTa < 1:434039‑M1/91‑1 (MQ=255) | GAATCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTA > USA300TCH1516_ALE/1058012‑1058192 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |