| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1058102 = | 92 (0.940) | 5 (0.060) | 4/144 | NT | 6.6% | intergenic (+143/+64) | slyA_2/atl_1 | Transcriptional regulator SlyA/Bifunctional autolysin |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1058152 = | 59 (0.670) | intergenic (+193/+14) | slyA_2/atl_1 | Transcriptional regulator SlyA/Bifunctional autolysin | |||||
AATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTTGATGATTTTAGCAT > USA300TCH1516_ALE/1058065‑1058242 | aaTCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATg > 1:2861125/1‑91 (MQ=255)aaTCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATg < 1:1745000/91‑1 (MQ=255) aTCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGt < 1:565028/91‑1 (MQ=255) tCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGtt < 1:2997432/91‑1 (MQ=255) tCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGtt < 1:3856784/91‑1 (MQ=255) tCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGCATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGtt < 1:3856885/91‑1 (MQ=255) cACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTCTAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTc < 1:3855036/91‑1 (MQ=255) cACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTc > 1:867741/1‑91 (MQ=255) aCCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCa < 1:3409090/91‑1 (MQ=255) aCCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCa < 1:3409266/91‑1 (MQ=255) ccGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCAt > 1:3249100/1‑91 (MQ=255) ccGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCAt < 1:1690422/91‑1 (MQ=255) ccGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCAt < 1:4035501/91‑1 (MQ=255) ccGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCAt > 1:691515/1‑91 (MQ=255) cGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATg > 1:3001622/1‑91 (MQ=255) tATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTg < 1:1689330/91‑1 (MQ=255) tATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTg < 1:2997725/91‑1 (MQ=255) aTTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGc > 1:2681844/1‑91 (MQ=255) aTTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGc > 1:246081/1‑91 (MQ=255) tttttGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCt < 1:652223/91‑1 (MQ=255) tttttGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCt > 1:702377/1‑91 (MQ=255) ttttGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCtt < 1:3438105/91‑1 (MQ=255) tttGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCtta > 1:1879369/1‑91 (MQ=255) tttGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCtta > 1:2228729/1‑91 (MQ=255) tGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCttatt > 1:3388985/1‑91 (MQ=255) tGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCttatt < 1:3084627/91‑1 (MQ=255) taaataagcaacatgaacataGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTT‑GATCCTATGTTCATGTTGCttattta > 1:299129‑M1/22‑91 (MQ=255) gCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGAttattt < 1:3257741/91‑1 (MQ=255) taaataagcaacatgaacataggatcaaagtcatcccccactatcaatcatgggggatgacctttgatccTATGTTCATGTTGCttattta > 1:299129‑M2/71‑91 (MQ=255) cTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCttattta > 1:2414701/1‑91 (MQ=255) cTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCttattta > 1:897328/1‑91 (MQ=255) tgtgTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTtata < 1:970336/91‑1 (MQ=255) tgtatAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTgg < 1:3240729/91‑1 (MQ=255) tgtatAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTgg > 1:2422235/1‑91 (MQ=255) tataAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGa > 1:4096934/1‑91 (MQ=255) tataAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGa > 1:3378703/1‑91 (MQ=255) tataAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGa > 1:3378250/1‑91 (MQ=255) aaaGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGa < 1:3139252/91‑1 (MQ=255) gggATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGt > 1:2749298/1‑91 (MQ=255) GGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTa < 1:434039‑M1/91‑1 (MQ=255) atcaaaagtcatcccccactatcaatcatgggggatgacctttgatccTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTAtt > 1:1941753‑M2/49‑91 (MQ=255) ATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTAtt > 1:1441436‑M1/1‑91 (MQ=255) ATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTAtt < 1:2007715‑M1/91‑1 (MQ=255) TCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTAttt > 1:1172561‑M1/1‑91 (MQ=255) TCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTAttt > 1:1598249‑M1/1‑91 (MQ=255) TCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTAttt < 1:2259987‑M1/91‑1 (MQ=255) TCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTAATTTATATTGTGGGACGTCGAAGTAttt < 1:1153682‑M1/91‑1 (MQ=255) CAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTg < 1:1259648‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGc < 1:111172‑M1/91‑1 (MQ=255) aaagtcatcccccactatcaatcatgggggatgacctttgatccTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGcc > 1:220000‑M2/45‑91 (MQ=255) tcatcccccactatcaatcatgggggatgacctttgatccTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACt > 1:454664‑M2/41‑91 (MQ=255) tcatcccccactatcaatcatgggggatgacctttgatccTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACt > 1:751290‑M2/41‑91 (MQ=255) tCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACt < 1:4068166/91‑1 (MQ=255) cATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACtt > 1:2039622/1‑91 (MQ=255) cATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACtt > 1:786288/1‑91 (MQ=255) tCCCCCATGATTGATAGTGGGGGGTGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCg < 1:1244751/91‑1 (MQ=255) tCCCCCATGATTGATAGTGGGGGGTGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCg < 1:1244616/91‑1 (MQ=255) tCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCg < 1:45557/91‑1 (MQ=255) tCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCg < 1:2316639/91‑1 (MQ=255) tCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCg < 1:3174342/91‑1 (MQ=255) cccccATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGc < 1:3826770/91‑1 (MQ=255) cccccATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGc > 1:1892124/1‑91 (MQ=255) ccccATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCCTAATTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGcc > 1:614920/1‑91 (MQ=255) ccATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCaa > 1:2776260/1‑91 (MQ=255) tgattgatAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAAttt < 1:3278950/91‑1 (MQ=255) gattgatAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAAtttt < 1:2481681/91‑1 (MQ=255) ttgatAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTAt < 1:4069315/91‑1 (MQ=255) ttgatAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTAt < 1:4069283/91‑1 (MQ=255) atAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCAt < 1:2501940/91‑1 (MQ=255) atAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCAt < 1:4021665/91‑1 (MQ=255) atAGAGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCAt > 1:3273847/1‑91 (MQ=255) tGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCAtagta > 1:2896501/1‑91 (MQ=255) gggggATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCAtagtag < 1:331471/91‑1 (MQ=255) ggggATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTGTTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGc > 1:4036884/1‑91 (MQ=255) gATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCtt > 1:1877421/1‑91 (MQ=255) gATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCtt > 1:3136796/1‑91 (MQ=255) gATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCtt > 1:3136783/1‑91 (MQ=255) tGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTtg < 1:759035/91‑1 (MQ=255) gACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTtga < 1:2432374/91‑1 (MQ=255) gACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTtga < 1:1103392/91‑1 (MQ=255) aCTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTtgat < 1:2891150/91‑1 (MQ=255) aCTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTtgat > 1:968187/1‑91 (MQ=255) tttgatccTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTTgatgat < 1:1341050‑M2/83‑1 (MQ=255) gatccTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTTGATGAtttt < 1:1070758‑M2/86‑1 (MQ=255) gatccTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTTGATGAtttt < 1:1751029‑M2/86‑1 (MQ=255) gatccTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTTGATGAtttt < 1:2336153‑M2/86‑1 (MQ=255) gatccTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTTGATGAtttt < 1:2439381‑M2/86‑1 (MQ=255) ccTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTTGATGATTTTAGc > 1:1763557‑M2/3‑91 (MQ=255) cTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTTGATGATTTTAGCa > 1:2441931‑M2/2‑91 (MQ=255) tATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTTGATGATTTTAGCAt > 1:2949664/1‑91 (MQ=255) tATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTTGATGATTTTAGCAt > 1:2453728/1‑91 (MQ=255) | AATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTTGATGATTTTAGCAT > USA300TCH1516_ALE/1058065‑1058242 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |