| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1098317 | 102 (1.040) | 5 (0.060) | 4/132 | NT | 5.3% | intergenic (+296/+53) | ktrA/rnj1 | Ktr system potassium uptake protein A/Ribonuclease J 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1098353 | 96 (1.180) | intergenic (+332/+17) | ktrA/rnj1 | Ktr system potassium uptake protein A/Ribonuclease J 1 | |||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
GTTCAGTCAACTACTGCCAATATAACTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTACCTTCA > USA300TCH1516_ALE/1098227‑1098407 | gTTCAGTCAACTACTGCCAATATAACTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAACGCTACTAAC > 1:2732835‑M1/1‑91 (MQ=255)gTTCAGTCAACTACTGCCAATATAACTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAAC > 1:1053049‑M1/1‑91 (MQ=255)gTTCAGTCAACTACTGCCAATATAACTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAAC < 1:2096443‑M1/91‑1 (MQ=255) ttCAGTCAACTACTGCCAATATAACTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACa > 1:175554/1‑91 (MQ=255) ttCAGTCAACTACTGCCAATATAACTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACa > 1:174862/1‑91 (MQ=255) gTCAACTACTGCCAATATAACTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATgg > 1:3905793/1‑91 (MQ=255) actactGCCAATATAACTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGggtgg < 1:1327772/91‑1 (MQ=255) ctactGCCAATATAACTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGggtggt < 1:1765371/91‑1 (MQ=255) ctactGCCAATATAACTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGggtggt < 1:3911348/91‑1 (MQ=255) ctactGCCAATATAACTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGggtggt < 1:504847/91‑1 (MQ=255) tactGCCAATATAACTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGgtggtg < 1:107072/91‑1 (MQ=255) ctGCCAATATAACTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAg > 1:1312784/1‑91 (MQ=255) gCCAATATAACTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGtt > 1:1737315/1‑91 (MQ=255) gCCAATATAACTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGtt > 1:2264254/1‑91 (MQ=255) 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taACTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTttaattaa > 1:564561/1‑91 (MQ=255) aaCTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTaaa > 1:2315583/1‑91 (MQ=255) aaCTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTaaa > 1:652004/1‑91 (MQ=255) cTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAac > 1:4109194/1‑91 (MQ=255) tttGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAact < 1:1058878/91‑1 (MQ=255) ttGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAactt < 1:1655455/91‑1 (MQ=255) ttGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAactt < 1:1188422/91‑1 (MQ=255) tGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAacttc > 1:3746543/1‑91 (MQ=255) tGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAacttc > 1:3745666/1‑91 (MQ=255) gTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAATacttca < 1:3231802/91‑1 (MQ=255) gagCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAacttcactt > 1:90115/1‑91 (MQ=255) gagCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAacttcactt > 1:528718/1‑91 (MQ=255) gCATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAActtcacttca > 1:1967051/1‑91 (MQ=255) cATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCaa > 1:1912106/1‑91 (MQ=255) cATTGAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCaa > 1:3802860/1‑91 (MQ=255) gAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACtttgaagtgaagttttaattaaactcaccacccattgtt < 1:3946805‑M1/91‑40 (MQ=255) 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ttATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttagtagctttt < 1:1333728‑M2/91‑14 (MQ=255) ttATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttagtagctttt < 1:3931073‑M2/91‑14 (MQ=255) ttATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttagtagctttt < 1:2323896‑M2/91‑14 (MQ=255) ttATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTGAATTAAAACTTCACTTCAAAgttagtagctttt < 1:3674569‑M2/91‑14 (MQ=255) tGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttagtagctttttct < 1:2336594‑M2/91‑17 (MQ=255) gTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGat > 1:574407/1‑91 (MQ=255) tctcAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGatt > 1:3363170/1‑91 (MQ=255) tcAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGattat > 1:1279309/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |