New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1098317 | 102 (1.040) | 5 (0.060) | 4/132 | NT | 5.3% | intergenic (+296/+53) | ktrA/rnj1 | Ktr system potassium uptake protein A/Ribonuclease J 1 |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1098353 | 96 (1.180) | intergenic (+332/+17) | ktrA/rnj1 | Ktr system potassium uptake protein A/Ribonuclease J 1 |
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
GAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTACCTTCATAATGACTGGTAAAATCATTGGTTTTCTAGCTGTTT > USA300TCH1516_ALE/1098266‑1098443 | gAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgtt < 1:3109457‑M2/91‑4 (MQ=255) aCATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttag > 1:1501604‑M2/1‑86 (MQ=255) aCATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttag > 1:2248490‑M2/1‑86 (MQ=255) aCATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttag > 1:722965‑M2/1‑86 (MQ=255) ttGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttagtag < 1:735543‑M2/91‑9 (MQ=255) tGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttagtagc > 1:834922‑M2/1‑82 (MQ=255) aTTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttagtagctt > 1:3079583‑M2/1‑80 (MQ=255) tttATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttagtagcttt < 1:2492753‑M2/91‑13 (MQ=255) ttATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttagtagctttt < 1:2323896‑M2/91‑14 (MQ=255) ttATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttagtagctttt < 1:1333728‑M2/91‑14 (MQ=255) ttATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttagtagctttt < 1:3931073‑M2/91‑14 (MQ=255) ttATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTGAATTAAAACTTCACTTCAAAgttagtagctttt < 1:3674569‑M2/91‑14 (MQ=255) tATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttagtagcttttt > 1:1231598‑M2/1‑77 (MQ=255) tGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttagtagctttttct < 1:2336594‑M2/91‑17 (MQ=255) 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gCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGAttatttat < 1:1145240/91‑1 (MQ=255) catcatATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGt > 1:4112127/1‑91 (MQ=255) atcatATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGtt > 1:2759359/1‑91 (MQ=255) atcatATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGtt > 1:464099/1‑91 (MQ=255) atcatATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGtt > 1:4126753/1‑91 (MQ=255) tcatATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGttt > 1:3715060/1‑91 (MQ=255) tcatATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGttt > 1:1384408/1‑91 (MQ=255) tcatATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGttt > 1:136361/1‑91 (MQ=255) catATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTg > 1:1671891/1‑91 (MQ=255) catATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTg > 1:3927861/1‑91 (MQ=255) catATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTg < 1:2419945/91‑1 (MQ=255) atatatAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGa < 1:3262059/91‑1 (MQ=255) atatatAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGa > 1:1005913/1‑91 (MQ=255) tataAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTc > 1:661883/1‑91 (MQ=255) tataAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTc < 1:2938641/91‑1 (MQ=255) ataAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCt < 1:695649/91‑1 (MQ=255) ataAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCt > 1:1083445/1‑91 (MQ=255) taAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCtt < 1:3443556/91‑1 (MQ=255) taAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCtt < 1:3443491/91‑1 (MQ=255) taAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCtt < 1:3443538/91‑1 (MQ=255) aaaGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCttt < 1:3567340/91‑1 (MQ=255) aGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCttttt > 1:612999/1‑91 (MQ=255) gAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTg < 1:2937074/91‑1 (MQ=255) aaaaGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGtt < 1:2730619/91‑1 (MQ=255) aaaGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTc < 1:1143426/91‑1 (MQ=255) aaGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttagtagctttttctttatatatgatgagcttgagacataaat < 1:2327493‑M2/91‑45 (MQ=255) aaGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCg < 1:2761739/91‑1 (MQ=255) aGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGt < 1:250197/91‑1 (MQ=255) aGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGt > 1:1724407/1‑91 (MQ=255) aGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGt > 1:886462/1‑91 (MQ=255) ctactaACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGttt > 1:2514531/1‑91 (MQ=255) ctactaACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGttt > 1:2913841/1‑91 (MQ=255) ctactaACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTCTTGTTCGttt > 1:1216573/1‑91 (MQ=255) ctactaACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTCTTTGTTCGttt < 1:340807/91‑1 (MQ=255) tactaACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttagtagctttttctttatatatgatgagcttgagacataaatcaat < 1:2515682‑M2/91‑49 (MQ=255) tactaACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTa > 1:2430428/1‑91 (MQ=255) tactaACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTa > 1:740430/1‑91 (MQ=255) tactaACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTa > 1:3367479/1‑91 (MQ=255) actaACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTAc > 1:9453/1‑91 (MQ=255) actaACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTAc > 1:9431/1‑91 (MQ=255) actaACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTAc > 1:824625/1‑91 (MQ=255) actaACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTAc > 1:9401/1‑91 (MQ=255) actaACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTAc > 1:151038/1‑91 (MQ=255) ctaACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTAcc > 1:1284110/1‑91 (MQ=255) ctaACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTAcc > 1:2968306/1‑91 (MQ=255) taACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTACCt < 1:3889143/91‑1 (MQ=255) aaCAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAgttagtagctttttctttatatatgatgagcttgagacataaatcaatgttc < 1:3946805‑M2/91‑53 (MQ=255) cAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTACCTTCa < 1:2106022/91‑1 (MQ=255) 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cacttcaAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTACCTTCATAATGACTGGTAAAATCATTGGTTTTCt > 1:2563243/1‑91 (MQ=255) cttcaAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTACCTTCATAATGACTGGTAAAATCATTGGTTTTCTAg < 1:2921437/91‑1 (MQ=255) ttcaAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTACCTTCATAATGACTGGTAAAATCATTGGTTTTCTAGc > 1:2693857/1‑91 (MQ=255) ttcaAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTACCTTCATAATGACTGGTAAAATCATTGGTTTTCTAGc < 1:134861/91‑1 (MQ=255) ttcaAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTACCTTCATAATGACTGGTAAAATCATTGGTTTTCTAGc > 1:248564/1‑91 (MQ=255) aGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTACCTTCATAATGACTGGTAAAATCATTGGTTTTCTAGCTGttt > 1:3326931/1‑91 (MQ=255) | GAACATTGATTTATGTCTCAAGCTCATCATATATAAAGAAAAAGCTACTAACAATGGGTGGTGAGTTTAATTAAAACTTCACTTCAAAGTTAGTAGCTTTTTGATTATTTATTGTTTGATTCTTTTTGTTCGTTTACCTTCATAATGACTGGTAAAATCATTGGTTTTCTAGCTGTTT > USA300TCH1516_ALE/1098266‑1098443 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |