| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1129300 | 66 (0.670) | 4 (0.050) | 4/144 | NT | 6.0% | intergenic (+78/‑249) | USA300HOU_RS05575/USA300HOU_RS05585 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1129322 | 67 (0.760) | intergenic (+100/‑227) | USA300HOU_RS05575/USA300HOU_RS05585 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TTGGTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGG > USA300TCH1516_ALE/1129212‑1129390 | ttGGTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGa > 1:1862837/1‑91 (MQ=255) tGGTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGAt > 1:1621096/1‑91 (MQ=255) tCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATAAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTCATGGt < 1:3517223/91‑1 (MQ=255) tAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTc < 1:2880708/91‑1 (MQ=255) tAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTc > 1:3952243/1‑91 (MQ=255) atatGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCAt < 1:881168/91‑1 (MQ=255) atatGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCAt < 1:1634332/91‑1 (MQ=255) tGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTg > 1:2839402/1‑91 (MQ=255) cTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGAt > 1:2616258/1‑91 (MQ=255) ataCAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTaaggtatcaaatgaatacca < 1:2002975‑M1/91‑21 (MQ=255) ataCAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATAcc > 1:817705/1‑91 (MQ=255) ataCAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATAcc > 1:817659/1‑91 (MQ=255) taCAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCt > 1:857156/1‑91 (MQ=255) cAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTa < 1:743523‑M2/91‑2 (MQ=255) aaaTGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTaa < 1:510720‑M2/91‑3 (MQ=255) aaaTGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTaa < 1:3563949‑M2/91‑3 (MQ=255) aaaTGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTaa < 1:510637‑M2/91‑3 (MQ=255) tatctttatgttttcaggttgaatttcattattaagattaaaatatgtataaaaaaatGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAAc > 1:2052634‑M1/59‑91 (MQ=255) tatctttatgttttcaggttgaatttcattattaagattaaaatatgtataaaaaaatGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAAc > 1:2980211‑M1/59‑91 (MQ=255) aaTGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTaaggtatcaaatgaataccatcaac < 1:1296944‑M1/91‑26 (MQ=255) aaTGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTaac < 1:3603996‑M2/91‑4 (MQ=255) aaTGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTaac < 1:679832‑M2/91‑4 (MQ=255) aTGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTaact < 1:3086560‑M2/91‑5 (MQ=255) gATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTaactgt > 1:724995‑M2/1‑85 (MQ=255) gATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTaactgt > 1:2840149‑M2/1‑85 (MQ=255) ctttatgttttcaggttgaatttcattattaagattaaaatatgtataaaaaaatGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGt > 1:1063710‑M1/56‑91 (MQ=255) tttatgttttcaggttgaatttcattattaagattaaaatatgtataaaaaaatGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTc > 1:1376350‑M1/55‑91 (MQ=255) aTACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTaactgtc < 1:1491475‑M2/91‑8 (MQ=255) aTACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTaactgtc < 1:1867226‑M2/91‑8 (MQ=255) tACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTaactgtcc < 1:2752003‑M2/91‑9 (MQ=255) aCTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCa < 1:1935980/91‑1 (MQ=255) cTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCGTTTGATACCTTAACTGTCCAt > 1:1008632/1‑91 (MQ=255) cTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAt > 1:505923/1‑91 (MQ=255) tGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAttttttt < 1:102528/91‑1 (MQ=255) aTAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTtat > 1:2617621/1‑91 (MQ=255) aaGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATAc < 1:2584945/91‑1 (MQ=255) aaGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATAc > 1:1125117/1‑91 (MQ=255) aGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACa < 1:1308168/91‑1 (MQ=255) aGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACa > 1:2824736/1‑91 (MQ=255) ggCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACat > 1:4007653/1‑91 (MQ=255) ggCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACat > 1:1861125/1‑91 (MQ=255) aaTTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATAtt < 1:2769193/91‑1 (MQ=255) aTTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATAttt < 1:2290372/91‑1 (MQ=255) aTTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATAttt < 1:1459183/91‑1 (MQ=255) aTTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATAttt < 1:2290082/91‑1 (MQ=255) tttGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATAtttt > 1:1954375/1‑91 (MQ=255) ttGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTa < 1:3664187/91‑1 (MQ=255) ttATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCtt < 1:35983/91‑1 (MQ=255) aTCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATAGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAATTTTTTATACATATTTTAACCTtaa > 1:3865078/1‑91 (MQ=255) tCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTtaat < 1:3421109/91‑1 (MQ=255) tCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTtaat > 1:1151149/1‑91 (MQ=255) ggTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTaataat < 1:1699363/91‑1 (MQ=255) ggTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTaataat < 1:9794/91‑1 (MQ=255) gTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATg < 1:2951217/91‑1 (MQ=255) gTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATg > 1:819073/1‑91 (MQ=255) gTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATg < 1:273583/91‑1 (MQ=255) ttGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAAtt > 1:1041855/1‑91 (MQ=255) ttGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAAtt > 1:2739498/1‑91 (MQ=255) ttGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAAtt > 1:1041856/1‑91 (MQ=255) gatgaAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATATTGAACTTCa > 1:401830/1‑91 (MQ=255) gatgaAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCa > 1:527419/1‑91 (MQ=255) gatgaAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCa > 1:401744/1‑91 (MQ=255) gatgaAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCa < 1:2872262/91‑1 (MQ=255) atgaAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCaa < 1:1115956/91‑1 (MQ=255) gaagaaTAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAAcc > 1:880308/1‑91 (MQ=255) gaagaaTAGTCGGACAGTTGATGGTACTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAAcc < 1:2314133/91‑1 (MQ=255) agaaTAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTg > 1:3405782/1‑91 (MQ=255) gaaTAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGa < 1:942578/91‑1 (MQ=255) aTAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGaaa > 1:1733144/1‑91 (MQ=255) tAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGaaaa > 1:442903/1‑91 (MQ=255) tCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAGACAt > 1:3463098/1‑91 (MQ=255) tCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACAt > 1:3831592/1‑91 (MQ=255) tCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACAt > 1:1116197/1‑91 (MQ=255) tCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACAt < 1:1181814/91‑1 (MQ=255) tCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACAt > 1:4123464/1‑91 (MQ=255) tCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACAt > 1:4123110/1‑91 (MQ=255) ggACAGTTaaggtatcaaatgaataccatcaactgtccgactattcttcatcaaaaaacctgataaaacaaattgccttatcagattagta < 1:2752003‑M1/91‑84 (MQ=255) gACAGTTaaggtatcaaatgaataccatcaactgtccgactattcttcatcaaaaaacctgataaaacaaattgccttatcagattagtat < 1:1867226‑M1/91‑85 (MQ=255) gACAGTTaaggtatcaaatgaataccatcaactgtccgactattcttcatcaaaaaacctgataaaacaaattgccttatcagattagtat < 1:1491475‑M1/91‑85 (MQ=255) GACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATaaa < 1:1787063‑M1/91‑1 (MQ=255) GACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATaaa > 1:1645895‑M1/1‑91 (MQ=255) aCAGTTaaggtatcaaatgaataccatcaactgtccgactattcttcatcaaaaaacctgataaaacaaattgccttatcagattagtatc > 1:724995‑M1/1‑6 (MQ=255) ACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAg < 1:1267584‑M1/91‑1 (MQ=255) cAGTTaaggtatcaaatgaataccatcaactgtccgactattcttcatcaaaaaacctgataaaacaaattgccttatcagattagtatca < 1:4109111‑M1/91‑87 (MQ=255) AGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGAt < 1:3125245‑M1/91‑1 (MQ=255) gTTaaggtatcaaatgaataccatcaactgtccgactattcttcatcaaaaaacctgataaaacaaattgccttatcagattagtatcatt < 1:3603996‑M1/91‑89 (MQ=255) gTTaaggtatcaaatgaataccatcaactgtccgactattcttcatcaaaaaacctgataaaacaaattgccttatcagattagtatcatt < 1:164661‑M1/91‑89 (MQ=255) gTTGATGGTATTCATTTGATACCTTaactgtccgactattcttcatcaaaaaacctgataaaacaaattgccttatcagattagtatcatt < 1:1296944‑M2/91‑67 (MQ=255) ttaaggtatcaaatgaataccatcaactgtccgactattcttcatcaaaaaacctgataaaacaaattgccttatcagattagtatcattt < 1:3563949‑M1/91‑90 (MQ=255) ttaaggtatcaaatgaataccatcaactgtccgactattcttcatcaaaaaacctgataaaacaaattgccttatcagattagtatcattt < 1:510720‑M1/91‑90 (MQ=255) ttaaggtatcaaatgaataccatcaactgtccgactattcttcatcaaaaaacctgataaaacaaattgccttatcagattagtatcattt < 1:510637‑M1/91‑90 (MQ=255) ttaaggtatcaaatgaataccatcaactgtccgactattcttcatcaaaaaacctgataaaacaaattgccttatcagattagtatcattt < 1:510636‑M1/91‑90 (MQ=255) taaggtatcaaatgaataccatcaactgtccgactattcttcatcaaaaaacctgataaaacaaattgccttatcagattagtatcatttg < 1:743523‑M1/91‑91 (MQ=255) tGATGGTATTCATTTGATACCTTaactgtccgactattcttcatcaaaaaacctgataaaacaaattgccttatcagattagtatcatttg < 1:2756341‑M2/91‑69 (MQ=255) TGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAgg < 1:569194‑M1/91‑1 (MQ=255) TGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAgg < 1:569207‑M1/91‑1 (MQ=255) TGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAgg < 1:569292‑M1/91‑1 (MQ=255) TGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAgg < 1:3632878‑M1/91‑1 (MQ=255) TGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAgg < 1:3776837‑M1/91‑1 (MQ=255) TGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAgg < 1:2402544‑M1/91‑1 (MQ=255) | TTGGTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGG > USA300TCH1516_ALE/1129212‑1129390 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |