| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1131322 = | 82 (0.830) | 4 (0.040) | 5/148 | NT | 5.1% | coding (704/927 nt) | glpQ1 | putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1131337 = | 74 (0.810) | coding (689/927 nt) | glpQ1 | putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 | |||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGTTGGCTAGCACCAATTGCGACGGATCCTTGTGCAA > USA300TCH1516_ALE/1131232‑1131412 | tcgttctaataaaattgcacaaggatccgtcgcaattggtgctagccaacaggaagttacagaagcatttttaaaatatcatttattaggt > 1:1438004‑M1/91‑91 (MQ=255) tCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAAtggttg < 1:932855/91‑1 (MQ=255) gttttaataaaattgtacaaggatccgtcgcaattggtgctagccaacaggaagttacagaagcatttttaaaatatcatttattaggtgg < 1:1644933‑M1/3‑1 (MQ=255) gttttaataaaattgcacaaggatccgtcgcaattggtgctagccaacaggaagttacagaagcatttttaaaatatcatttattaggtgg > 1:536708‑M1/89‑91 (MQ=255) gttttaataaaattgcacaaggatccgtcgcaattggtgctagccaacaggaagttacagaagcatttttaaaatatcatttattaggtgg < 1:2818892‑M1/3‑1 (MQ=255) gttttaataaaattgcacaaggatccgtcgcaattggtgctagccaacaggaagttacagaagcatttttaaaatatcatttattaggtgg < 1:2818359‑M1/3‑1 (MQ=255) cATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAAtggttgg > 1:868107/1‑91 (MQ=255) ttttaataaaattgcacaaggatccgtcgcaattggtgctagccaacaggaagttacagaagcatttttaaaatatcatttattaggtggt < 1:280719‑M1/4‑1 (MQ=255) ttttaataaaattgcacaaggatccgtcgcaattggtgctagccaacaggaagttacagaagcatttttaaaatatcatttattaggtggt < 1:2026467‑M1/4‑1 (MQ=255) atatCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAAtggttggt < 1:2107317/91‑1 (MQ=255) ttaataaaattgcacaaggatccgtcgcaattggtgctagccaacaggaagttacagaagcatttttaaaatatcatttattaggTGgtag > 1:2512906‑M1/86‑91 (MQ=255) ttaataaaattgcacaaggatccgtcgcaattggtgctagccaacaggaagttacagaagcatttttaaaatatcatttattaggTGgtag > 1:2512905‑M1/86‑91 (MQ=255) ttaataaaattgcacaaggatccgtcgcaattggtgctagccaacaggaagttacagaagcatttttaaaatatcatttattaggTGgtag > 1:1711624‑M1/86‑91 (MQ=255) ttaataaaattgcacaaggatccgtcgcaattggtgctagccaacaggaagttacagaagcatttttaaaatatcatttattaggTGgtag > 1:1711385‑M1/86‑91 (MQ=255) atCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGgtag > 1:2371413/1‑91 (MQ=255) cATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGgtag‑ta < 1:1120459/91‑1 (MQ=255) cATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGgtag‑ta < 1:3794238/91‑1 (MQ=255) cATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGgtag‑ta < 1:3794239/91‑1 (MQ=255) aataaaattgcacaaggatccgtcgcaattggtgctagccaacaggaagttacagaagcatttttaaaatatcatttattaggTGgtag‑ta > 1:1865445‑M1/84‑91 (MQ=255) aTTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGgtaggta < 1:1302609/91‑4 (MQ=255) aTTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑tac < 1:2648532/91‑1 (MQ=255) tttAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑tacc > 1:2462881/1‑91 (MQ=255) taaaattgcacaaggatccgtcgcaattggtgctagccaacaggaagttacagaagcatttttaaaatatcatttattaggTGGTAG‑tacc > 1:2903673‑M1/82‑91 (MQ=255) tAACCATTTGATAAAACGAGATGTAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑taccta < 1:3786781/91‑1 (MQ=255) tAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTAGGTAC‑taccaa < 1:1982666/91‑3 (MQ=255) tttGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCt > 1:1188004/1‑91 (MQ=255) tttGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCt > 1:2178231/1‑91 (MQ=255) ttGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCta > 1:1958917/1‑91 (MQ=255) ttGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTAGGTAC‑Taccaaccattag < 1:3475677/91‑5 (MQ=255) gATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCtaat < 1:2207176/91‑1 (MQ=255) aTAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCtaata > 1:2876341/1‑91 (MQ=255) aaaaCGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATaaa > 1:2944907/1‑91 (MQ=255) aaaaCGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATaaa > 1:2944935/1‑91 (MQ=255) agaTGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGatat > 1:2701011/1‑91 (MQ=255) gaTGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATAtt < 1:2209484/91‑1 (MQ=255) gaTGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATAtt < 1:3722122/91‑1 (MQ=255) aTGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATAttt > 1:3375133/1‑91 (MQ=255) tGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATAtttt > 1:3160014/1‑91 (MQ=255) tGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATAtttt < 1:2477610/91‑1 (MQ=255) gAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTa < 1:15158/91‑1 (MQ=255) aaGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTaa > 1:2315522/1‑91 (MQ=255) aaGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTaa > 1:382527/1‑91 (MQ=255) aGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTaaa > 1:2488152/1‑91 (MQ=255) aGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTaaa < 1:1741126/91‑1 (MQ=255) tCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTaaaaa < 1:2654940/91‑1 (MQ=255) cAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTc > 1:1328125/1‑91 (MQ=255) aTGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTg < 1:488352/91‑1 (MQ=255) tGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGt < 1:3475897/91‑1 (MQ=255) tGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGt > 1:1056270/1‑91 (MQ=255) gCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTa < 1:2452016/91‑1 (MQ=255) gCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTa > 1:2182078/1‑91 (MQ=255) ccTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTaa < 1:1214963/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAAc < 1:1982116/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAAc < 1:487316/91‑1 (MQ=255) tttAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACt < 1:264752/91‑1 (MQ=255) ttAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACtt < 1:1891318/91‑1 (MQ=255) ttAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACtt < 1:1891088/91‑1 (MQ=255) ttAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACtt < 1:1193154/91‑1 (MQ=255) ttAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGATGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACtt < 1:1959872/91‑1 (MQ=255) aaaaTGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTcc < 1:2130593/91‑1 (MQ=255) agttacagaagcatttttaaaatatcatttattaggTGGTAGGTAC‑TACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCt < 1:75166‑M1/55‑1 (MQ=255) aaaTGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCt > 1:582362/1‑91 (MQ=255) aaaTGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCt > 1:4053555/1‑91 (MQ=255) aTGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGt < 1:3511953/91‑1 (MQ=255) tGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATCTTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGtt > 1:1521026/1‑91 (MQ=255) tGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGtt < 1:529489/91‑1 (MQ=255) tGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGtt > 1:1520903/1‑91 (MQ=255) tGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGtt < 1:743971/91‑1 (MQ=255) cagaagcatttttaaaatatcatttattaggTGGTAGGTAC‑TACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGTTgg < 1:2724859‑M1/60‑1 (MQ=255) aGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGTTgg > 1:166910/1‑91 (MQ=255) 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atatcatttattaggTGGTAGGTAC‑TACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGTTGGCTAGCACCAATTGCGa < 1:2489410‑M1/76‑1 (MQ=255) ttGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGTTGGCTAGCATCAATTGCGACg > 1:3759339/1‑91 (MQ=255) ttGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGTTGGCTAGCACCAATTGCGACg < 1:148624/91‑1 (MQ=255) ttGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGTTGGCTAGCACCAATTGCGACg < 1:1941707/91‑1 (MQ=255) tgtgCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGTTGGCTAGCACCAATTGCGACgg < 1:3516218/91‑1 (MQ=255) aaTGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGTTGGCTAGCACCAATTGCGACGGATCCtt > 1:1805457/1‑91 (MQ=255) tggttggtAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGTTGGCTAGCACCAATTGCGACGGATCCTtgt > 1:2412199/1‑91 (MQ=255) tggttggtAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGTTGGCTAGCACCAATTGCGACGGATCCTtgt < 1:2345602/91‑1 (MQ=255) tggttggtAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGTTGGCTAGCACCAATTGCGACGGATCCTtgt < 1:1121044/91‑1 (MQ=255) ggttggtAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGTTGGCTAGCACCAATTGCGACGGATCCTtgtg > 1:1719281/1‑91 (MQ=255) ggTGGTAGGTAC‑TACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGTTGGCTAGCACCAATTGCGACGGATCCTTGTGc < 1:3602411‑M1/89‑1 (MQ=255) ttggtAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGTTGGCTAGCACCAATTGCGACGGATCCTTGTGCa > 1:623567/1‑91 (MQ=255) TGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGTTGGCTAGCACCAATTGCGACGGATCCTTGTGCaa < 1:3512395‑M1/91‑1 (MQ=255) TGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGTTGGCTAGCACCAATTGCGACGGATCCTTGTGCaa < 1:1676776‑M1/91‑1 (MQ=255) | TTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCCTTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTAATGGTTGGTAG‑TACCTACCACCTAATAAATGATATTTTAAAAATGCTTCTGTAACTTCCTGTTGGCTAGCACCAATTGCGACGGATCCTTGTGCAA > USA300TCH1516_ALE/1131232‑1131412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |