| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1134027 | 85 (0.860) | 8 (0.100) | 5/132 | NT | 8.7% | intergenic (+21/+41) | coaD/USA300HOU_RS05620 | Phosphopantetheine adenylyltransferase/Nicotinamide‑nucleotide adenylyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1134045 | 98 (1.210) | intergenic (+39/+23) | coaD/USA300HOU_RS05620 | Phosphopantetheine adenylyltransferase/Nicotinamide‑nucleotide adenylyltransferase | |||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
TTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCC > USA300TCH1516_ALE/1133937‑1134117 | ttATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGG < 1:832866‑M1/91‑1 (MQ=255) tATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGt > 1:1156711/1‑91 (MQ=255) cGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGACGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTa < 1:3599267/91‑1 (MQ=255) gCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCa > 1:10872/1‑91 (MQ=255) gCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCa < 1:1227983/91‑1 (MQ=255) gCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCa > 1:1645460/1‑91 (MQ=255) gATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATgg < 1:1394433/91‑1 (MQ=255) tCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGattgtaaaccatgata < 1:1967402‑M1/91‑17 (MQ=255) tCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACa > 1:2461045/1‑91 (MQ=255) tGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAAt < 1:3825321/91‑1 (MQ=255) tGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAAt < 1:1240702/91‑1 (MQ=255) gAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATc < 1:3247745‑M2/91‑2 (MQ=255) aaTTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcc > 1:1904377‑M2/1‑89 (MQ=255) ttCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATccta < 1:2622419‑M2/91‑5 (MQ=255) tCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaa < 1:218778‑M2/91‑6 (MQ=255) tCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaa < 1:1645476‑M2/91‑6 (MQ=255) gTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaa < 1:3994901‑M2/91‑8 (MQ=255) ttCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaat > 1:2411285‑M2/1‑83 (MQ=255) ttCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaat > 1:2409388‑M2/1‑83 (MQ=255) ttCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaat > 1:2411567‑M2/1‑83 (MQ=255) ttCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaat < 1:2058503‑M2/91‑9 (MQ=255) ttCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaat > 1:1252145‑M2/1‑83 (MQ=255) tCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaata > 1:646964‑M2/1‑82 (MQ=255) tCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaata > 1:3215865‑M2/1‑82 (MQ=255) ccACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatac < 1:2668781‑M2/91‑11 (MQ=255) ccACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatac > 1:2549348‑M2/1‑81 (MQ=255) ccACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatac > 1:2712272‑M2/1‑81 (MQ=255) ccACCTTATGTAGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatac > 1:4025614‑M2/1‑81 (MQ=255) aCCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGattgtaaaccatgataaacctaaaatactg < 1:1270882‑M1/91‑31 (MQ=255) aCCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatactg > 1:2001530‑M2/1‑79 (MQ=255) ccTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGattgtaaaccatgataaacctaaaatactgt < 1:3453948‑M1/91‑32 (MQ=255) ccTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatactgt < 1:2647276‑M2/91‑14 (MQ=255) tATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGtttt > 1:4036620/1‑91 (MQ=255) ttGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCAtt < 1:3469491/91‑1 (MQ=255) aaaaGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGt < 1:3270439/91‑1 (MQ=255) aaGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTa < 1:404096/91‑1 (MQ=255) aGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTaa < 1:2320708/91‑1 (MQ=255) ggCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAAc < 1:3098859/91‑1 (MQ=255) ggCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAAc < 1:3581144/91‑1 (MQ=255) ggCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTCTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAAc < 1:1786556/91‑1 (MQ=255) gCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACg > 1:993663/1‑91 (MQ=255) cATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGa < 1:3791080/91‑1 (MQ=255) ttGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTGACGata > 1:3614052/1‑91 (MQ=255) ttGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGata > 1:3744399/1‑91 (MQ=255) ttGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGata > 1:3744477/1‑91 (MQ=255) ttGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGata < 1:3174444/91‑1 (MQ=255) tGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGatat > 1:313256/1‑91 (MQ=255) gaagaagaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATAtt > 1:1212854/1‑91 (MQ=255) aagaagaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTg > 1:822161/1‑91 (MQ=255) agaagaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGc < 1:1876480/91‑1 (MQ=255) agaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGt < 1:74250/91‑1 (MQ=255) agaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGt > 1:621744/1‑91 (MQ=255) aaaTTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTAt < 1:2056659/91‑1 (MQ=255) aaaTTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTAt < 1:3611793/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |