| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1134027 | 85 (0.860) | 8 (0.100) | 5/132 | NT | 8.7% | intergenic (+21/+41) | coaD/USA300HOU_RS05620 | Phosphopantetheine adenylyltransferase/Nicotinamide‑nucleotide adenylyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1134045 | 98 (1.210) | intergenic (+39/+23) | coaD/USA300HOU_RS05620 | Phosphopantetheine adenylyltransferase/Nicotinamide‑nucleotide adenylyltransferase | |||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCTTATTGCATTGTA > USA300TCH1516_ALE/1133955‑1134133 | tGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAAt < 1:3825321/91‑1 (MQ=255)tGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAAt < 1:1239685/91‑1 (MQ=255) gAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATc < 1:3247745‑M2/91‑2 (MQ=255) aaTTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcc > 1:1904377‑M2/1‑89 (MQ=255) ttCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATccta < 1:2622419‑M2/91‑5 (MQ=255) tCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaa < 1:218778‑M2/91‑6 (MQ=255) tCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaa < 1:1645476‑M2/91‑6 (MQ=255) cGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaa < 1:4071521‑M2/91‑7 (MQ=255) cGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaa < 1:3767205‑M2/91‑7 (MQ=255) gTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaa < 1:3994901‑M2/91‑8 (MQ=255) ttCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaat > 1:1252145‑M2/1‑83 (MQ=255) ttCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaat > 1:1769763‑M2/1‑83 (MQ=255) ttCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaat < 1:2058503‑M2/91‑9 (MQ=255) ttCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaat > 1:2411285‑M2/1‑83 (MQ=255) 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ccTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatactgt < 1:2647276‑M2/91‑14 (MQ=255) tATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGtttt > 1:4036620/1‑91 (MQ=255) tATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGtttt > 1:4036892/1‑91 (MQ=255) aaaaGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGt < 1:3270439/91‑1 (MQ=255) aGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTaa > 1:3699656/1‑91 (MQ=255) aGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTaa < 1:2320708/91‑1 (MQ=255) ggCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAAc < 1:3098859/91‑1 (MQ=255) ggCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAAc < 1:3581144/91‑1 (MQ=255) ggCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTCTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAAc < 1:1786556/91‑1 (MQ=255) gCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACg > 1:993663/1‑91 (MQ=255) cATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGa < 1:3791080/91‑1 (MQ=255) aTTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGat > 1:3128050/1‑91 (MQ=255) ttGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTGACGata > 1:3614052/1‑91 (MQ=255) ttGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGata > 1:3744477/1‑91 (MQ=255) ttGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGata < 1:3174444/91‑1 (MQ=255) tGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGatat > 1:313256/1‑91 (MQ=255) tGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGatat > 1:3111498/1‑91 (MQ=255) gaagaagaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATAtt > 1:1212854/1‑91 (MQ=255) aagaagaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTg > 1:822161/1‑91 (MQ=255) agaagaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGc < 1:1876480/91‑1 (MQ=255) agaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGt > 1:621744/1‑91 (MQ=255) aaaTTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTAt < 1:3611794/91‑1 (MQ=255) aaGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAgg > 1:3692750/1‑91 (MQ=255) aaGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAgg > 1:219754/1‑91 (MQ=255) aaGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAgg > 1:2720947/1‑91 (MQ=255) aGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGc > 1:2502881/1‑91 (MQ=255) gTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCg > 1:2151137/1‑91 (MQ=255) gTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCg > 1:297294/1‑91 (MQ=255) taaAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGtt < 1:1358355/91‑1 (MQ=255) taaAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGtt > 1:3583597/1‑91 (MQ=255) taaAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGtt < 1:867244/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTg < 1:1481723/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |