BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	1182690 =	121 (1.230)	5 (0.060)	4/136	NT	5.1%	intergenic (+20/‑113)	USA300HOU_RS05900/yfnB	Antibacterial protein 3/Putative HAD‑hydrolase YfnB
*	?	USA300TCH1516_ALE	1182741 =	84 (1.010)	5 (0.060)	4/136	NT	5.1%	intergenic (+71/‑62)	USA300HOU_RS05900/yfnB	Antibacterial protein 3/Putative HAD‑hydrolase YfnB

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AATTAGGCACAAGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGATTTAGATACAT  >  USA300TCH1516_ALE/1182600‑1182779

agtctatcaaaatatttttatatcccaatttccccatctcctatattgtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaat                                                                                           <  1:4053477‑M1/1‑1 (MQ=255)

aaTTAGGCACAAGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCttt                                                                                           <  1:2515771/91‑1 (MQ=255)

 gtctatcaaaatatttttatatcccaatttccccatctcctatattgtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaata                                                                                          >  1:3253823‑M1/90‑91 (MQ=255)

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     atcaaaatatttttatatcccaatttccccatctcctatattgtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaataaaat                                                                                      <  1:2678356‑M1/6‑1 (MQ=255)

        acaAGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATaaa                                                                                   <  1:128035/91‑1 (MQ=255)

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         caAGTAGCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAAc                                                                                  <  1:361282/91‑1 (MQ=255)

         aaatatttttatatcccaatttccccatctcctatattgtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaaTAAAATAAAc                                                                                  >  1:2882159‑M1/82‑91 (MQ=255)

          aaGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACt                                                                                 >  1:3929849/1‑91 (MQ=255)

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              aTCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGt                                                                             <  1:1340545/91‑1 (MQ=255)

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                     aCATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATa                                                                      >  1:7378/1‑91 (MQ=255)

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                                                                         taataaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGt                  <  1:1854739/91‑1 (MQ=255)

                                                                         taataaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGt                  <  1:1428946/91‑1 (MQ=255)

                                                                         taataaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGt                  >  1:3633618/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ataaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTa                >  1:461016/1‑91 (MQ=255)

                                                                             aaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAg              >  1:3036600/1‑91 (MQ=255)

                                                                              aCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGa             <  1:1658897/91‑1 (MQ=255)

                                                                              aCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGa             <  1:1658720/91‑1 (MQ=255)

                                                                               cTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGAt            <  1:2850225/91‑1 (MQ=255)

                                                                                 aaTATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGAttt          <  1:1323293/91‑1 (MQ=255)

                                                                                   tatTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGATTTAg        <  1:2419865/91‑1 (MQ=255)

                                                                                    atTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGATTTAGa       <  1:2902221/91‑1 (MQ=255)

                                                                                     ttCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGATTTAGAt      >  1:1925354/1‑91 (MQ=255)

                                                                                         ttAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGATTTAGATACAt  >  1:1838647/1‑91 (MQ=255)

AATTAGGCACAAGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGATTTAGATACAT  >  USA300TCH1516_ALE/1182600‑1182779

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.