| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1183556 | 113 (1.150) | 9 (0.100) | 7/140 | NT | 7.7% | intergenic (+67/+42) | yfnB/USA300HOU_RS05910 | Putative HAD‑hydrolase YfnB/putative N‑acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1183574 | 116 (1.350) | intergenic (+85/+24) | yfnB/USA300HOU_RS05910 | Putative HAD‑hydrolase YfnB/putative N‑acetyltransferase | |||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
CAACTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACAATAAGACATCATGTCCCTCTATATTTTTAGCTTCC > USA300TCH1516_ALE/1183466‑1183646 | caacTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGA < 1:3697380‑M1/91‑1 (MQ=255) acTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGaaa > 1:3284298/1‑91 (MQ=255) acTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAgc > 1:4100171‑M1/1‑89 (MQ=255) tAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAg < 1:3709607/91‑1 (MQ=255) aaaTGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGa < 1:2505668/91‑1 (MQ=255) aaaTGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGa < 1:2284860/91‑1 (MQ=255) aaTGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGAt > 1:4042022/1‑91 (MQ=255) aaTGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGAt > 1:1370206/1‑91 (MQ=255) aTGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATg < 1:3962158/91‑1 (MQ=255) aTGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATg < 1:609157/91‑1 (MQ=255) atatTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCAt > 1:2523902/1‑91 (MQ=255) tatTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCAtt < 1:3375245/91‑1 (MQ=255) atTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCAttt < 1:3247553/91‑1 (MQ=255) ttGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCAtttt > 1:3483479/1‑91 (MQ=255) 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aCAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgtagt < 1:1615809‑M2/91‑8 (MQ=255) cAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgtagtg > 1:3939524‑M2/1‑83 (MQ=255) aaaTAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgtagtgt > 1:296861‑M2/1‑82 (MQ=255) aaaTAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgtagtgt > 1:1357653‑M2/1‑82 (MQ=255) aaaTAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgtagtgt > 1:1358721‑M2/1‑82 (MQ=255) ataatTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAgcatgaaaatgcatcttttcgtagtgtct < 1:2700857‑M1/91‑30 (MQ=255) ataatTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCg < 1:3056375/91‑1 (MQ=255) ataatTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCg < 1:2366957/91‑1 (MQ=255) taatTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGa > 1:1977325/1‑91 (MQ=255) aatTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGaa > 1:3585105/1‑91 (MQ=255) atTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAat < 1:881938/91‑1 (MQ=255) tttGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAata > 1:2719677/1‑91 (MQ=255) gAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAAtatta > 1:374151/1‑91 (MQ=255) gAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAAtatta > 1:374311/1‑91 (MQ=255) gAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAAtatta < 1:1188733/91‑1 (MQ=255) aaaaTGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAACAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAAtattat > 1:3588509/1‑91 (MQ=255) aaaaTGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAgcatgaaaatgcatcttttcgtagtgtcttttttaca < 1:1313192‑M1/91‑38 (MQ=255) aaaaTGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAAtattat < 1:648079/91‑1 (MQ=255) aaaTGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAAtattatt < 1:2584514/91‑1 (MQ=255) aaTGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAAtattatta < 1:2826896/91‑1 (MQ=255) gATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCt < 1:2150589/91‑1 (MQ=255) gATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCt < 1:530502/91‑1 (MQ=255) aTTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCtt < 1:2868335/91‑1 (MQ=255) tttACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTa > 1:3442214/1‑91 (MQ=255) ttACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTAt < 1:1854954/91‑1 (MQ=255) tACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATg > 1:321510/1‑91 (MQ=255) aCTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATgg < 1:3352165/91‑1 (MQ=255) cTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGt < 1:4085385/91‑1 (MQ=255) tatTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTcc > 1:1134401/1‑91 (MQ=255) tatTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTcc > 1:230964/1‑91 (MQ=255) aGCTTAAGAAAGTAAGTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACaa < 1:1552839/91‑1 (MQ=255) cTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACAATa > 1:1573676/1‑91 (MQ=255) 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cacTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgtagtgtcttttttacaattactttcttaagctaatataagtaaatcattttcaaattatttg < 1:3981104‑M2/91‑66 (MQ=255) cacTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACAATAAGACATCATGTCCCTCTATAttttt > 1:673436/1‑91 (MQ=255) acTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACAATAAGACATCATGTCCCTCTATATTTTTa > 1:338621/1‑91 (MQ=255) cTACGAgcatgaaaatgcatcttttcgtagtgtcttttttacaattactttcttaagctaatataagtaaatcattttcaaattatttgtc > 1:1705756‑M1/1‑6 (MQ=255) cTACGAgcatgaaaatgcatcttttcgtagtgtcttttttacaattactttcttaagctaatataagtaaatcattttcaaattatttgtc < 1:2687109‑M1/91‑86 (MQ=255) cTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACAATAAGACATCATGTCCCTCTATATTTTTAg > 1:1403919/1‑91 (MQ=255) tACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACAATAAGACATCATGTCCCTCTATATTTTTAGc > 1:1523696/1‑91 (MQ=255) tACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACAATAAGACATCATGTCCCTCTATATTTTTAGc > 1:2756706/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |