| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1236587 | 71 (0.720) | 10 (0.110) | 6/144 | NT | 11.8% | intergenic (+101/+280) | thiN/rpmB | Thiamine pyrophosphokinase/50S ribosomal protein L28 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1236607 | 86 (0.970) | intergenic (+121/+260) | thiN/rpmB | Thiamine pyrophosphokinase/50S ribosomal protein L28 | |||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
ATTTGTGAGGATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGA > USA300TCH1516_ALE/1236497‑1236677 | aTTTGTGAGGATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGC < 1:2518460‑M1/91‑1 (MQ=255)aTTTGTGAGGATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGC > 1:3282113‑M1/1‑91 (MQ=255)aTTTGTGAGGATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGC > 1:1398181‑M1/1‑91 (MQ=255)aTTTGTGAGGATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGC < 1:66298‑M1/91‑1 (MQ=255) tttGTGAGGATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCt < 1:2127297/91‑1 (MQ=255) tttGTGAGGATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCt < 1:1506637/91‑1 (MQ=255) tgtgAGGATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGt < 1:1267363/91‑1 (MQ=255) gtgAGGATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGta > 1:1846979/1‑91 (MQ=255) tgAGGATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGtaa > 1:692486/1‑91 (MQ=255) tgAGGATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGtaa < 1:228654/91‑1 (MQ=255) tgAGGATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGtaa < 1:922455/91‑1 (MQ=255) tgAGGATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGtaa > 1:312739/1‑91 (MQ=255) tgAGGATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGtaa > 1:316841/1‑91 (MQ=255) tgAGGATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGtaa > 1:160229/1‑91 (MQ=255) gAGGATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGtaat > 1:271267/1‑91 (MQ=255) ggATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGtaatta > 1:2210466/1‑91 (MQ=255) ggATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGtaatta > 1:980217/1‑91 (MQ=255) gATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAACAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGtaattaa > 1:1399807/1‑91 (MQ=255) aTTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGtaattaat > 1:2344071/1‑91 (MQ=255) aTTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGtaattaat > 1:2342376/1‑91 (MQ=255) taataaAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGa > 1:4059173/1‑91 (MQ=255) aataaAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGAt < 1:1155578/91‑1 (MQ=255) taaAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCcataatcttcattaatta < 1:3615907‑M1/91‑19 (MQ=255) taaAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCcataatcttcattaatta < 1:3249357‑M1/91‑19 (MQ=255) taaAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTa > 1:615956/1‑91 (MQ=255) aaGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATg > 1:419035/1‑91 (MQ=255) aGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCcataatcttcattaattacag < 1:1312242‑M1/91‑22 (MQ=255) aGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCcataatcttcattaattacag < 1:2109972‑M1/91‑22 (MQ=255) aGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGg < 1:3959771‑M2/91‑2 (MQ=255) aGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGg > 1:1884152‑M2/1‑90 (MQ=255) aGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGg > 1:3914140‑M2/1‑90 (MQ=255) gTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGgc > 1:2746537‑M2/1‑89 (MQ=255) gTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGgc < 1:2657183‑M2/91‑3 (MQ=255) gTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGgc < 1:2657471‑M2/91‑3 (MQ=255) gCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCcataatcttcattaattacagcgt < 1:284148‑M1/91‑25 (MQ=255) gCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGgcgt > 1:1775635‑M2/1‑87 (MQ=255) tGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGgcgtgat > 1:2639339‑M2/1‑84 (MQ=255) tGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGgcgtgat > 1:2046120‑M2/1‑84 (MQ=255) gAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGgcgtgatt > 1:3328917‑M2/1‑83 (MQ=255) aGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGAttt < 1:1150919/91‑1 (MQ=255) gTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATtta < 1:2001963/91‑1 (MQ=255) ttATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGGATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATttat < 1:14793/91‑1 (MQ=255) aTTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCcataatcttcattaattacagcgtgattcatct < 1:1353928‑M1/91‑34 (MQ=255) tttAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTtattat < 1:107114/91‑1 (MQ=255) tttAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTtattat < 1:1427321/91‑1 (MQ=255) ttAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTattatt < 1:2524437/91‑1 (MQ=255) taataaAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTACTGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTg > 1:1218369/1‑91 (MQ=255) taataaAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTg > 1:2118031/1‑91 (MQ=255) taaAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGaaa > 1:2698512/1‑91 (MQ=255) aaGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAgg < 1:892161/91‑1 (MQ=255) gACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGaaaa < 1:3609415/91‑1 (MQ=255) cGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAAtt < 1:3576781/91‑1 (MQ=255) gTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTg > 1:1864970/1‑91 (MQ=255) gTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTg > 1:1865008/1‑91 (MQ=255) tataGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTCTAg > 1:3738606/1‑91 (MQ=255) tagatagaATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGt > 1:631842/1‑91 (MQ=255) tagatagaATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGt > 1:2235756/1‑91 (MQ=255) tagaATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTa > 1:2479711/1‑91 (MQ=255) agaATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAg > 1:1912696/1‑91 (MQ=255) agaATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAg < 1:3035616/91‑1 (MQ=255) agaATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAg < 1:1682954/91‑1 (MQ=255) gaATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGt > 1:3604930/1‑91 (MQ=255) aaTTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTa < 1:577231/91‑1 (MQ=255) aaTTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTa < 1:1114749/91‑1 (MQ=255) tttATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACa < 1:3264440/91‑1 (MQ=255) ttATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACAt > 1:3406521/1‑91 (MQ=255) ataACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTg < 1:4037681/91‑1 (MQ=255) aaCATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGAt < 1:940090/91‑1 (MQ=255) aCATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGAtt > 1:3387546/1‑91 (MQ=255) ataataataGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTa > 1:3113361/1‑91 (MQ=255) taataataGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTAt < 1:3827522/91‑1 (MQ=255) taataataGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATCTAt > 1:3349468/1‑91 (MQ=255) aTGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCaaaa > 1:3193869/1‑91 (MQ=255) gAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATc > 1:2227411/1‑91 (MQ=255) aaTCACGCcataatcttcattaattacagcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactc > 1:3328917‑M1/1‑8 (MQ=255) aaTCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCg < 1:4077562/91‑1 (MQ=255) aTCACGCcataatcttcattaattacagcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactca > 1:2639339‑M1/1‑7 (MQ=255) aTCACGCcataatcttcattaattacagcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactca < 1:3358790‑M1/91‑85 (MQ=255) aTCACGCcataatcttcattaattacagcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactca > 1:2046120‑M1/1‑7 (MQ=255) aTCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGa < 1:1888795/91‑1 (MQ=255) aTCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGa < 1:791384/91‑1 (MQ=255) aCGCcataatcttcattaattacagcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgc > 1:1775635‑M1/1‑4 (MQ=255) aCGCcataatcttcattaattacagcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgc > 1:1442593‑M1/1‑4 (MQ=255) aCGCcataatcttcattaattacagcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgc > 1:232650‑M1/1‑4 (MQ=255) aCGCTGTAATTAATGAAGATTATGgcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgc < 1:284148‑M2/91‑68 (MQ=255) aCGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCATGATTTATTATTGAAAGGGAAAATGTAGGTCCTAGTACATTGATGTATGTGCCAAAATCGatat < 1:924676/91‑1 (MQ=255) cGCcataatcttcattaattacagcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgca < 1:1738983‑M1/91‑89 (MQ=255) cGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATAtt > 1:3360265/1‑91 (MQ=255) gCcataatcttcattaattacagcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgcac > 1:2746537‑M1/1‑2 (MQ=255) gCcataatcttcattaattacagcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgcac < 1:2657471‑M1/91‑90 (MQ=255) gCTGTAATTAATGAAGATTATGgcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgcac < 1:2562135‑M2/91‑70 (MQ=255) gCTGTAATTAATGAAGATTATGgcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgcac < 1:3569191‑M2/91‑70 (MQ=255) gCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTg > 1:2567242/1‑91 (MQ=255) gCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTg < 1:104055/91‑1 (MQ=255) ccataatcttcattaattacagcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgcact > 1:452920‑M1/1‑1 (MQ=255) ccataatcttcattaattacagcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgcact < 1:3959771‑M1/91‑91 (MQ=255) ccataatcttcattaattacagcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgcact > 1:3914140‑M1/1‑1 (MQ=255) ccataatcttcattaattacagcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgcact > 1:1884873‑M1/1‑1 (MQ=255) cTGTAATTAATGAAGATTATGgcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgcact < 1:1312242‑M2/91‑71 (MQ=255) cTGTAATTAATGAAGATTATGgcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgcact < 1:2109971‑M2/91‑71 (MQ=255) | ATTTGTGAGGATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGA > USA300TCH1516_ALE/1236497‑1236677 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |