New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1236587 | 71 (0.720) | 10 (0.110) | 6/144 | NT | 11.8% | intergenic (+101/+280) | thiN/rpmB | Thiamine pyrophosphokinase/50S ribosomal protein L28 |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1236607 | 86 (0.970) | intergenic (+121/+260) | thiN/rpmB | Thiamine pyrophosphokinase/50S ribosomal protein L28 |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
AAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAACCCATAAGTCCAATTTGA > USA300TCH1516_ALE/1236517‑1236696 | aaGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATg > 1:419035/1‑91 (MQ=255) aGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGg > 1:1884152‑M2/1‑90 (MQ=255) aGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGg > 1:1884873‑M2/1‑90 (MQ=255) aGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGg > 1:452920‑M2/1‑90 (MQ=255) aGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGg > 1:3914140‑M2/1‑90 (MQ=255) aGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGg < 1:3959771‑M2/91‑2 (MQ=255) gTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGgc < 1:2657183‑M2/91‑3 (MQ=255) gTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGgc < 1:2657471‑M2/91‑3 (MQ=255) gTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGgc > 1:2746537‑M2/1‑89 (MQ=255) tGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGgcg < 1:1738983‑M2/91‑4 (MQ=255) gCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGgcgt > 1:1775635‑M2/1‑87 (MQ=255) gCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGgcgt > 1:1442593‑M2/1‑87 (MQ=255) tGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGgcgtgat > 1:2639339‑M2/1‑84 (MQ=255) tGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGgcgtgat < 1:3358790‑M2/91‑8 (MQ=255) tGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGgcgtgat > 1:2046120‑M2/1‑84 (MQ=255) gAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGgcgtgatt > 1:3328917‑M2/1‑83 (MQ=255) aGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGAttt < 1:1150919/91‑1 (MQ=255) gTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATtta < 1:2001963/91‑1 (MQ=255) ttATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGGATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATttat < 1:14793/91‑1 (MQ=255) tttAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTtattat > 1:3063872/1‑91 (MQ=255) tttAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTtattat < 1:107114/91‑1 (MQ=255) tttAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTtattat > 1:1641269/1‑91 (MQ=255) ttAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTattatt < 1:2524437/91‑1 (MQ=255) taataaAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTACTGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTg > 1:1218369/1‑91 (MQ=255) taataaAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTg > 1:2118031/1‑91 (MQ=255) ataaAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGaa > 1:1169734/1‑91 (MQ=255) taaAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGaaa > 1:2698512/1‑91 (MQ=255) aaaGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAg < 1:1401301/91‑1 (MQ=255) aaGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAgg < 1:892161/91‑1 (MQ=255) gTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGaa > 1:4032296/1‑91 (MQ=255) gACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGaaaa < 1:3609415/91‑1 (MQ=255) aCGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAAt < 1:745975/91‑1 (MQ=255) aCGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAAt > 1:1291099/1‑91 (MQ=255) cGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAAtt < 1:3576781/91‑1 (MQ=255) gTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTg > 1:1864970/1‑91 (MQ=255) gTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTg > 1:1865008/1‑91 (MQ=255) tataGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTCTAg > 1:3738606/1‑91 (MQ=255) tagatagaATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGt > 1:2235756/1‑91 (MQ=255) tagaATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTa > 1:2479711/1‑91 (MQ=255) agaATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAg < 1:3035616/91‑1 (MQ=255) agaATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAg < 1:1682954/91‑1 (MQ=255) gaATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGt > 1:3604930/1‑91 (MQ=255) aaTTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTa < 1:577231/91‑1 (MQ=255) aaTTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTa < 1:1114749/91‑1 (MQ=255) aaTTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTa < 1:3915151/91‑1 (MQ=255) aTTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTAc < 1:2198343/91‑1 (MQ=255) tttATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACa < 1:3264440/91‑1 (MQ=255) ttATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACAt > 1:3406521/1‑91 (MQ=255) ataACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTg < 1:4037681/91‑1 (MQ=255) taACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGa < 1:2264711/91‑1 (MQ=255) aaCATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGAt < 1:940090/91‑1 (MQ=255) aCATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGAtt > 1:2696474/1‑91 (MQ=255) aCATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGAtt > 1:3243276/1‑91 (MQ=255) aCATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGAtt > 1:3387546/1‑91 (MQ=255) ataataataGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTa > 1:3113361/1‑91 (MQ=255) taataataGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTAt < 1:3827522/91‑1 (MQ=255) taataataGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATCTAt > 1:3349468/1‑91 (MQ=255) ataataGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTAtgt < 1:4088220/91‑1 (MQ=255) aataGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTGATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGc < 1:3292091/91‑1 (MQ=255) aataGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGAGCTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGc > 1:1965909/1‑91 (MQ=255) aGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGgcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaat < 1:1353928‑M2/91‑59 (MQ=255) gAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATc > 1:2227411/1‑91 (MQ=255) aaTCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCg < 1:4077562/91‑1 (MQ=255) aTCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGa < 1:1888795/91‑1 (MQ=255) aTCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGa > 1:3584298/1‑91 (MQ=255) aTCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGa < 1:791384/91‑1 (MQ=255) aCGCTGTAATTAATGAAGATTATGgcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgc < 1:284148‑M2/91‑68 (MQ=255) aCGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCTTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGatat < 1:924712/91‑1 (MQ=255) aCGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGatat < 1:3867756/91‑1 (MQ=255) aCGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCATGATTTATTATTGAAAGGGAAAATGTAGGTCCTAGTACATTGATGTATGTGCCAAAATCGatat < 1:924676/91‑1 (MQ=255) cGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATAtt > 1:3360265/1‑91 (MQ=255) gCTGTAATTAATGAAGATTATGgcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgcac < 1:3569191‑M2/91‑70 (MQ=255) gCTGTAATTAATGAAGATTATGgcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgcac < 1:2562135‑M2/91‑70 (MQ=255) gCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTg < 1:628134/91‑1 (MQ=255) gCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTg < 1:104055/91‑1 (MQ=255) gCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTg > 1:2567242/1‑91 (MQ=255) cTGTAATTAATGAAGATTATGgcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgcact < 1:1312242‑M2/91‑71 (MQ=255) cTGTAATTAATGAAGATTATGgcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgcact < 1:2109971‑M2/91‑71 (MQ=255) gTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAAc < 1:955135/91‑1 (MQ=255) gTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAAc < 1:954146/91‑1 (MQ=255) gTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAAc > 1:1524997/1‑91 (MQ=255) taattaatGAAGATTATGgcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgcacttta < 1:3249357‑M2/91‑74 (MQ=255) taattaatGAAGATTATGgcgtgattcatctattattatgttataaattctatctataaacgtcactttattaaataactcatgcacttta < 1:3615907‑M2/91‑74 (MQ=255) taattaatGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAAcc > 1:1925479/1‑91 (MQ=255) aattaatGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAAccc < 1:521859/91‑1 (MQ=255) attaatGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAACCCa > 1:876483/1‑91 (MQ=255) ttaatGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAACCCAt < 1:1563703/91‑1 (MQ=255) aatGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAACCCATaa < 1:3614684/91‑1 (MQ=255) aatGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAACCCATaa < 1:3631330/91‑1 (MQ=255) tGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAACCCATAAGt < 1:2375668/91‑1 (MQ=255) tGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAACCCATAAGt < 1:518177/91‑1 (MQ=255) gAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAACCCATAAGTc < 1:3477849/91‑1 (MQ=255) gAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAACCCATAAGTc > 1:134803/1‑91 (MQ=255) aaGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAACCCATAAGTcc < 1:1427519/91‑1 (MQ=255) aGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAACCCATAAGTCCa < 1:2356573/91‑1 (MQ=255) gATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAACCCATAAGTCCaa < 1:16232/91‑1 (MQ=255) aTTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAACCCATAAGTCCAAt < 1:782099/91‑1 (MQ=255) aTGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAACCCATAAGTCCAATTTg > 1:3716266/1‑91 (MQ=255) aTGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAACCCATAAGTCCAATTTg > 1:554538/1‑91 (MQ=255) tGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAACCCATAAGTCCAATTTGa < 1:1512041/91‑1 (MQ=255) | AAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATTGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAACCCATAAGTCCAATTTGA > USA300TCH1516_ALE/1236517‑1236696 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |