| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1255967 = | 82 (0.830) | 10 (0.120) | 6/134 | NT | 14.1% | intergenic (+183/+61) | rplS/USA300HOU_RS06250 | 50S ribosomal protein L19/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1256006 = | 53 (0.640) | intergenic (+222/+22) | rplS/USA300HOU_RS06250 | 50S ribosomal protein L19/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTAGCAACATTATTTTTGTCTTGCCCATCTCGTGAAAAT > USA300TCH1516_ALE/1255877‑1256057 | tttGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACaaa > 1:3636111/1‑91 (MQ=255)ttataacaattactatatttggcattatatgtagtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaata < 1:4090593‑M1/1‑1 (MQ=255) tGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACaaaaa > 1:3790247/1‑91 (MQ=255) tGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACaaaaa < 1:3881131/91‑1 (MQ=255) taacaattactatatttggcattatatgtagtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAAt < 1:2935669‑M1/4‑1 (MQ=255) taacaattactatatttggcattatatgtagtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAAt < 1:3821677‑M1/4‑1 (MQ=255) cTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATc > 1:2303811/1‑91 (MQ=255) cTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATc > 1:1462046/1‑91 (MQ=255) tGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATct > 1:1863219/1‑91 (MQ=255) tGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATct < 1:1839847/91‑1 (MQ=255) aattactatatttggcattatatgtagtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATctac < 1:1715290‑M1/8‑1 (MQ=255) ttAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATctact < 1:3563559/91‑1 (MQ=255) ttAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATctact < 1:3677221/91‑1 (MQ=255) ttactatatttggcattatatgtagtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATctacta > 1:2474210‑M1/82‑91 (MQ=255) tactatatttggcattatatgtagtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATCTACTaa > 1:2738‑M1/81‑91 (MQ=255) tactatatttggcattatatgtagtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATCTACTaa < 1:4121829‑M1/11‑1 (MQ=255) actatatttggcattatatgtagtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATCTACTAAg > 1:1877343‑M1/80‑91 (MQ=255) ctatatttggcattatatgtagtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATCTACTAAGt < 1:820820‑M1/13‑1 (MQ=255) aaTGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGc < 1:1001791/91‑1 (MQ=255) aaTGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGc > 1:2958569/1‑91 (MQ=255) aaTGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGc < 1:4127076/91‑1 (MQ=255) aTGTAAAGTTGATAATGGAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGcc < 1:3547567/91‑1 (MQ=255) tGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCa < 1:786922/91‑1 (MQ=255) tGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCa < 1:787228/91‑1 (MQ=255) tGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCa > 1:3691346/1‑91 (MQ=255) tGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCa > 1:2376092/1‑91 (MQ=255) gTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCAt < 1:588075/91‑1 (MQ=255) aaGTTGATAGTGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGa < 1:3969068/91‑1 (MQ=255) ttGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGaaaa < 1:332220/91‑1 (MQ=255) tGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAg < 1:385673/91‑1 (MQ=255) atatgtagtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGa > 1:2807262‑M1/65‑91 (MQ=255) aTAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGa < 1:1023672/91‑1 (MQ=255) tAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGAc < 1:1516624/91‑1 (MQ=255) atgtagtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACt > 1:1870995‑M1/63‑91 (MQ=255) aaTGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACt > 1:2839644/1‑91 (MQ=255) aaTGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACt < 1:4049023/91‑1 (MQ=255) aaTGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACt < 1:827146/91‑1 (MQ=255) aTGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACtt < 1:1220031/91‑1 (MQ=255) tagtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTtag > 1:948846‑M1/60‑91 (MQ=255) tagtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTtag > 1:949941‑M1/60‑91 (MQ=255) gTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTtag < 1:383622/91‑1 (MQ=255) agtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTtagt > 1:656764‑M1/59‑91 (MQ=255) agtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTtagt > 1:432523‑M1/59‑91 (MQ=255) aaTTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTtagta > 1:3068658/1‑91 (MQ=255) tattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTtagtag > 1:3310634‑M1/57‑91 (MQ=255) tattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTtagtag > 1:1714788‑M1/57‑91 (MQ=255) aTTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTtagtag > 1:3578040/1‑91 (MQ=255) gTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGAtt > 1:559045/1‑91 (MQ=255) gTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGAtt > 1:3016052/1‑91 (MQ=255) attttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGAttt > 1:626621‑M1/53‑91 (MQ=255) ttATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGAttat < 1:2262665/91‑3 (MQ=255) ttATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGAttat < 1:2262730/91‑3 (MQ=255) ttCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATttatta < 1:55940/91‑1 (MQ=255) tcccTTCTTTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATGAAAAAGGACTTAGTAGATttatta < 1:3922411/89‑1 (MQ=255) tCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTaa < 1:3450129/91‑1 (MQ=255) tCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTaa > 1:3212055/1‑91 (MQ=255) tCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTaa > 1:2331513/1‑91 (MQ=255) ccTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTaaa < 1:153052/91‑1 (MQ=255) tATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGc < 1:3841564/91‑1 (MQ=255) ttCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGt > 1:2172776/1‑91 (MQ=255) tCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTa > 1:2176066/1‑91 (MQ=255) cATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTAg < 1:4106985/91‑1 (MQ=255) cATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTAg > 1:3450183/1‑91 (MQ=255) tAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTAGCa > 1:2309511/1‑91 (MQ=255) tAACGTGTTTGCTC‑AAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTAGCaa < 1:2113565/91‑1 (MQ=255) tAACGTGGTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTAGCa < 1:636897/91‑1 (MQ=255) aaCGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTAGCaa < 1:1769388/91‑1 (MQ=255) aCGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTAGCAAc > 1:505356/1‑91 (MQ=255) aCGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTAGCAAc < 1:4089534/91‑1 (MQ=255) aCGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTAGCAAc < 1:1097217/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |