| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1262900 = | 95 (0.970) | 7 (0.080) | 5/140 | NT | 7.6% | intergenic (+25/‑202) | sucD/lytN_1 | Succinate‑‑CoA ligase [ADP‑forming] subunit alpha/putative cell wall hydrolase LytN |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1262943 = | 87 (1.010) | intergenic (+68/‑159) | sucD/lytN_1 | Succinate‑‑CoA ligase [ADP‑forming] subunit alpha/putative cell wall hydrolase LytN | |||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
TCAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACA > USA300TCH1516_ALE/1262810‑1262989 | ttctttgttttataaagctattgtaggaggtaaaataattaacttgtctttcaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaa < 1:43682‑M1/1‑1 (MQ=255)tctttgttttataaagctattgtaggaggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaa < 1:3020887‑M1/1‑1 (MQ=255) cAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT < 1:2562270‑M1/91‑1 (MQ=255) ttgttttataaagctattgtaggaggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAg > 1:2837595‑M1/88‑91 (MQ=255) aCATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAG < 1:1891939‑M1/91‑1 (MQ=255) cATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGC > 1:1325238‑M1/1‑91 (MQ=255) cATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGC < 1:1651593‑M1/91‑1 (MQ=255) gttttataaagctattgtaggaggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGcc < 1:3999738‑M1/6‑1 (MQ=255) gttttataaagctattgtaggaggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGcc > 1:1867998‑M1/86‑91 (MQ=255) ttttataaagctattgtaggaggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGccc < 1:3045570‑M1/7‑1 (MQ=255) ttttataaagctattgtaggaggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGccc < 1:3045571‑M1/7‑1 (MQ=255) tttataaagctattgtaggaggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcactacaaATAGCCCa > 1:3171640‑M1/84‑91 (MQ=255) tttataaagctattgtaggaggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcactacaaATAGCCCa > 1:3171617‑M1/84‑91 (MQ=255) tttagaaagctattgaaggaggtaaaataattaacttgccttttcaaaatatgaaaagcgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCa > 1:3802131‑M1/84‑91 (MQ=255) tAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCA < 1:1285223‑M1/91‑1 (MQ=255) tAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCA > 1:4112253‑M1/1‑91 (MQ=255) ttataaagctattgtaggaggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCAt < 1:1307004‑M1/9‑1 (MQ=255) gAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCa > 1:2015014/1‑91 (MQ=255) aGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATa > 1:2935241/1‑91 (MQ=255) gctgctAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAc < 1:4009482/91‑1 (MQ=255) gctAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATCAATAAAGGCAAAAGATGATATCAATGGCTATAGCCCATTCCATACttt > 1:563682/1‑91 (MQ=255) gctAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACttt > 1:1482616/1‑91 (MQ=255) 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gaagCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATaaaa > 1:4049418/1‑91 (MQ=255) ggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTa > 1:1397291‑M1/64‑91 (MQ=255) gCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTa > 1:2274155/1‑91 (MQ=255) gCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTa > 1:2700382/1‑91 (MQ=255) gCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTa > 1:1637077/1‑91 (MQ=255) gCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTa > 1:1637223/1‑91 (MQ=255) gCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTa > 1:2274168/1‑91 (MQ=255) cAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagt < 1:3468433‑M1/91‑20 (MQ=255) cAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTAt < 1:3977844/91‑1 (MQ=255) taaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATc > 1:1717903‑M1/62‑91 (MQ=255) taaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATc > 1:1241494‑M1/62‑91 (MQ=255) taaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATc > 1:14196‑M1/62‑91 (MQ=255) ggTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCg < 1:3701928/91‑1 (MQ=255) ggTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCg > 1:840025/1‑91 (MQ=255) ggTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACATTATAAAAGTGTCg > 1:3740145/1‑91 (MQ=255) ggTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACATTATAAAAGTCTCg > 1:3740205/1‑91 (MQ=255) gTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCgg > 1:3398991/1‑91 (MQ=255) gTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCgg > 1:1213710/1‑91 (MQ=255) gTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGAGGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCgg > 1:1121546/1‑91 (MQ=255) aaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCgg > 1:4042110‑M1/60‑91 (MQ=255) tATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatgg < 1:935419‑M1/91‑24 (MQ=255) tATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatgg < 1:1643443‑M1/91‑24 (MQ=255) aTTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAa < 1:2802575‑M2/91‑2 (MQ=255) ttATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatggaat < 1:1701169‑M1/91‑27 (MQ=255) ttATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAGAGTATCGGAaat > 1:2205559‑M2/1‑88 (MQ=255) aaTCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAaatgggct < 1:2451067‑M2/91‑9 (MQ=255) aaTCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAaatgggct > 1:2272802‑M2/1‑83 (MQ=255) aTCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAaatgggcta > 1:590106‑M2/1‑82 (MQ=255) cATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTAtt > 1:2700475/1‑91 (MQ=255) cATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTAtt < 1:2830585/91‑1 (MQ=255) ttattaACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTg > 1:2932263/1‑91 (MQ=255) tattaACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGt > 1:76228/1‑91 (MQ=255) tattaACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGt > 1:3816868/1‑91 (MQ=255) aaCTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTg > 1:1882680/1‑91 (MQ=255) aCTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGc > 1:1512249/1‑91 (MQ=255) tGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGa < 1:1485259/91‑1 (MQ=255) tGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGa < 1:2241319/91‑1 (MQ=255) gTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGAt > 1:3331710/1‑91 (MQ=255) taataaATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGa > 1:71523/1‑91 (MQ=255) aataaataAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGaa > 1:2785507/1‑91 (MQ=255) 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aTGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGaa < 1:1610370/91‑1 (MQ=255) aTGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGaa > 1:1107047/1‑91 (MQ=255) tGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGaaa < 1:2977358/91‑1 (MQ=255) gggCTATAG‑CCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAg > 1:3474207/2‑91 (MQ=255) cTATAG‑CCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACa > 1:2222532/1‑91 (MQ=255) tataGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACa > 1:1192939/1‑91 (MQ=255) | TCAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACA > USA300TCH1516_ALE/1262810‑1262989 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |