New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1262900 = | 95 (0.970) | 7 (0.080) | 5/140 | NT | 7.6% | intergenic (+25/‑202) | sucD/lytN_1 | Succinate‑‑CoA ligase [ADP‑forming] subunit alpha/putative cell wall hydrolase LytN |
? | USA300TCH1516_ALE | 1262943 = | 87 (1.010) | intergenic (+68/‑159) | sucD/lytN_1 | Succinate‑‑CoA ligase [ADP‑forming] subunit alpha/putative cell wall hydrolase LytN |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
CATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGTTAATTATTTTACCTCCTACAATAGCTTTATAAAACAAAGAA > USA300TCH1516_ALE/1262853‑1263033 | cATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTAtt < 1:2830585/91‑1 (MQ=255) cATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTAtt > 1:2700475/1‑91 (MQ=255) ttattaACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTg > 1:2932263/1‑91 (MQ=255) ttattaACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTg > 1:3801886/1‑91 (MQ=255) aaCTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTg > 1:1882680/1‑91 (MQ=255) tGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGa < 1:2241319/91‑1 (MQ=255) tGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGa < 1:1485259/91‑1 (MQ=255) gTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGAt > 1:3331999/1‑91 (MQ=255) gTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGAt > 1:3331710/1‑91 (MQ=255) taataaATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGa > 1:71523/1‑91 (MQ=255) aataaataAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGaa > 1:2785507/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAAt > 1:764360/1‑91 (MQ=255) taaaGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATGGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAg < 1:3323553/91‑1 (MQ=255) aaaGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGt > 1:93608/1‑91 (MQ=255) 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aaTGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGa > 1:1441144/1‑91 (MQ=255) aaTGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGa > 1:688311/1‑91 (MQ=255) aTGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGaa < 1:1610370/91‑1 (MQ=255) aTGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGaa > 1:1107047/1‑91 (MQ=255) tGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGaaa < 1:2977358/91‑1 (MQ=255) cTATAG‑CCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACa > 1:2222532/1‑91 (MQ=255) tataGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATAGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACa > 1:3514139/1‑91 (MQ=255) AGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGt < 1:3676143‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGtt < 1:3231793‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGtt > 1:1027129‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGtt < 1:985095‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGtt < 1:1070631‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAACACAAGtt < 1:2071062‑M1/91‑1 (MQ=255) CCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAAGTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGTTaa < 1:3948492‑M1/91‑1 (MQ=255) CATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGTTAat < 1:2239628‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGTTAatt > 1:2479024‑M1/1‑91 (MQ=255) 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gggctatTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGTTAATTATTTTACCTCCTACAATAGCTTTATaaaa < 1:3045570‑M2/84‑1 (MQ=255) ggctatTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGTTAATTATTTTACCTCCTACAATAGCTTTATAAAAc > 1:1867998‑M2/7‑91 (MQ=255) ctatTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGTTAATTATTTTACCTCCTACAATAGCTTTATAAAACaa > 1:2837595‑M2/5‑91 (MQ=255) tatTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGTTAATTATTTTACCTCCTACAATAGCTTTATAAAACaaa > 1:4005976‑M2/4‑91 (MQ=255) tatTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGTTAATTATTTTACCTCCTACAATAGCTTTATAAAACaaa > 1:1756095‑M2/4‑91 (MQ=255) tTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTT‑GAAAGACAAGTTAATTATTTTACCTCCTACAATAGCTTTATAAAACAAAGaa < 1:43682‑M2/90‑1 (MQ=255) | CATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGTTAATTATTTTACCTCCTACAATAGCTTTATAAAACAAAGAA > USA300TCH1516_ALE/1262853‑1263033 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |