| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1292484 = | 88 (0.890) | 9 (0.110) | 6/128 | NT | 12.0% | intergenic (+38/‑348) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1292539 = | 62 (0.790) | intergenic (+93/‑293) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A | |||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
TTAAAGAAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATT > USA300TCH1516_ALE/1292394‑1292574 | ttAAAGAAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGa > 1:2911716/1‑91 (MQ=255)ccaccacaaaattttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaa > 1:2253620‑M1/91‑91 (MQ=255) accacaaaattttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaata < 1:2488918‑M1/3‑1 (MQ=255) ccacaaaattttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaatat > 1:2118753‑M1/88‑91 (MQ=255) agaatGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGatagg < 1:1663726/91‑3 (MQ=255) agaagGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATg > 1:948274/1‑91 (MQ=255) agaagGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATg > 1:3824208/1‑91 (MQ=255) gaagGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGc < 1:202138/91‑1 (MQ=255) acaaaattttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGc > 1:2924270‑M1/86‑91 (MQ=255) caaaattttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCt < 1:719582‑M1/7‑1 (MQ=255) aagGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCt < 1:3699253/91‑1 (MQ=255) aagGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCt < 1:3699252/91‑1 (MQ=255) aaattttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTcc < 1:3058457‑M1/9‑1 (MQ=255) aaattttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTcc > 1:791308‑M1/83‑91 (MQ=255) aaattttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTcc < 1:1836352‑M1/9‑1 (MQ=255) gCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTccc < 1:3271677/91‑1 (MQ=255) gCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTccc < 1:193959/91‑1 (MQ=255) gCGATGTTATCGAAGCAGTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTccc < 1:3559647/91‑1 (MQ=255) aattttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTccc > 1:2837297‑M1/82‑91 (MQ=255) aattttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTccc > 1:2353533‑M1/82‑91 (MQ=255) attttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCt < 1:78449‑M1/11‑1 (MQ=255) ttttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCta < 1:2424294‑M1/12‑1 (MQ=255) gATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCta > 1:630177/1‑91 (MQ=255) aTGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCtat > 1:1110183/1‑91 (MQ=255) gTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATaa > 1:413168/1‑91 (MQ=255) ttATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATaaa > 1:2747745/1‑91 (MQ=255) ttATCGAAGCATTTGAAATGGCTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATaaa > 1:84944/1‑91 (MQ=255) aTCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAata > 1:1782341/1‑91 (MQ=255) tCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAatat > 1:2041148/1‑91 (MQ=255) gAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTg > 1:3637996/1‑91 (MQ=255) aGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCa > 1:3113955/1‑91 (MQ=255) aGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCa > 1:1868990/1‑91 (MQ=255) tttGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACttt > 1:1536218/1‑91 (MQ=255) ttGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCAAtttt > 1:2017276/1‑91 (MQ=255) tGAAATGGTTGACATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACttttt > 1:3200072/1‑91 (MQ=255) gAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTa > 1:2729365/1‑91 (MQ=255) aaaTGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTaa > 1:2592196/1‑91 (MQ=255) aTGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAgt < 1:4060438/91‑1 (MQ=255) aTGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAgt > 1:3233587/1‑91 (MQ=255) tGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAgtg < 1:1674063/91‑1 (MQ=255) taacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAgtgt > 1:2237753‑M1/57‑91 (MQ=255) ggTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAgtgt < 1:1392849/91‑1 (MQ=255) gAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTAc > 1:416600/1‑91 (MQ=255) aacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtt > 1:1813408‑M1/51‑91 (MQ=255) aacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtt > 1:429133‑M1/51‑91 (MQ=255) aacatttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGCCTACtt > 1:3222285‑M1/51‑91 (MQ=255) tttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTtata > 1:3898788‑M1/47‑91 (MQ=255) aaGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAATATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTCTAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTtata > 1:3685498/1‑91 (MQ=255) ttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAg > 1:1263278‑M1/46‑91 (MQ=255) aGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAg < 1:1945131/91‑1 (MQ=255) aGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAg > 1:3938835/1‑91 (MQ=255) cGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAggg < 1:464543/91‑1 (MQ=255) cGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAggg < 1:1430812/91‑1 (MQ=255) cGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAggg > 1:3655371/1‑91 (MQ=255) gTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGa < 1:2108367/91‑1 (MQ=255) ttaattaaATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAg < 1:1048722/91‑1 (MQ=255) ttaattaaATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAg < 1:1151077/91‑1 (MQ=255) taggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAg > 1:968244‑M1/42‑91 (MQ=255) taattaaATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGc < 1:732678/91‑1 (MQ=255) ttaaATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCata > 1:309205/1‑91 (MQ=255) ttaaATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCata > 1:693248/1‑91 (MQ=255) ttaaATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCata > 1:1834665/1‑91 (MQ=255) 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taGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTtta > 1:1349717/1‑91 (MQ=255) aGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttat > 1:896986/1‑91 (MQ=255) gTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttctt > 1:369490/1‑91 (MQ=255) aaGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGa > 1:2677059/1‑91 (MQ=255) aaGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGa < 1:748811/91‑1 (MQ=255) gATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAAt > 1:2620277/1‑91 (MQ=255) gATTGATATACTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAAt < 1:3510426/91‑1 (MQ=255) ttGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAg > 1:223146/1‑91 (MQ=255) tGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGa < 1:705040/91‑1 (MQ=255) tGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGa < 1:1593885/91‑1 (MQ=255) tGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGa < 1:1593908/91‑1 (MQ=255) gATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGAt > 1:3739194/1‑91 (MQ=255) gATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGAt < 1:4063073/91‑1 (MQ=255) ATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGAtt < 1:350839‑M1/91‑1 (MQ=255) | TTAAAGAAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATT > USA300TCH1516_ALE/1292394‑1292574 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |