| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1292484 = | 88 (0.890) | 9 (0.110) | 6/128 | NT | 12.0% | intergenic (+38/‑348) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1292539 = | 62 (0.790) | intergenic (+93/‑293) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A | |||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
AAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTATAAAATTTTGTGGTGGC > USA300TCH1516_ALE/1292449‑1292629 | aaataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATAtt < 1:3896241/91‑1 (MQ=255) tctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATAttt > 1:4092181‑M1/35‑91 (MQ=255) taaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGa > 1:664788/1‑91 (MQ=255) taaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGa > 1:3570075/1‑91 (MQ=255) taaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGa > 1:3571593/1‑91 (MQ=255) ttACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACt > 1:3012787/1‑91 (MQ=255) ttACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACt < 1:1270424/91‑1 (MQ=255) aCAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAg > 1:2508631/1‑91 (MQ=255) cAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGc < 1:1410513/91‑1 (MQ=255) aaGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCt > 1:2531437/1‑91 (MQ=255) aaGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCt < 1:3456780/91‑1 (MQ=255) aGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCtt < 1:3667857/91‑1 (MQ=255) aGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCtt < 1:1883367/91‑1 (MQ=255) aGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCtt < 1:1695174/91‑1 (MQ=255) aGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGttt > 1:1375011/1‑91 (MQ=255) gTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGtttt > 1:2230688/1‑91 (MQ=255) ataGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGtttttt > 1:2157647/1‑91 (MQ=255) ataGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGtttttt < 1:4063183/91‑1 (MQ=255) ataGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGtttttt < 1:1528087/91‑1 (MQ=255) ataGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCCTTTGGtttttt > 1:3757027/1‑91 (MQ=255) taGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTtta > 1:1349717/1‑91 (MQ=255) aGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttat > 1:896986/1‑91 (MQ=255) gTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttctt > 1:369490/1‑91 (MQ=255) tAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAg < 1:1528673/91‑1 (MQ=255) aaGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGa < 1:748811/91‑1 (MQ=255) aaGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGa > 1:2677059/1‑91 (MQ=255) gATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAAt > 1:2620277/1‑91 (MQ=255) ttGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAg > 1:222288/1‑91 (MQ=255) ttGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAg > 1:223146/1‑91 (MQ=255) tGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGa < 1:705040/91‑1 (MQ=255) tGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGa < 1:1593885/91‑1 (MQ=255) tGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGa < 1:1593908/91‑1 (MQ=255) gATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGAt < 1:4063073/91‑1 (MQ=255) ATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGAtt < 1:3660450‑M1/91‑1 (MQ=255) ATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGAtt < 1:350839‑M1/91‑1 (MQ=255) ATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGAtt > 1:977718‑M1/1‑91 (MQ=255) TATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTa < 1:1052389‑M1/91‑1 (MQ=255) ATGATCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAc > 1:3212824‑M1/1‑91 (MQ=255) TGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAcc < 1:2752955‑M1/91‑1 (MQ=255) TGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAcc > 1:1780817‑M1/1‑91 (MQ=255) GCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCt > 1:1770757‑M1/1‑91 (MQ=255) ctccctataaagtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTa > 1:968244‑M2/51‑91 (MQ=255) CTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTa > 1:792940‑M1/1‑91 (MQ=255) CTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTa < 1:3522497‑M1/91‑1 (MQ=255) CTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCACATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTa < 1:4137490‑M1/91‑1 (MQ=255) TCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGAGTACCTAt < 1:2077046‑M1/91‑1 (MQ=255) CCCTATAAATCTTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATCCTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTAtt > 1:1060429‑M1/1‑91 (MQ=255) CCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTAtt > 1:586688‑M1/1‑91 (MQ=255) CCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTAtt > 1:586226‑M1/1‑91 (MQ=255) CCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTa > 1:3089096‑M1/1‑91 (MQ=255) ctataaagtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTaa > 1:1263278‑M2/47‑91 (MQ=255) CTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTaa < 1:3783604‑M1/91‑1 (MQ=255) tataaagtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTaaa > 1:3898788‑M2/46‑91 (MQ=255) TATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTaaa > 1:2592251‑M1/1‑91 (MQ=255) AAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGt < 1:129531‑M1/91‑1 (MQ=255) aagtaggcacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAATGtt > 1:3222285‑M2/42‑91 (MQ=255) aagtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGtt > 1:429133‑M2/42‑91 (MQ=255) aagtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGtt > 1:1813408‑M2/42‑91 (MQ=255) AATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGtt > 1:1129085‑M1/1‑91 (MQ=255) ATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTa > 1:4074669‑M1/1‑91 (MQ=255) atTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACg < 1:828275/91‑1 (MQ=255) gCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTta > 1:2844315/1‑91 (MQ=255) acacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTta > 1:2237753‑M2/36‑91 (MQ=255) aCTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTtata > 1:4107006/1‑91 (MQ=255) tttttAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATg < 1:4084115/91‑1 (MQ=255) tttttAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATg > 1:1983524/1‑91 (MQ=255) ttttAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATgg < 1:1774175/91‑1 (MQ=255) ttAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGAc < 1:157939/91‑1 (MQ=255) tAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACa < 1:2887011/91‑1 (MQ=255) aaGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACAt > 1:2949315/1‑91 (MQ=255) aaGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACAt > 1:2949524/1‑91 (MQ=255) aGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATg > 1:764820/1‑91 (MQ=255) aGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATg > 1:3107185/1‑91 (MQ=255) aGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAACAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATg > 1:3107733/1‑91 (MQ=255) gtgtCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGa > 1:3900998/1‑91 (MQ=255) gtgtCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGa < 1:954887/91‑1 (MQ=255) tgtCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGAt < 1:839927/91‑1 (MQ=255) gtCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGAtt > 1:4120541/1‑91 (MQ=255) 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agggagcatatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTATAAAAt > 1:3842196‑M2/12‑91 (MQ=255) agggagcatatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTATAAAAt < 1:78449‑M2/80‑1 (MQ=255) gggagcatatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTATAAAAtt > 1:2353533‑M2/11‑91 (MQ=255) ggagtatatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTATAAAAttt < 1:1249669‑M2/82‑1 (MQ=255) gagcatatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTATAAAAtttt > 1:346822‑M2/9‑91 (MQ=255) agcatatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTATAAAATTTtg < 1:719406‑M2/84‑1 (MQ=255) gcatatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTATAAAATTTtgt < 1:3269614‑M2/85‑1 (MQ=255) gcatatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTATAAAATTTtgt < 1:374661‑M2/85‑1 (MQ=255) gcatatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTATAAAATTTtgt > 1:2924270‑M2/7‑91 (MQ=255) tatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTATAAAATTTTgtggt < 1:2488918‑M2/88‑1 (MQ=255) tTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTATAAAATTTTGtggtgg > 1:2253620‑M2/2‑91 (MQ=255) ttGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTATAAAATTTTGTGGTGGc > 1:2901913/1‑91 (MQ=255) ttGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTATAAAATTTTGTGGTGGc > 1:1788326/1‑91 (MQ=255) ttGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTATAAAATTTTGTGGTGGc > 1:2162013/1‑91 (MQ=255) | AAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTATAAAATTTTGTGGTGGC > USA300TCH1516_ALE/1292449‑1292629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |