| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1314645 | 91 (0.930) | 9 (0.100) | 5/150 | NT | 9.8% | intergenic (+66/‑74) | USA300HOU_RS06490/korA | hypothetical protein/2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1314663 | 80 (0.870) | intergenic (+84/‑56) | USA300HOU_RS06490/korA | hypothetical protein/2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA | |||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
GACCATCCATTTTCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTAT > USA300TCH1516_ALE/1314556‑1314734 | gaCCATCCATTTTCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACt > 1:1807795/1‑91 (MQ=255)gaCCATCCATTTTCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACt > 1:635689/1‑91 (MQ=255) atccatTTTCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGttt < 1:1360829/91‑1 (MQ=255) tccatTTTCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTa > 1:3262590/1‑91 (MQ=255) tccatTTTCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTa > 1:1658060/1‑91 (MQ=255) ccatTTTCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTAc < 1:3655907/91‑1 (MQ=255) ccatTTTCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTAc < 1:3692694/91‑1 (MQ=255) atTTTCAACATTTTAAAATTACGTATGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACAt < 1:3845736/91‑1 (MQ=255) ttttCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATa > 1:2050008/1‑91 (MQ=255) tttCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAg < 1:1809746/91‑1 (MQ=255) ttCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGt < 1:1155355/91‑1 (MQ=255) tCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTa < 1:2570154/91‑1 (MQ=255) cAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTaa > 1:393087/1‑91 (MQ=255) cAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTaa > 1:2437471/1‑91 (MQ=255) aCATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAAt > 1:1854393/1‑91 (MQ=255) aCATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAAt > 1:1939292/1‑91 (MQ=255) cATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATc > 1:1106788/1‑91 (MQ=255) aTTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCg > 1:3389173/1‑91 (MQ=255) tttAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgt > 1:4047454‑M2/1‑89 (MQ=255) ttAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtg > 1:2092545‑M2/1‑88 (MQ=255) tAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACcgatttactatgtaaacagtgg < 1:207689‑M1/91‑23 (MQ=255) tAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtgg > 1:3245306‑M2/1‑87 (MQ=255) tAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtgg < 1:342895‑M2/91‑5 (MQ=255) aaaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGtt < 1:3354430/91‑1 (MQ=255) aaaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGtt > 1:798235/1‑91 (MQ=255) aaaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGtt > 1:798046/1‑91 (MQ=255) aaaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGtt > 1:2116981/1‑91 (MQ=255) aaaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGtt > 1:798221/1‑91 (MQ=255) aaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACcgatttactatgtaaacagtggtac < 1:843170‑M1/91‑26 (MQ=255) aTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACcgatttactatgtaaacagtggtact < 1:2736646‑M1/91‑27 (MQ=255) aTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCt < 1:3347140/91‑1 (MQ=255) ttACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACcgatttactatgtaaacagtggtacta < 1:940602‑M1/91‑28 (MQ=255) ttACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACcgatttactatgtaaacagtggtacta < 1:940656‑M1/91‑28 (MQ=255) ttACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACcgatttactatgtaaacagtggtacta < 1:1756611‑M1/91‑28 (MQ=255) ttACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCtt > 1:2148811/1‑91 (MQ=255) ttACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCtt < 1:690384/91‑1 (MQ=255) tACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCttt < 1:3370870/91‑1 (MQ=255) aCGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCtttt > 1:935713/1‑91 (MQ=255) cGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCttttt > 1:578206/1‑91 (MQ=255) cGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCttttt > 1:578453/1‑91 (MQ=255) gtaagtaaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTg > 1:1464362/1‑91 (MQ=255) taagtaaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGt < 1:3553153/91‑1 (MQ=255) taagtaaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGt > 1:64704/1‑91 (MQ=255) aagtaaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGtt < 1:1530037/91‑1 (MQ=255) taaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATc > 1:2603559/1‑91 (MQ=255) taaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATc < 1:535925/91‑1 (MQ=255) taaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATc < 1:535865/91‑1 (MQ=255) taaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATc < 1:1649446/91‑1 (MQ=255) tCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAat > 1:682908/1‑91 (MQ=255) tCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAat > 1:3877760/1‑91 (MQ=255) cGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAata < 1:2358386/91‑1 (MQ=255) gAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAatat < 1:3627574/91‑1 (MQ=255) aaTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATg > 1:526320/1‑91 (MQ=255) aTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGa < 1:1697514/91‑1 (MQ=255) ggACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTCCATAGTAAATCGgtggtactatattaacttcatactgatggacg < 1:2065009‑M2/91‑33 (MQ=255) ggACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggttctatattaaattcatactaatggacg < 1:2037350‑M2/91‑33 (MQ=255) aCCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAatat > 1:2241673/1‑91 (MQ=255) cccTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAatata < 1:870281/91‑1 (MQ=255) tATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATcc < 1:2095265/91‑1 (MQ=255) cGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGAACCACcgatttactatgtaaacagtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtcc < 1:1775391‑M1/91‑60 (MQ=255) cGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGAACCACcgatttactatgtaaacagtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtcc < 1:2037350‑M1/91‑60 (MQ=255) cGTCCATCAGTATGAAGTTAATATAGTACCACcgatttactatggaaacagtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtcc < 1:2065009‑M1/91‑60 (MQ=255) aTTAGTATGAATTTAATATAGTACCTCTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATaggagg < 1:3854343/91‑1 (MQ=255) aTTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATaggagg < 1:3703876/91‑1 (MQ=255) aTTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATaggagg < 1:1618680/91‑1 (MQ=255) aTTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATaggagg < 1:1245198/91‑1 (MQ=255) tAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCa < 1:2702798/91‑1 (MQ=255) tAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCa < 1:3107997/91‑1 (MQ=255) tAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCa > 1:1805829/1‑91 (MQ=255) tAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCa < 1:91267/91‑1 (MQ=255) gTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCata > 1:893475/1‑91 (MQ=255) tATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCatat > 1:2690304/1‑91 (MQ=255) aTGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCAtata > 1:2518200/1‑91 (MQ=255) aTGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCAtata > 1:3427058/1‑91 (MQ=255) tGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATaa < 1:2245987/91‑1 (MQ=255) tGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATaa < 1:2246304/91‑1 (MQ=255) tGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATaa < 1:374116/91‑1 (MQ=255) aaTTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACt < 1:2292718/91‑1 (MQ=255) aTTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTa > 1:1041421/1‑91 (MQ=255) aTTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTa < 1:1175784/91‑1 (MQ=255) tttAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTAt > 1:3877830/1‑91 (MQ=255) ttAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATg > 1:629689/1‑91 (MQ=255) ttAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATg > 1:2310430/1‑91 (MQ=255) tataGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAAc > 1:438416/1‑91 (MQ=255) tataGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAAc > 1:3913736/1‑91 (MQ=255) ataGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAAcc < 1:308081/91‑1 (MQ=255) ataGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAAcc < 1:678042/91‑1 (MQ=255) ataGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAAcc < 1:677074/91‑1 (MQ=255) ataGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAAcc > 1:1753317/1‑91 (MQ=255) taGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaa < 1:940602‑M2/91‑65 (MQ=255) taGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaa < 1:940656‑M2/91‑65 (MQ=255) taGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaa < 1:1756611‑M2/91‑65 (MQ=255) aGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACcac < 1:789773/91‑1 (MQ=255) aGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACcac < 1:1657480/91‑1 (MQ=255) gTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACcaca < 1:2045498/91‑1 (MQ=255) ccaccgatttactatgtaaacagtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaatttta < 1:342895‑M1/91‑88 (MQ=255) ccaccgatttactatgtaaacagtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaatttta > 1:3245306‑M1/1‑4 (MQ=255) ccACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaatttta < 1:207689‑M2/91‑70 (MQ=255) caccgatttactatgtaaacagtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaattttaa > 1:1710508‑M1/1‑3 (MQ=255) accgatttactatgtaaacagtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaattttaaa > 1:4047454‑M1/1‑2 (MQ=255) | GACCATCCATTTTCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTAT > USA300TCH1516_ALE/1314556‑1314734 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |