New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1314645 | 91 (0.930) | 9 (0.100) | 5/150 | NT | 9.8% | intergenic (+66/‑74) | USA300HOU_RS06490/korA | hypothetical protein/2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1314663 | 80 (0.870) | intergenic (+84/‑56) | USA300HOU_RS06490/korA | hypothetical protein/2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA |
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
ATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGTTGGCGGTCA > USA300TCH1516_ALE/1314573‑1314753 | tttAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgt > 1:4047454‑M2/1‑89 (MQ=255) ttAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtg > 1:2092545‑M2/1‑88 (MQ=255) tAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtgg < 1:342895‑M2/91‑5 (MQ=255) tAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtgg > 1:3245306‑M2/1‑87 (MQ=255) aaaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGtt > 1:798046/1‑91 (MQ=255) aaaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGtt > 1:798221/1‑91 (MQ=255) aaaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGtt > 1:798235/1‑91 (MQ=255) aaaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGtt > 1:2116981/1‑91 (MQ=255) aaaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGtt < 1:3354430/91‑1 (MQ=255) aTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCt < 1:3347140/91‑1 (MQ=255) ttACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCtt > 1:2148811/1‑91 (MQ=255) ttACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCtt > 1:3424980/1‑91 (MQ=255) ttACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCtt < 1:690384/91‑1 (MQ=255) tACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCttt < 1:3370870/91‑1 (MQ=255) tACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCttt > 1:1643464/1‑91 (MQ=255) aCGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCtttt > 1:935713/1‑91 (MQ=255) cGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCttttt > 1:578206/1‑91 (MQ=255) cGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCttttt > 1:578436/1‑91 (MQ=255) cGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCttttt > 1:578453/1‑91 (MQ=255) gtaagtaaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTg < 1:2597226/91‑1 (MQ=255) gtaagtaaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTg > 1:1464362/1‑91 (MQ=255) taagtaaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGt > 1:64704/1‑91 (MQ=255) taagtaaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGt < 1:3553153/91‑1 (MQ=255) taagtaaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGt > 1:938510/1‑91 (MQ=255) aagtaaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGtt < 1:1530037/91‑1 (MQ=255) agtaaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTa > 1:3880460/1‑91 (MQ=255) taaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATc > 1:2603559/1‑91 (MQ=255) taaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATc < 1:535865/91‑1 (MQ=255) taaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATc < 1:1649446/91‑1 (MQ=255) aaCATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCAt < 1:1914233/91‑1 (MQ=255) cATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCAttt < 1:3571890/91‑1 (MQ=255) tCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAat > 1:682908/1‑91 (MQ=255) cGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAata < 1:2358370/91‑1 (MQ=255) cGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAata < 1:2358386/91‑1 (MQ=255) gAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAatat < 1:3627574/91‑1 (MQ=255) aaTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATg > 1:526320/1‑91 (MQ=255) aaTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATg < 1:2060221/91‑1 (MQ=255) aTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGa < 1:1348757/91‑1 (MQ=255) aTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGa < 1:1697514/91‑1 (MQ=255) ggACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTCCATAGTAAATCGgtggtactatattaacttcatactgatggacg < 1:2065009‑M2/91‑33 (MQ=255) ggACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggttctatattaaattcatactaatggacg < 1:1775391‑M2/91‑33 (MQ=255) ggACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggttctatattaaattcatactaatggacg < 1:2037350‑M2/91‑33 (MQ=255) gACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAata > 1:649095/1‑91 (MQ=255) aCCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAatat > 1:2241673/1‑91 (MQ=255) cccTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAatata < 1:870281/91‑1 (MQ=255) tATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATcc < 1:2095265/91‑1 (MQ=255) cATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATaggag < 1:2174349/91‑1 (MQ=255) cATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATaggag > 1:4086628/1‑91 (MQ=255) aTTAGTATGAATTTAATATAGTACCTCTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATaggagg < 1:3854343/91‑1 (MQ=255) aTTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATaggagg < 1:1618680/91‑1 (MQ=255) aTTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATaggagg < 1:1245198/91‑1 (MQ=255) aTTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATaggagg < 1:3703876/91‑1 (MQ=255) tAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCa > 1:1805829/1‑91 (MQ=255) tAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCa < 1:3107997/91‑1 (MQ=255) tAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCa < 1:2702798/91‑1 (MQ=255) tAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCa < 1:91267/91‑1 (MQ=255) gTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCata > 1:893475/1‑91 (MQ=255) aTGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTCAATTGGTGGTTCGTTTTGTTATCATGTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCAtata > 1:3313466/1‑91 (MQ=255) aTGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCAtata > 1:3427058/1‑91 (MQ=255) aTGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCAtata > 1:2518200/1‑91 (MQ=255) tGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATaa < 1:374116/91‑1 (MQ=255) tGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATaa < 1:2245987/91‑1 (MQ=255) tGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATaa < 1:2246304/91‑1 (MQ=255) aaTTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACt < 1:2292718/91‑1 (MQ=255) aTTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTa < 1:1175784/91‑1 (MQ=255) aTTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTa > 1:1041421/1‑91 (MQ=255) tttAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTAt > 1:3877830/1‑91 (MQ=255) ttAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATg > 1:2310430/1‑91 (MQ=255) ttAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATg > 1:629689/1‑91 (MQ=255) tataGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAAc > 1:3913736/1‑91 (MQ=255) tataGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAAc > 1:438416/1‑91 (MQ=255) ataGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAAcc < 1:678042/91‑1 (MQ=255) ataGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAAcc < 1:677074/91‑1 (MQ=255) ataGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAAcc < 1:308081/91‑1 (MQ=255) ataGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAAcc > 1:1753317/1‑91 (MQ=255) taGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaa < 1:940602‑M2/91‑65 (MQ=255) taGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaa < 1:1756611‑M2/91‑65 (MQ=255) aGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaat < 1:2736646‑M2/91‑66 (MQ=255) aGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACcac < 1:789773/91‑1 (MQ=255) aGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACcac < 1:1657480/91‑1 (MQ=255) gTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaatt < 1:843170‑M2/91‑67 (MQ=255) gTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACcaca < 1:2045498/91‑1 (MQ=255) gTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGt < 1:3329081/91‑1 (MQ=255) tttACATAGTCAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGCGGCATATACCTCTGAAACCACAATTATCGTg > 1:2248159/1‑91 (MQ=255) ttACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTgg > 1:3947457/1‑91 (MQ=255) aCATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGaa > 1:2023072/1‑91 (MQ=255) aCATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGaa > 1:360671/1‑91 (MQ=255) aCATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGaa > 1:2387519/1‑91 (MQ=255) aCATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGaa > 1:2415212/1‑91 (MQ=255) aCATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGaa > 1:2425127/1‑91 (MQ=255) aTAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAg < 1:68014/91‑1 (MQ=255) aTAGTAAATCGGAGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAg > 1:3182757/1‑91 (MQ=255) tAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGt < 1:466292/91‑1 (MQ=255) tAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGt < 1:466266/91‑1 (MQ=255) aGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGtt < 1:2105700/91‑1 (MQ=255) aGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGtt < 1:2368482/91‑1 (MQ=255) aGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGtt < 1:1534891/91‑1 (MQ=255) aaTCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGTTGGCg > 1:3795308/1‑91 (MQ=255) aTCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGTTGGCgg < 1:2689923/91‑1 (MQ=255) ggtggtTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGTTGGCGGTca < 1:1855832/91‑1 (MQ=255) | ATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGTTGGCGGTCA > USA300TCH1516_ALE/1314573‑1314753 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |