| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1317352 = | 91 (0.930) | 9 (0.100) | 6/140 | NT | 10.9% | intergenic (+6/‑88) | korB/USA300HOU_RS06505 | 2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorB/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1317407 = | 68 (0.790) | intergenic (+61/‑33) | korB/USA300HOU_RS06505 | 2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorB/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
AGAGTTAGATGATACACCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGTTTTTTACTATTACAAAAAATAAAGGAGTTTTTAAAAATG > USA300TCH1516_ALE/1317262‑1317442 | attgtcattgtttggtgttttaggaattatttgtatactcattaatgtgtctttcatttttaaaaactcctttattttttgtaatagtaaa > 1:254252‑M1/91‑91 (MQ=255)agagTTAGATGATACACCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTa > 1:1122500/1‑91 (MQ=255) ttgtcattgtttggtgttttaggaattatttgtatactcattaatgtgtctttcatttttaaaaactcctttattttttgtaatagtaaaa > 1:1490298‑M1/90‑91 (MQ=255) gagTTAGATGATACACCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTaa < 1:1004811/91‑1 (MQ=255) gagTTAGATGATACACCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTaa < 1:1210775/91‑1 (MQ=255) gtcattgtttggtgttttaggaattatttgtatactcattaatgtgtctttcatttttaaaaactcctttattttttgtaatagtaaaaaa < 1:2179270‑M1/4‑1 (MQ=255) gtcattgtttggtgttttaggaattatttgtatactcattaatgtgtctttcatttttaaaaactcctttattttttgtaatagtaaaaaa < 1:2951596‑M1/4‑1 (MQ=255) gtcattgtttggtgttttaggaattatttgtatactcattaatgtgtctttcatttttaaaaactcctttattttttgtaatagtaaaaaa < 1:2951755‑M1/4‑1 (MQ=255) gTTAGATGATACACCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTaaaa < 1:211536/91‑1 (MQ=255) gTTAGATGATACACCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTaaaa < 1:1653909/91‑1 (MQ=255) ttAGATGATACACCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAAc < 1:1188656/91‑1 (MQ=255) ttAGATGATACACCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAAc > 1:2646560/1‑91 (MQ=255) tcattgtttggtgttttaggaattatttgtatactcattaatgtgtctttcatttttaaaaactcctttattttttgtaatagtaaAAAAc < 1:4114693‑M1/5‑1 (MQ=255) cattgtttggtgttttaggaattatttgtatactcattaatgtgtctttcatttttaaaaactcctttattttttgtaatagtaaAAAACt > 1:989340‑M1/86‑91 (MQ=255) aGATGATACACCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTg > 1:3997056/1‑91 (MQ=255) tgtttggtgttttaggaattatttgtatactcattaatgtgtctttcatttttaaaaactcctttattttttgtaatagtaaAAAACTGAg < 1:1179267‑M1/9‑1 (MQ=255) tgtttggtgttttaggaattatttgtatactcattaatgtgtctttcatttttaaaaactcctttattttttgtaatagtaaAAAACTGAg < 1:730677‑M1/9‑1 (MQ=255) atgatACACCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAg > 1:1770651/1‑91 (MQ=255) tgatACACCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGt > 1:1692907/1‑91 (MQ=255) gtttggtgttttaggaattatttgtatactcattaatgtgtctttcatttttaaaaactcctttattttttgtaatagtaaAAAACTGAGt > 1:3787472‑M1/82‑91 (MQ=255) gtttggtgttttaggaattatttgtacactcattaatgtgtctttcatttttaaaaactcctttattttttgtaatagtaaAAAACTGAGt > 1:48600‑M1/82‑91 (MQ=255) gtttggtgttttaggaattatgtgtatactcattaatgtgtctttcatttttaaaaactcctttattttttgtaatagtaaAAAACTGAGt > 1:1848551‑M1/82‑91 (MQ=255) gatACACCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTc < 1:1348880/91‑1 (MQ=255) atACACCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCg < 1:3755230/91‑1 (MQ=255) atACACCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCg > 1:503720/1‑91 (MQ=255) atACACCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCg > 1:2025949/1‑91 (MQ=255) tACACCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGt > 1:1911132/1‑91 (MQ=255) tACACCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGt > 1:1911237/1‑91 (MQ=255) acacCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGta < 1:924420/91‑1 (MQ=255) acacCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGta > 1:1806335/1‑91 (MQ=255) caccacTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGtat < 1:2954386/91‑1 (MQ=255) cTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATg > 1:1563000/1‑91 (MQ=255) ttGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGt > 1:3459343/1‑91 (MQ=255) ttGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGt < 1:1559582/91‑1 (MQ=255) tGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAAtaca < 1:4056442/91‑4 (MQ=255) gCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTAt > 1:931364/1‑91 (MQ=255) cTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTAtt > 1:261606/1‑91 (MQ=255) aaaGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTtat > 1:1207198/1‑91 (MQ=255) ttgtatactcattaatgtgtctttcatttttaaaaactcctttattttttgtaatagtaaAAAACTGAGTAGCATAAATGTATTTATAACa > 1:1272023‑M1/61‑91 (MQ=255) agaTATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACa < 1:2826601/91‑1 (MQ=255) agaTATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACa < 1:249770/91‑1 (MQ=255) agaTATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACa < 1:249792/91‑1 (MQ=255) tatCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGAt < 1:844974/91‑1 (MQ=255) tCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATcc > 1:3561171/1‑91 (MQ=255) cAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCa < 1:734562/91‑1 (MQ=255) aCTGAAGACACCTTCTATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGc < 1:824858/91‑1 (MQ=255) tGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTa > 1:1370994/1‑91 (MQ=255) gAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTAc < 1:2593977/91‑1 (MQ=255) gAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTAc > 1:3473563/1‑91 (MQ=255) gtctttcatttttaaaaactcctttattttttgtaatagtaaAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTc > 1:461257‑M1/43‑91 (MQ=255) aGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTc < 1:1494854/91‑1 (MQ=255) aGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTc < 1:245911/91‑1 (MQ=255) aGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTc < 1:638736/91‑1 (MQ=255) aGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTc < 1:126377/91‑1 (MQ=255) aGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTc > 1:809113/1‑91 (MQ=255) gACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCa < 1:422275/91‑1 (MQ=255) gACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCa < 1:1407524/91‑1 (MQ=255) cacCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGt < 1:2250441/91‑1 (MQ=255) cacCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGt > 1:2522702/1‑91 (MQ=255) cacCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGt < 1:2250873/91‑1 (MQ=255) ccTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGttt > 1:1157047/1‑91 (MQ=255) cTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGtttt > 1:1018155/1‑91 (MQ=255) 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ataatTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGTTTTTTACTATTACAAAAAATAAAGGAGTTTTTa < 1:623473/91‑1 (MQ=255) ataatTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGTTTTTTACTATTACAAAAAATAAAGGAGTTTTTa < 1:885825/91‑1 (MQ=255) tAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGTTTTTTACTATTACAAAAAATAAAGGAGTTTTTAAAAAt < 1:656852/91‑1 (MQ=255) AAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGTTTTTTACTATTACAAAAAATAAAGGAGTTTTTAAAAATg > 1:2253793‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGTTTTTTACTATTACAAAAAATAAAGGAGTTTTTAAAAATg > 1:2968590‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGTTTTTTACTATTACAAAAAATAAAGGAGTTTTTAAAAATg < 1:3142274‑M1/91‑1 (MQ=255) | AGAGTTAGATGATACACCACTTGCTAAAAGAGATATCAAAATTACTGAAGACACCTTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGTTTTTTACTATTACAAAAAATAAAGGAGTTTTTAAAAATG > USA300TCH1516_ALE/1317262‑1317442 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |