| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1317352 = | 91 (0.930) | 9 (0.100) | 6/140 | NT | 10.9% | intergenic (+6/‑88) | korB/USA300HOU_RS06505 | 2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorB/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1317407 = | 68 (0.790) | intergenic (+61/‑33) | korB/USA300HOU_RS06505 | 2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorB/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TTCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGTTTTTTACTATTACAAAAAATAAAGGAGTTTTTAAAAATGAAAGACACATTAATGAGTATACAAATAATTCCTAAAACACCAAACAATGACAATG > USA300TCH1516_ALE/1317317‑1317497 | ttCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGttttt < 1:3441729/91‑1 (MQ=255)ttCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGttttt < 1:3441958/91‑1 (MQ=255)atttttaaaaactgctttattttttgtaatagtaaAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGttttt > 1:4145084‑M1/36‑91 (MQ=255)atttttaaaaactcctttattttttgtaatagtaaAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGttttt > 1:3519804‑M1/36‑91 (MQ=255)atttttaaaaactactttattttttgtaatagtaaAAAACTGACTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGttttt > 1:4142277‑M1/36‑91 (MQ=255) tCAATGCATTAACTGAACAATTTATTTAATAATTAAAACTGAGTCGTATAAATGTATTTATAACAGATCCATTTATGCTACTCAGtttttt > 1:231206/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |