| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1336102 = | 102 (1.040) | 9 (0.110) | 5/138 | NT | 9.4% | intergenic (+7/‑236) | mgl/glnR | L‑methionine gamma‑lyase/HTH‑type transcriptional regulator GlnR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1336142 = | 86 (1.010) | intergenic (+47/‑196) | mgl/glnR | L‑methionine gamma‑lyase/HTH‑type transcriptional regulator GlnR | |||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GTTCAAGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTGAAAAAATATTTTAGCT > USA300TCH1516_ALE/1336012‑1336192 | gTTCAAGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTa > 1:1140557/1‑91 (MQ=255)ctgcgatttcgacttctaaaacgacataaaacaatctacagctaaaatattttttcaatttttaaaaataatctgataaatctccgcaaaa > 1:3908044‑M1/91‑91 (MQ=255) ttCAAGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTaa > 1:4098405/1‑91 (MQ=255) cAAGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAAt > 1:1934098/1‑91 (MQ=255) aaGGCGGATTAACATATGAACACGTTAAAATAGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGCACGAACAAGGACTTATATAATCGATTAAAtt > 1:1536520/1‑91 (MQ=255) atttcgacttctaaaacgacataaaacaatctacagctaaaatattttttcaatttttaaaaataatctgataaatctccgcaaaAAAttt < 1:4025471‑M1/6‑1 (MQ=255) 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aCATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAAt > 1:2923438/1‑91 (MQ=255) cATATGAACACGTGAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATg < 1:4140405/91‑1 (MQ=255) acacGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAAtgt > 1:3421351/1‑91 (MQ=255) cacGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAAtgtg > 1:1806623/1‑91 (MQ=255) cGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGtt > 1:3556523/1‑91 (MQ=255) ttAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGtttt > 1:832748/1‑91 (MQ=255) caatctacagctaaaatattttttcaatttttaaaaataatctgataaatctccgcaaaAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTggg > 1:195795‑M1/60‑91 (MQ=255) atctacagctaaaatattttttcaatttttaaaaataatctgataaatctccgcaaaAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTg > 1:2116801‑M1/58‑91 (MQ=255) 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tataATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTGaaaaa > 1:1002859/1‑91 (MQ=255) tataATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTGaaaaa > 1:1967248/1‑91 (MQ=255) aataGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTGAAAAAata > 1:1418131/1‑91 (MQ=255) aGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTGAAAAAATAttt > 1:185745/1‑91 (MQ=255) gATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTGAAAAAATAtttt < 1:2902035/91‑1 (MQ=255) AAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTGAAAAAATATTTTAGCt < 1:1072992‑M1/91‑1 (MQ=255) | GTTCAAGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTGAAAAAATATTTTAGCT > USA300TCH1516_ALE/1336012‑1336192 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |