New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1336102 = | 102 (1.040) | 9 (0.110) | 5/138 | NT | 9.4% | intergenic (+7/‑236) | mgl/glnR | L‑methionine gamma‑lyase/HTH‑type transcriptional regulator GlnR |
? | USA300TCH1516_ALE | 1336142 = | 86 (1.010) | intergenic (+47/‑196) | mgl/glnR | L‑methionine gamma‑lyase/HTH‑type transcriptional regulator GlnR |
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
GACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGATTGTTTTATGTCGTTTTAGAAGTCGAAATCGCAG > USA300TCH1516_ALE/1336053‑1336231 | gACACGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAAttttt > 1:3276004/1‑91 (MQ=255) gACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAAttttt < 1:493501/91‑1 (MQ=255) gACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAAttttt < 1:2419039/91‑1 (MQ=255) aCAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAAtttttt > 1:1578189/1‑91 (MQ=255) cAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTg < 1:4062678/91‑1 (MQ=255) agagCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCg > 1:2767/1‑91 (MQ=255) 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ttGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGatt < 1:1287737/91‑1 (MQ=255) tGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGatta > 1:2727849/1‑91 (MQ=255) tGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGatta > 1:380826/1‑91 (MQ=255) tGAAAGAACAAGGACATATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTCGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGatta > 1:3536369/1‑91 (MQ=255) aaGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTAttt > 1:3120651/1‑91 (MQ=255) aaCAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTa < 1:1788395/91‑1 (MQ=255) aaCAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTa < 1:2580058/91‑1 (MQ=255) aCAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTaa > 1:2398255/1‑91 (MQ=255) aCAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTaa > 1:2825220/1‑91 (MQ=255) aCAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTaa > 1:3622452/1‑91 (MQ=255) cAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTaaa > 1:1224765/1‑91 (MQ=255) cAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTaaa > 1:2641037/1‑91 (MQ=255) cAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTaaa < 1:229070/91‑1 (MQ=255) aaGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTaaaa < 1:2406676/91‑1 (MQ=255) aaGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTaaaa > 1:2681232/1‑91 (MQ=255) aaGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTaaaa > 1:2630066/1‑91 (MQ=255) tctgataaatctccgcaaaAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTaaaaa > 1:3518382‑M1/20‑91 (MQ=255) ggACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAAt > 1:1857816/1‑91 (MQ=255) gACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAAtt > 1:2737599/1‑91 (MQ=255) gACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAAtt > 1:586087/1‑91 (MQ=255) ttATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑aa < 1:1125017/91‑1 (MQ=255) ttATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑aa < 1:2157740/91‑1 (MQ=255) tatataATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑aaa > 1:1685397/1‑91 (MQ=255) atataATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑aaaa < 1:3026580/91‑1 (MQ=255) tataATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑aaaaa < 1:762968/91‑1 (MQ=255) tataATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑aaaaa > 1:1002859/1‑91 (MQ=255) aataGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAata > 1:1418131/1‑91 (MQ=255) aGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATAttt > 1:185745/1‑91 (MQ=255) gATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATAtttt < 1:2902035/91‑1 (MQ=255) AAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCt < 1:2116410‑M1/91‑1 (MQ=255) AATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTg > 1:4085382‑M1/1‑91 (MQ=255) AATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTg < 1:3472238‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGt < 1:1004734‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGt < 1:1301443‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGt < 1:1005432‑M1/91‑1 (MQ=255) ttcacccaaaacacattatcatttagggtgaaatttTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAg > 1:3346278‑M2/37‑91 (MQ=255) TTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAg > 1:3919606‑M1/1‑91 (MQ=255) tcacccaaaacacattatcatttagggtgaaatttTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGa > 1:2447556‑M2/36‑91 (MQ=255) cacccaaaacacattatcatttagggtgaaatttTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGAt > 1:1155111‑M2/35‑91 (MQ=255) cacccaaaacacattatcatttagggtgaaatttTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGAt > 1:1644808‑M2/35‑91 (MQ=255) cacccaaaacacattatcatttagggtgaaatttTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGAt > 1:2116801‑M2/35‑91 (MQ=255) cacccaaaacacattatcatttagggtgaaatttTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGAt > 1:2864344‑M2/35‑91 (MQ=255) cacccaaaacacattatcatttagggtgaaatttTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGAt > 1:2864611‑M2/35‑91 (MQ=255) CACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGAt < 1:2823209‑M1/91‑1 (MQ=255) cccaaaacacattatcatttagggtgaaatttTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGATTg > 1:195795‑M2/33‑91 (MQ=255) CCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGATTg < 1:2218152‑M1/91‑1 (MQ=255) tAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGATTGttt > 1:109013/1‑91 (MQ=255) tAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGATTGttt < 1:583284/91‑1 (MQ=255) 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gggtgaaatttTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGATTGTTTTATGTCGTTTTAGAAGTc < 1:3882511‑M2/80‑1 (MQ=255) gggtgaaatttTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGATTGTTTTATGTCGTTTTAGAAGTc > 1:2450564‑M2/12‑91 (MQ=255) gggtgaaatttTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGATTGTTTTATGTCGTTTTAGAAGTc < 1:3107161‑M2/80‑1 (MQ=255) tgaaatttTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGATTGTTTTATGTCGTTTTAGAAGTCGaa < 1:961648‑M2/83‑1 (MQ=255) aaatttTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGATTGTTTTATGTCGTTTTAGAAGTCGAAAt < 1:4025471‑M2/85‑1 (MQ=255) tTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGATTGTTTTATGTCGTTTTAGAAGTCGAAATCGCAg > 1:3908044‑M2/2‑91 (MQ=255) | GACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTG‑AAAAAATATTTTAGCTGTAGATTGTTTTATGTCGTTTTAGAAGTCGAAATCGCAG > USA300TCH1516_ALE/1336053‑1336231 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |