| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1341822 = | 165 (1.680) | 12 (0.130) | 8/148 | NT | 7.4% | intergenic (+230/‑282) | USA300HOU_RS06615/USA300TCH1516_01244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1341877 = | 147 (1.620) | intergenic (+285/‑227) | USA300HOU_RS06615/USA300TCH1516_01244 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
ATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATAAT > USA300TCH1516_ALE/1341731‑1341912 | aTTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGG‑AAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGa < 1:1734618/91‑1 (MQ=255) tttAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGa > 1:2682887/1‑91 (MQ=255) tttAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGa < 1:2515987/91‑1 (MQ=255) tacatttgagcttttttatttccttcactcgcaccttcttaaacttatatgttcattatacaaatataaaaagctataacaatttaatgaa > 1:2925747‑M1/91‑91 (MQ=255) tacatttgagcttttttatttccttcactcgcaccttcttaaacttatatgttcattatacaaatataaaaagctataacaatttaatgaa < 1:3549297‑M1/1‑1 (MQ=255) ttAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGaa > 1:2643345/1‑91 (MQ=255) catttgagcttttttatttccttcactcgcaccttcttaaacttatatgttcattatacaaatataaaaagctataacaatttaatgaaaa < 1:752553‑M1/3‑1 (MQ=255) aGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAAt > 1:2115908/1‑91 (MQ=255) aGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAAt > 1:648665/1‑91 (MQ=255) gAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATg > 1:687772/1‑91 (MQ=255) gAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATg > 1:460553/1‑91 (MQ=255) aTTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCt < 1:1209746/91‑1 (MQ=255) aTTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCt < 1:3734668/91‑1 (MQ=255) ttATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTcc > 1:143140/1‑91 (MQ=255) tATTTCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCAccc > 1:3268164/1‑91 (MQ=255) tATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTccc > 1:4150164/1‑91 (MQ=255) tATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTccc < 1:1783429/91‑1 (MQ=255) tATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTccc < 1:2029767/91‑1 (MQ=255) aTTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCt > 1:329050/1‑91 (MQ=255) aTTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCt < 1:1648797/91‑1 (MQ=255) aTTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCt > 1:2879609/1‑91 (MQ=255) ttGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCtt < 1:2142935/91‑1 (MQ=255) tGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTc > 1:955068/1‑91 (MQ=255) cACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCaa < 1:3107348/91‑1 (MQ=255) cACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCaa > 1:55357/1‑91 (MQ=255) gAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGt < 1:1139422/91‑1 (MQ=255) aaaTTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGtt < 1:3032635/91‑1 (MQ=255) ttAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTc > 1:1093927/1‑91 (MQ=255) tAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCa < 1:1972431/91‑1 (MQ=255) aGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAt > 1:870462/1‑91 (MQ=255) aGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAt > 1:2789551/1‑91 (MQ=255) aTCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAtttt > 1:3113994/1‑91 (MQ=255) cGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAtttttt < 1:566712/91‑1 (MQ=255) cGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAtttttt > 1:2490508/1‑91 (MQ=255) aTAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCaa < 1:2992651/91‑1 (MQ=255) aGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGt > 1:1764861/1‑91 (MQ=255) gggAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCCTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTc > 1:2342386/1‑91 (MQ=255) ggAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCg > 1:2399063/1‑91 (MQ=255) gAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGa < 1:506503/91‑1 (MQ=255) aaaTAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACt > 1:1866291/1‑91 (MQ=255) aaaTAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACt < 1:1911581/91‑1 (MQ=255) aaaTAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACt > 1:297866/1‑91 (MQ=255) aaTAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACtt > 1:2239618/1‑91 (MQ=255) aaTAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACtt > 1:3431195/1‑91 (MQ=255) acttatatgttcattatacaaatataaaaagctataacaatttaatgaAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCg > 1:3903894‑M1/49‑91 (MQ=255) cttatatgttcattatacaaatataaaaagctataacaatttaatgaAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGa > 1:105846‑M1/48‑91 (MQ=255) aaGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGa > 1:342484/1‑91 (MQ=255) gtgtTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAg > 1:3133310/1‑91 (MQ=255) gtgtTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAg > 1:3133226/1‑91 (MQ=255) tgtTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAgg > 1:4099351/1‑91 (MQ=255) tgtTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAgg > 1:1002372/1‑91 (MQ=255) tgtTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAgg < 1:1820898/91‑1 (MQ=255) atatgttcattatacaaatataaaaagctataacaatttaatgaAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAgg > 1:789268‑M1/45‑91 (MQ=255) atatgttcattatacaaatataaaaagctataacaatttaatgaAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAgg > 1:941575‑M1/45‑91 (MQ=255) gtTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAggg < 1:2894685/91‑1 (MQ=255) gtTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAggg > 1:428264/1‑91 (MQ=255) ttAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAgggg > 1:1559717/1‑91 (MQ=255) ttAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAgggg < 1:1111287/91‑1 (MQ=255) atgttcattatacaaatataaaaagctataacaatttaatgaAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAgggg > 1:1368277‑M1/43‑91 (MQ=255) atgttcattatacaaatataaaaagctataacaatttaatgaAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAgggg > 1:2071560‑M1/43‑91 (MQ=255) tAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAggggg < 1:3830901/91‑1 (MQ=255) tAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAggggg < 1:1727665/91‑1 (MQ=255) gttcattatacaaatataaaaagctataacaatttaatgaAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGc > 1:1800506‑M1/41‑91 (MQ=255) aGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCa < 1:1409994/91‑1 (MQ=255) aGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCa > 1:2156272/1‑91 (MQ=255) cattatacaaatataaaaagctataacaatttaatgaAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCAtt > 1:1314488‑M1/38‑91 (MQ=255) tttAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCAttt < 1:936960/91‑1 (MQ=255) tAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTc > 1:3333499/1‑91 (MQ=255) aaaTGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCa < 1:1878176/91‑1 (MQ=255) aaaTGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCa > 1:3483154/1‑91 (MQ=255) aTAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGCCTTTGAAGGGGGCATTTTCATTaaa > 1:3870314/1‑91 (MQ=255) aTAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTaaa > 1:4000787/1‑91 (MQ=255) aTAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTaaa > 1:619498/1‑91 (MQ=255) aTAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTaaa < 1:3617623/91‑1 (MQ=255) aTAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTaaa > 1:1247276/1‑91 (MQ=255) aTAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTaaa < 1:798364/91‑1 (MQ=255) aTAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTaaa > 1:2287582/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAAtt < 1:2465515/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAAtt > 1:1468623/1‑91 (MQ=255) aaaaGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGt < 1:1587601/91‑1 (MQ=255) aaaaGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGt < 1:714900/91‑1 (MQ=255) aaaaGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGt > 1:528213/1‑91 (MQ=255) aaGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTta < 1:395431/91‑1 (MQ=255) gATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTtata < 1:138255/91‑1 (MQ=255) ttGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGc < 1:102763/91‑1 (MQ=255) tGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCt > 1:2452722/1‑91 (MQ=255) ggAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCtt < 1:1684209/91‑1 (MQ=255) ggAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCtt < 1:1335734/91‑1 (MQ=255) ggAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCtt > 1:3799538/1‑91 (MQ=255) gAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCttt < 1:1680241/91‑1 (MQ=255) gAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCttt < 1:1453077/91‑1 (MQ=255) tGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTta < 1:2823828/91‑1 (MQ=255) gATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTtata > 1:80172/1‑91 (MQ=255) tCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATAtt < 1:4050969/91‑1 (MQ=255) gTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTg < 1:1279920/91‑1 (MQ=255) tCTTGGAATGCTCCCTTCAAAGTTTGCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGTGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGt < 1:3851633/91‑1 (MQ=37) ttGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGtat > 1:3632101/1‑91 (MQ=255) tGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGtata < 1:2678213/91‑1 (MQ=255) tGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGtata > 1:2439478/1‑91 (MQ=255) gAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATaa > 1:1856592/1‑91 (MQ=255) | ATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATAAT > USA300TCH1516_ALE/1341731‑1341912 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |