New junction evidence | |||||||||||
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? | USA300TCH1516_ALE | 1368771 = | 103 (1.120) | intergenic (+175/+205) | USA300TCH1516_01277/lexA_1 | hypothetical protein/LexA repressor |
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
TGATGACAACAGATAAACCAAAAGATGCGGATATACTTGAACGCGTCAAAGATATACTTAATAAAAAAGAAAGAAAAAAATAATAATGGCTCGCTCCTGTAAATTATTACGGGGGCGAGTTTTAATTTGTGTAACATTTTGCAGAAATCTGTAATTCAAAATTTATATTAAAGAATGAG > USA300TCH1516_ALE/1368652‑1368830 | tgatgaCAACAGATAAACCAAAAGATGCGGATATACTTGAACGCGTCAAAGATATACTTAATAAAAAAGAAAGAAAAAAATAATAATGgct > 1:1286004/1‑91 (MQ=255) caaacagaaattgcgaattgttagataatctcattctttaatataaattttgaattacagatttctgcaaaatgttacacaaattaaaaCt < 1:421870‑M1/2‑1 (MQ=255) caaacagaaattgcgaattgttagataatctcattctttaatataaattttgaattacagatttctgcaaaatgttacacaaattaaaaCt > 1:3383296‑M1/90‑91 (MQ=255) caaacagaaattgcgaattgttagataatctcattctttaatataaattttgaattacagatttctgcaaaatgttacacaaattaaaaCt > 1:3383295‑M1/90‑91 (MQ=255) caaacagaaattgcgaattgttagataatctcattctttaatataaattttgaattacagatttctgcaaaatgttacacaaattaaaaCt > 1:3383202‑M1/90‑91 (MQ=255) gatgaCAACAGATAAACCAAAAGATGCGGATATACTTGAACGCGTCAAAGATATACTTAATAAAAAAGAAAGAAAAAAATAATAATGgctc > 1:127803/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |