| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1394937 | 92 (0.940) | 5 (0.060) | 5/132 | NT | 5.5% | intergenic (+17/‑464) | tqsA/mprF | AI‑2 transport protein TqsA/Phosphatidylglycerol lysyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1394951 | 95 (1.170) | intergenic (+31/‑450) | tqsA/mprF | AI‑2 transport protein TqsA/Phosphatidylglycerol lysyltransferase | |||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
GTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTT > USA300TCH1516_ALE/1394847‑1395027 | gTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAA < 1:1384521‑M1/91‑1 (MQ=255)gTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAA < 1:2159209‑M1/91‑1 (MQ=255) cAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACtat < 1:1636095/91‑1 (MQ=255) aaTCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACtata < 1:3895761/91‑1 (MQ=255) aaTCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACtata < 1:1334435/91‑1 (MQ=255) aTCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTatat > 1:82218/1‑91 (MQ=255) tCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATAtg < 1:1157725/91‑1 (MQ=255) tttCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATAtgttt < 1:1298676/91‑1 (MQ=255) cTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGtt > 1:1248748‑M2/1‑89 (MQ=255) aTGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttgg < 1:2012061‑M2/91‑5 (MQ=255) aTGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttgg > 1:2317346‑M2/1‑87 (MQ=255) aTGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttgg > 1:2318603‑M2/1‑87 (MQ=255) aTGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttgg < 1:43930‑M2/91‑5 (MQ=255) tGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggt > 1:2339762‑M2/1‑86 (MQ=255) tGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggt > 1:2423754‑M2/1‑86 (MQ=255) gTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAAcaaacatatagtcattggtat < 1:4009551‑M1/91‑22 (MQ=255) tAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatt < 1:519461‑M2/91‑9 (MQ=255) tAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatt < 1:370757‑M2/91‑9 (MQ=255) tAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggcatt < 1:3267041‑M2/91‑9 (MQ=255) atgatgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAAcaaacatatagtcattggtatttt < 1:1548854‑M1/91‑25 (MQ=255) atgatgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatttt > 1:4065639‑M2/1‑81 (MQ=255) atgatgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatttt > 1:1027831‑M2/1‑81 (MQ=255) tgatgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtattttt < 1:4092479‑M2/91‑12 (MQ=255) atgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAAcaaacatatagtcattggtatttttta < 1:3228741‑M1/91‑28 (MQ=255) atgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatttttta < 1:3661733‑M2/91‑14 (MQ=255) tgTAGGTGAATATGATATTAAAGAATGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtattttttat > 1:3865185‑M2/1‑77 (MQ=255) tgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAAcaaacatatagtcattggtattttttat < 1:3364294‑M1/91‑29 (MQ=255) tgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtattttttat < 1:1490776‑M2/91‑15 (MQ=255) gTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATg > 1:2126072/1‑91 (MQ=255) ggTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTg < 1:296552/91‑1 (MQ=255) gTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGc < 1:648095/91‑1 (MQ=255) tGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCt < 1:2659982/91‑1 (MQ=255) tatGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTtata > 1:1146865/1‑91 (MQ=255) atGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATaa > 1:279446/1‑91 (MQ=255) tGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAAt > 1:2747036/1‑91 (MQ=255) gATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATg > 1:3665031/1‑91 (MQ=255) atatTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGt > 1:3584801/1‑91 (MQ=255) atatTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGt < 1:3019561/91‑1 (MQ=255) atatTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGt < 1:963166/91‑1 (MQ=255) atatTAAAGAAAGTAATAAAATAATTGAATAAGAAATAAAAAATACCAATGACTATATGATTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGt > 1:3313888/1‑91 (MQ=255) tatTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGtt > 1:2759015/1‑91 (MQ=255) aaagaaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGc < 1:550104/91‑1 (MQ=255) gaaagTAATAAAATAGTTTAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGt < 1:1299037/91‑1 (MQ=255) gaaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGt < 1:1964332/91‑1 (MQ=255) gaaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGt < 1:2761932/91‑1 (MQ=255) gaaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGt < 1:2513629/91‑1 (MQ=255) gaaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGt < 1:1963580/91‑1 (MQ=255) gaaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGt < 1:4032979/91‑1 (MQ=255) aaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGtt < 1:2361057/91‑1 (MQ=255) aagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTa < 1:1743233/91‑1 (MQ=255) agTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTAc > 1:2976221/1‑91 (MQ=255) gTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACa > 1:1831223/1‑91 (MQ=255) ataaAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAttt > 1:1746152/1‑91 (MQ=255) ataaAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAttt > 1:888468/1‑91 (MQ=255) aaaTAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATg > 1:649576/1‑91 (MQ=255) aaaTAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATg > 1:650607/1‑91 (MQ=255) aaaTAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATg > 1:2743035/1‑91 (MQ=255) aaaTAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATg < 1:1381233/91‑1 (MQ=255) aaTAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGa < 1:3923380/91‑1 (MQ=255) gTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTAt < 1:3579995/91‑1 (MQ=255) tGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCa < 1:2785183/91‑1 (MQ=255) gAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAg < 1:1864562/91‑1 (MQ=255) 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ccAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATaaa > 1:2459737/1‑91 (MQ=255) aacaaacatatagtcattggtattttttattacttattcaactattttattactttctttaatatcatattcacctacatcattaccatag > 1:1248748‑M1/1‑2 (MQ=255) aaTGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAAtt < 1:1891415/91‑1 (MQ=255) acaaacatatagtcattggtattttttattacttattcaactattttattactttctttaatatcatattcacctacatcattaccataga > 1:2952434‑M1/1‑1 (MQ=255) aTGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAAttt > 1:2868857/1‑91 (MQ=255) aTGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAAttt > 1:2868248/1‑91 (MQ=255) | GTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTT > USA300TCH1516_ALE/1394847‑1395027 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |