| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1460298 | 79 (0.800) | 15 (0.190) | 10/128 | NT | 18.1% | intergenic (‑330/+70) | USA300HOU_RS07250/USA300HOU_RS07255 | hypothetical protein/putative CtpA‑like serine protease |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1460310 | 73 (0.930) | intergenic (‑342/+58) | USA300HOU_RS07250/USA300HOU_RS07255 | hypothetical protein/putative CtpA‑like serine protease | |||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
ATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACAATTTTAGTAGTGTGTATCGCTTATTTTAAAATATTAATCAA > USA300TCH1516_ALE/1460208‑1460388 | atAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATT < 1:2331098‑M1/91‑1 (MQ=255)atAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATT < 1:4010838‑M1/91‑1 (MQ=255) tAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTg < 1:3509415/91‑1 (MQ=255) tAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTg < 1:1329247/91‑1 (MQ=255) aGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGc < 1:2770960/91‑1 (MQ=255) gAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCt > 1:1722163/1‑91 (MQ=255) aaaTTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTa > 1:1755270/1‑91 (MQ=255) tGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCtt < 1:2034375/91‑1 (MQ=255) tGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCtt < 1:2229038/91‑1 (MQ=255) gCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAACTTGCTATCttt > 1:2705594/1‑91 (MQ=255) gCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTtgcaaagat < 1:440133‑M1/91‑10 (MQ=255) cGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTg < 1:1149180/91‑1 (MQ=255) cGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTg < 1:848585/91‑1 (MQ=255) gTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTtgcaaagatag < 1:3588833‑M1/91‑12 (MQ=255) 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tcatTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttagga > 1:887382‑M2/1‑82 (MQ=255) atTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttaggagg > 1:590825‑M2/1‑80 (MQ=255) atTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttaggagg > 1:591732‑M2/1‑80 (MQ=255) ttGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTtgcaaagatagcaatttaggaggcg < 1:470494‑M1/91‑26 (MQ=255) ttGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttaggaggcg > 1:126322‑M2/1‑78 (MQ=255) ttGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttaggaggcg > 1:1961226‑M2/1‑78 (MQ=255) ttGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttaggaggcg > 1:1396304‑M2/1‑78 (MQ=255) tGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttaggaggcgt > 1:1316750‑M2/1‑77 (MQ=255) tGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttaggaggcgt > 1:2446767‑M2/1‑77 (MQ=255) tAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTtgcaaagatagcaatttaggaggcgtgt < 1:676641‑M1/91‑29 (MQ=255) tAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttaggaggcgtgt < 1:2787457‑M2/91‑17 (MQ=255) aaaTGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTc > 1:1825991/1‑91 (MQ=255) aaTGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCa > 1:2611802/1‑91 (MQ=255) aaTGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCa > 1:2611890/1‑91 (MQ=255) aaTGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCa > 1:2611982/1‑91 (MQ=255) ttATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTtgcaaagatagcaatttaggaggcgtgtttatttttattg < 1:1420662‑M1/91‑41 (MQ=255) tatCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACataataat < 1:3803733/91‑1 (MQ=255) cTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACataataataat < 1:3427435/91‑1 (MQ=255) cTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTAGCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACataataataat < 1:820211/91‑1 (MQ=255) ttttAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACataataataata > 1:1077449/1‑91 (MQ=255) ttttAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACataataataata > 1:772175/1‑91 (MQ=255) tttAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATAc < 1:62848/91‑1 (MQ=255) ttAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACa > 1:281839/1‑91 (MQ=255) agagTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCGTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACAAt < 1:3394491/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |