| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1460298 | 79 (0.800) | 15 (0.190) | 10/128 | NT | 18.1% | intergenic (‑330/+70) | USA300HOU_RS07250/USA300HOU_RS07255 | hypothetical protein/putative CtpA‑like serine protease |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1460310 | 73 (0.930) | intergenic (‑342/+58) | USA300HOU_RS07250/USA300HOU_RS07255 | hypothetical protein/putative CtpA‑like serine protease | |||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACAATTTTAGTAGTGTGTATCGCTTATTTTAAAATATTAATCAACTTATCGAGAAC > USA300TCH1516_ALE/1460220‑1460400 | ttATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCa < 1:4086067/91‑1 (MQ=255)ttATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCa < 1:552366/91‑1 (MQ=255) tATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAa > 1:2661041‑M2/1‑90 (MQ=255) ttACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatt > 1:2547326‑M2/1‑87 (MQ=255) aCATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaattta < 1:3660611‑M2/91‑7 (MQ=255) catcatTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttag > 1:3156756‑M2/1‑84 (MQ=255) catcatTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttag < 1:2211756‑M2/91‑8 (MQ=255) catcatTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttag < 1:2211802‑M2/91‑8 (MQ=255) catcatTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttag < 1:2718432‑M2/91‑8 (MQ=255) atcatTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttagg > 1:2476026‑M2/1‑83 (MQ=255) atcatTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttagg < 1:3904031‑M2/91‑9 (MQ=255) tcatTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttagga < 1:245287‑M2/91‑10 (MQ=255) tcatTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttagga > 1:887382‑M2/1‑82 (MQ=255) atTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttaggagg > 1:590825‑M2/1‑80 (MQ=255) 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tatCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACataataat < 1:3803733/91‑1 (MQ=255) cTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTAGCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACataataataat < 1:820211/91‑1 (MQ=255) ttttAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACataataataata > 1:3671222/1‑91 (MQ=255) ttttAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACataataataata > 1:1077449/1‑91 (MQ=255) ttttAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACataataataata > 1:772175/1‑91 (MQ=255) tttAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATAc < 1:62848/91‑1 (MQ=255) ttAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAaatttaggaggcgtgtttatttttattgacgtctaac < 1:716782‑M2/91‑38 (MQ=255) ttAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACa < 1:1737572/91‑1 (MQ=255) ttAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACa > 1:281839/1‑91 (MQ=255) ttAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACa > 1:281509/1‑91 (MQ=255) agagTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCGTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACAAt < 1:3394491/91‑1 (MQ=255) aGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACAATTTtagt > 1:465070/1‑91 (MQ=255) gACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACAATTTtagta > 1:2306471/1‑91 (MQ=255) gACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACAATTTtagta > 1:2306381/1‑91 (MQ=255) cGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACAATTTTagtagt > 1:304520/1‑91 (MQ=255) gTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACAATTTTAGTAgtg > 1:3098142/1‑91 (MQ=255) 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aaataaaCACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACAATTTTAGTAGTGTGTATCGc > 1:2567529/1‑91 (MQ=255) aaataaaCACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACAATTTTAGGAGTGTGTATCGc < 1:3204706/91‑1 (MQ=255) aataaaCACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACAATTTTAGTAGTGTGTATCGCt < 1:22487/91‑1 (MQ=255) aataaaCACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACAATTTTAGTAGTGTGTATCGCt > 1:162954/1‑91 (MQ=255) ataaaCACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACAATTTTAGTAGTGTGTATCGCtt > 1:3010574/1‑91 (MQ=255) taaaCACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACAATTTTAGTAGTGTGTATCGCTTa > 1:2761619/1‑91 (MQ=255) taaaCACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACAATTTTAGTAGTGTGTATCGCTTa > 1:1882468/1‑91 (MQ=255) taaaCACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACAATTTTAGTAGTGTGTATCGCTTa > 1:1196019/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |