| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1494261 | 55 (0.560) | 7 (0.080) | 4/150 | NT | 11.2% | coding (7763/31266 nt) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1494291 | 59 (0.640) | coding (7733/31266 nt) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh | |||||
ACAGAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAG > USA300TCH1516_ALE/1494171‑1494351 | acaGAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTT > 1:843591‑M1/1‑91 (MQ=255)acaGAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTT > 1:843716‑M1/1‑91 (MQ=255) caGAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTtg > 1:3473024/1‑91 (MQ=255) aGAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTtgt > 1:2764317/1‑91 (MQ=255) cTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGtgctg > 1:1030397/1‑91 (MQ=255) ttGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCa < 1:2489093/91‑1 (MQ=255) ttGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCa > 1:2412381/1‑91 (MQ=255) tGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCAc > 1:29920/1‑91 (MQ=255) tGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCAc > 1:2321184/1‑91 (MQ=255) tGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCAc > 1:1407436/1‑91 (MQ=255) gTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACg > 1:4120320/1‑91 (MQ=255) gTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACg < 1:1384054/91‑1 (MQ=255) tAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGa > 1:2470079/1‑91 (MQ=255) aTTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACTAACtaaa < 1:781213/91‑4 (MQ=255) tttttAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACTAACtaaag < 1:3083145/91‑5 (MQ=255) tAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTttagttag > 1:2721755/1‑91 (MQ=255) aGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTtagttagt > 1:905473/1‑91 (MQ=255) gACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTg < 1:55102/91‑1 (MQ=255) gTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGt < 1:1271884/91‑1 (MQ=255) gTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGt < 1:3754280/91‑1 (MQ=255) ttACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTc > 1:1791798/1‑91 (MQ=255) tACTGATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagca < 1:3451015‑M1/91‑30 (MQ=255) tACTGATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagca < 1:3450978‑M1/91‑30 (MQ=255) tACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCa < 1:496381/91‑1 (MQ=255) aCTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAg > 1:2651995/1‑91 (MQ=255) cTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcaca < 1:3258236‑M1/91‑32 (MQ=255) cTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcaca < 1:3258090‑M1/91‑32 (MQ=255) cTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGa > 1:2568552‑M2/1‑90 (MQ=255) tAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaa < 1:3155361‑M1/91‑33 (MQ=255) aaTTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaa < 1:342659‑M2/91‑4 (MQ=255) aaTTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaa > 1:1326978‑M2/1‑88 (MQ=255) aaTTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAAACTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaa > 1:3591487‑M2/1‑88 (MQ=255) aTTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaac < 1:3069844‑M2/91‑5 (MQ=255) aTTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaac < 1:256339‑M2/91‑5 (MQ=255) ttGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaact > 1:1343920‑M2/1‑86 (MQ=255) tGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaaacta < 1:2511837‑M1/91‑37 (MQ=255) tGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaaacta < 1:2513530‑M1/91‑37 (MQ=255) gCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgt < 1:925031/91‑1 (MQ=255) cTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgtt > 1:1306784/1‑91 (MQ=255) attatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTtgttgt > 1:2601685/1‑91 (MQ=255) ttatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTtgtg < 1:1501453/91‑1 (MQ=255) tatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTgtgg > 1:909436/1‑91 (MQ=255) tatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTgtgg > 1:3377339/1‑91 (MQ=255) tatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTgtgg > 1:2435750/1‑91 (MQ=255) ttcttTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGtt > 1:715242/1‑91 (MQ=255) ttcttTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGtt < 1:81944/91‑1 (MQ=255) aTTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGc > 1:3794523/1‑91 (MQ=255) tttGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTc < 1:2737095/91‑1 (MQ=255) tGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCat < 1:3104143/91‑1 (MQ=255) gAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCatt > 1:1216332/1‑91 (MQ=255) aaTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTaa < 1:1777165/91‑1 (MQ=255) aaTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTaa < 1:745718/91‑1 (MQ=255) aTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAAt < 1:114385/91‑1 (MQ=255) aTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAAt > 1:1170594/1‑91 (MQ=255) aTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAAt > 1:1170407/1‑91 (MQ=255) tGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATc > 1:3608815/1‑91 (MQ=255) tGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATc > 1:2410200/1‑91 (MQ=255) ttAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACtt < 1:723005/91‑1 (MQ=255) ttAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACtt < 1:226084/91‑1 (MQ=255) tAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACttg > 1:609923/1‑91 (MQ=255) aGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGTGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACttgt < 1:3282333/91‑1 (MQ=255) aGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACttgt < 1:3036217/91‑1 (MQ=255) gCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACttgtt > 1:1552730/1‑91 (MQ=255) gATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGc > 1:2805437/1‑91 (MQ=255) aTCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCt < 1:1957196/91‑1 (MQ=255) cAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTc < 1:3241300/91‑1 (MQ=255) aaTCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCt > 1:2768897/1‑91 (MQ=255) tCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGt < 1:1973222/91‑1 (MQ=255) tCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGt > 1:3101199/1‑91 (MQ=255) tAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagcca < 1:2511837‑M2/91‑56 (MQ=255) tAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagcca < 1:2513530‑M2/91‑56 (MQ=255) tAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGtttt < 1:712559/91‑1 (MQ=255) tAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGtttt > 1:990078/1‑91 (MQ=255) tAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGtttt > 1:990011/1‑91 (MQ=255) tAGTTTGTGCGGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGtttt < 1:712508/91‑1 (MQ=255) aGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaa > 1:1343920‑M1/1‑5 (MQ=255) aGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTc > 1:3279692/1‑91 (MQ=255) gTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaat < 1:256339‑M1/91‑88 (MQ=255) gTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaat < 1:3069844‑M1/91‑88 (MQ=255) tttctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaaactaagtttgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaatt > 1:3591487‑M1/1‑3 (MQ=255) tttctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaatt < 1:342659‑M1/91‑89 (MQ=255) tttctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaatt > 1:1326978‑M1/1‑3 (MQ=255) tttGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGc > 1:1247662/1‑91 (MQ=255) tttGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGc > 1:1247661/1‑91 (MQ=255) ttGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaatta < 1:3155361‑M2/91‑60 (MQ=255) tgtgCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaattag < 1:3258090‑M2/91‑61 (MQ=255) tgtgCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaattag < 1:3258236‑M2/91‑61 (MQ=255) tctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaattag > 1:2568552‑M1/1‑1 (MQ=255) | ACAGAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAG > USA300TCH1516_ALE/1494171‑1494351 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |