| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1494261 | 55 (0.560) | 7 (0.080) | 4/150 | NT | 11.2% | coding (7763/31266 nt) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1494291 | 59 (0.640) | coding (7733/31266 nt) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh | |||||
ACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTGCGCATTATGCATTG > USA300TCH1516_ALE/1494201‑1494381 | aCTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAg > 1:2651995/1‑91 (MQ=255) cTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGa > 1:2568552‑M2/1‑90 (MQ=255) aaTTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaa < 1:342659‑M2/91‑4 (MQ=255) aaTTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaa > 1:1326978‑M2/1‑88 (MQ=255) aaTTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAAACTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaa > 1:3591487‑M2/1‑88 (MQ=255) aTTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaac < 1:3069844‑M2/91‑5 (MQ=255) aTTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaac < 1:256339‑M2/91‑5 (MQ=255) ttGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaact > 1:1343920‑M2/1‑86 (MQ=255) gCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgt < 1:925031/91‑1 (MQ=255) cTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgtt > 1:1306784/1‑91 (MQ=255) attatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTtgttgt > 1:2601685/1‑91 (MQ=255) ttatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTtgtg < 1:1501453/91‑1 (MQ=255) tatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTgtgg > 1:2435750/1‑91 (MQ=255) tatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTgtgg > 1:3377339/1‑91 (MQ=255) tatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTgtgg > 1:909436/1‑91 (MQ=255) ttcttTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGtt > 1:715242/1‑91 (MQ=255) ttcttTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGtt < 1:81944/91‑1 (MQ=255) aTTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGc > 1:3794523/1‑91 (MQ=255) tttGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTc < 1:2737095/91‑1 (MQ=255) tGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCat < 1:3104143/91‑1 (MQ=255) gAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCatt > 1:1216332/1‑91 (MQ=255) aaTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTaa < 1:745718/91‑1 (MQ=255) aaTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTaa < 1:1777165/91‑1 (MQ=255) aTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAAt < 1:114385/91‑1 (MQ=255) aTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAAt > 1:1170594/1‑91 (MQ=255) aTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAAt > 1:1170407/1‑91 (MQ=255) tGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATc > 1:2410200/1‑91 (MQ=255) tGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATc > 1:3608815/1‑91 (MQ=255) ttAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACtt < 1:226084/91‑1 (MQ=255) ttAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACtt < 1:723005/91‑1 (MQ=255) tAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACttg > 1:609923/1‑91 (MQ=255) aGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGTGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACttgt < 1:3282333/91‑1 (MQ=255) aGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACttgt < 1:3036217/91‑1 (MQ=255) gCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACttgtt > 1:1552730/1‑91 (MQ=255) gATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGc > 1:2805437/1‑91 (MQ=255) aTCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCt < 1:1957196/91‑1 (MQ=255) cAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTc < 1:3241300/91‑1 (MQ=255) aaTCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCt > 1:2768897/1‑91 (MQ=255) tCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGt > 1:3101199/1‑91 (MQ=255) tCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGt < 1:1973222/91‑1 (MQ=255) tAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagcca < 1:2511837‑M2/91‑56 (MQ=255) tAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagcca < 1:2513530‑M2/91‑56 (MQ=255) tAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGtttt > 1:990078/1‑91 (MQ=255) tAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGtttt > 1:990011/1‑91 (MQ=255) tAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGtttt < 1:712559/91‑1 (MQ=255) tAGTTTGTGCGGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGtttt < 1:712508/91‑1 (MQ=255) aGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTc > 1:3279692/1‑91 (MQ=255) tttGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGc > 1:1247662/1‑91 (MQ=255) tttGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGc > 1:1247661/1‑91 (MQ=255) ttGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaatta < 1:3155361‑M2/91‑60 (MQ=255) tgtgCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaattag < 1:3258236‑M2/91‑61 (MQ=255) tgtgCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaattag < 1:3258090‑M2/91‑61 (MQ=255) gtgCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGt > 1:2308364/1‑91 (MQ=255) tgctgcACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaatcagta < 1:3450978‑M2/91‑63 (MQ=255) tgctgcACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaatcagta < 1:3451015‑M2/91‑63 (MQ=255) gcACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGa < 1:386009/91‑1 (MQ=255) gcACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGa > 1:644748/1‑91 (MQ=255) gcACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGa < 1:387886/91‑1 (MQ=255) cACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGAt > 1:1453152/1‑91 (MQ=255) cACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGAt > 1:3977691/1‑91 (MQ=255) aCGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGAtt < 1:1234558/91‑1 (MQ=255) aaCTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATttgt < 1:3440450/91‑1 (MQ=255) cTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATttgttg > 1:2508446/1‑91 (MQ=255) cTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATttgttg < 1:1463337/91‑1 (MQ=255) tttAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATttgttgt < 1:1484072/91‑1 (MQ=255) tttAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATttgttgt < 1:3274915/91‑1 (MQ=255) ttagttagTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATttgttgtt < 1:3382122/91‑1 (MQ=255) ttagttagTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATttgttgtt < 1:3379512/91‑1 (MQ=255) ttagttagTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATttgttgtt > 1:456881/1‑91 (MQ=255) ttagttagTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTAGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCACTATTGATttgttgtt < 1:3529017/91‑1 (MQ=255) ttagtGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTgcgc < 1:1516285/91‑1 (MQ=255) ttagtGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACGTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTgcgc < 1:3596379/91‑1 (MQ=255) ttagtGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACATGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTgcgc < 1:3596504/91‑1 (MQ=255) agtGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTGCGCAt > 1:3295781/1‑91 (MQ=255) agtGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTGCGCAt < 1:2564494/91‑1 (MQ=255) agtGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTGCGCAt < 1:2636668/91‑1 (MQ=255) gTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTGCGCATTAtgc < 1:3764802/91‑1 (MQ=255) gTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTGCGCATTAtgc < 1:3764783/91‑1 (MQ=255) cAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTGCGCATTAtgcat < 1:2603522/91‑1 (MQ=255) cAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTGCGCATTAtgcat < 1:1022991/91‑1 (MQ=255) cAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTGCGCATTAtgcat < 1:2801883/91‑1 (MQ=255) gAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTGCGCATTAtgcattg > 1:3048352/1‑91 (MQ=255) | ACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTGCGCATTATGCATTG > USA300TCH1516_ALE/1494201‑1494381 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |