| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1507982 | 83 (0.840) | 21 (0.270) | 9/128 | NT | 23.0% | intergenic (‑407/+68) | ald1/ypcP | Alanine dehydrogenase 1/5'‑3' exonuclease |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1507993 | 74 (0.940) | intergenic (‑418/+57) | ald1/ypcP | Alanine dehydrogenase 1/5'‑3' exonuclease | |||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATATT > USA300TCH1516_ALE/1507893‑1508072 | taCTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAc > 1:2476726/1‑91 (MQ=255) aCTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAcc < 1:2656890/91‑1 (MQ=255) ctATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTg > 1:3671924/1‑91 (MQ=255) aTTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTa > 1:1024573/1‑91 (MQ=255) ttGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGTCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAAGACGCAAAAAGACTATTTCTACCGTGTAt < 1:1664011/91‑1 (MQ=255) ttGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTAt < 1:1057535/91‑1 (MQ=255) ttGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTAt < 1:2356744/91‑1 (MQ=255) ttGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTAt < 1:1458182/91‑1 (MQ=255) tGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATc > 1:54701/1‑91 (MQ=255) aTTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGa > 1:1909829/1‑91 (MQ=255) aatagatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAt > 1:3450200‑M1/64‑91 (MQ=255) aTCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtaga > 1:2825310‑M2/1‑87 (MQ=255) tCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAtcgatacaaggtagaa < 1:2915887‑M1/91‑17 (MQ=255) tCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaa < 1:1190304‑M2/91‑6 (MQ=255) cAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTTTATCGAtagaaa > 1:3184251‑M2/1‑85 (MQ=255) cAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaa > 1:3873849‑M2/1‑85 (MQ=255) cAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaa > 1:1567410‑M2/1‑85 (MQ=255) aaaTATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAtcgatacaaggtagaaat < 1:2229‑M1/91‑19 (MQ=255) aaTATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTGACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAtcgatacaaggtagaaata < 1:3401803‑M1/91‑20 (MQ=255) aaTATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAtcgatacaaggtagaaata < 1:3416239‑M1/91‑20 (MQ=255) aaTATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAtcgatacaaggtagaaata < 1:1157313‑M1/91‑20 (MQ=255) aaTATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAtcgatacaaggtagaaata < 1:3619844‑M1/91‑20 (MQ=255) aaTATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAtcgatacaaggtagaaata < 1:3641510‑M1/91‑20 (MQ=255) aaTATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaata < 1:2857871‑M2/91‑9 (MQ=255) aaTATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaata > 1:15293‑M2/1‑83 (MQ=255) atatGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAtcgatacaaggtagaaatag < 1:3038633‑M1/91‑21 (MQ=255) atatGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAtcgatacaaggtagaaatag < 1:233913‑M1/91‑21 (MQ=255) atatGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatag > 1:2472490‑M2/1‑82 (MQ=255) tatGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagt > 1:108345‑M2/1‑81 (MQ=255) atGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAtcgatacaaggtagaaatagtc < 1:2924716‑M1/91‑23 (MQ=255) atGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtc < 1:2529359‑M2/91‑12 (MQ=255) tGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtct > 1:1986590‑M2/1‑79 (MQ=255) tGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtct > 1:3749204‑M2/1‑79 (MQ=255) tGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtct > 1:3750719‑M2/1‑79 (MQ=255) tatctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAtcgatacaaggtagaaatagtcttt < 1:2620508‑M1/91‑26 (MQ=255) atctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtctttt < 1:1395125‑M2/91‑16 (MQ=255) atctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtctttt > 1:3438404‑M2/1‑76 (MQ=255) tctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtcttttt > 1:1558460‑M2/1‑75 (MQ=255) atttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCttttt > 1:3445913‑M1/49‑91 (MQ=255) ctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTta < 1:392079/91‑1 (MQ=255) tatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTtat < 1:2549491/91‑1 (MQ=255) tatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTtat < 1:817875/91‑1 (MQ=255) tatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTtat < 1:2107005/91‑1 (MQ=255) tatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTtat > 1:3798176/1‑91 (MQ=255) tatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTtat > 1:3798323/1‑91 (MQ=255) atcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTtata < 1:3802319/91‑1 (MQ=255) aaaaTTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACtt > 1:3983885/1‑91 (MQ=255) aaaaTTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACtt < 1:433425/91‑1 (MQ=255) ttCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAAtt > 1:3049808/1‑91 (MQ=255) cGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTgg < 1:535151/91‑1 (MQ=255) ggCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGt < 1:3279150/91‑1 (MQ=255) ggCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGt > 1:2813662/1‑91 (MQ=255) cTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGttt > 1:473086/1‑91 (MQ=255) cTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTACCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGttt > 1:2625339/1‑91 (MQ=255) tattCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAAtttt < 1:2235502/91‑1 (MQ=255) ctctGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATaa < 1:92893/91‑1 (MQ=255) ctctGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATaa < 1:2464330/91‑1 (MQ=255) gACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATc < 1:2116813/91‑1 (MQ=255) aCATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCt < 1:2787729/91‑1 (MQ=255) aCATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCt < 1:570174/91‑1 (MQ=255) aCATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCt < 1:2469045/91‑1 (MQ=255) cAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACtt > 1:1513081/1‑91 (MQ=255) cAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACtt > 1:4104630/1‑91 (MQ=255) cAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACtt > 1:2382002/1‑91 (MQ=255) aaaTACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACttt > 1:2242292/1‑91 (MQ=255) aaaTACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACttt < 1:3099353/91‑1 (MQ=255) aaaTACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAAAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACttt > 1:3490377/1‑91 (MQ=255) aaTACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACtttt < 1:1215023/91‑1 (MQ=255) aaTACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACtttt > 1:2497771/1‑91 (MQ=255) tACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTa > 1:562106/1‑91 (MQ=255) aCGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTaa > 1:1511900/1‑91 (MQ=255) cAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTATTTaaaaa > 1:73338/1‑91 (MQ=255) aaaaaGACTATTTCTAtcgatacaaggtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgataga < 1:1796265‑M1/91‑76 (MQ=255) AAATAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAAt > 1:3337897‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATg < 1:1325950‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATg < 1:2929347‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATg < 1:1734889‑M1/91‑1 (MQ=255) aaGACTATTTCTAtcgatacaaggtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatac < 1:3277879‑M1/91‑79 (MQ=255) aGACTATTTCTAtcgatacaaggtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagataca < 1:1112892‑M1/91‑80 (MQ=255) cTATTTCTAtcgatacaaggtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatat < 1:2872498‑M1/91‑83 (MQ=255) cTATTTCTAtcgatacaaggtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatat < 1:1097719‑M1/91‑83 (MQ=255) cTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatat < 1:235763‑M2/91‑72 (MQ=255) cTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatat < 1:1745676‑M2/91‑72 (MQ=255) tATTTCTAtcgatacaaggtagaaatagtctttgtgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatatt < 1:3398402‑M1/91‑84 (MQ=255) tATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatatt < 1:660029‑M2/91‑73 (MQ=255) tATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatatt < 1:1604909‑M2/91‑73 (MQ=255) tATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatatt < 1:1568017‑M2/91‑73 (MQ=255) aTTTCTAtcgatacaaggtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatattt > 1:812643‑M1/1‑7 (MQ=255) aTTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatattt < 1:1561786‑M2/91‑74 (MQ=255) ATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGaaa > 1:2554009‑M1/1‑91 (MQ=255) tttCTACCTTGTATCGAtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatatttg < 1:2558767‑M2/91‑75 (MQ=255) TTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAat > 1:3088634‑M1/1‑91 (MQ=255) ttCTAtcgatacaaggtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatatttga > 1:1644319‑M1/1‑5 (MQ=255) tCTAtcgatacaaggtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatatttgat < 1:2917865‑M1/91‑88 (MQ=255) tCTAtcgatacaaggtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatatttgat > 1:1839610‑M1/1‑4 (MQ=255) TCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAatat > 1:3589395‑M1/1‑91 (MQ=255) atcgatacaaggtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatatttgattaa < 1:3260737‑M1/91‑91 (MQ=255) ACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATAtt > 1:1187454‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATAtt > 1:1918174‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATAtt > 1:2193588‑M1/1‑91 (MQ=255) | TACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATATT > USA300TCH1516_ALE/1507893‑1508072 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |