| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1507982 | 83 (0.840) | 21 (0.270) | 9/128 | NT | 23.0% | intergenic (‑407/+68) | ald1/ypcP | Alanine dehydrogenase 1/5'‑3' exonuclease |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1507993 | 74 (0.940) | intergenic (‑418/+57) | ald1/ypcP | Alanine dehydrogenase 1/5'‑3' exonuclease | |||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
ATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATATTTTCCTGAAACA > USA300TCH1516_ALE/1507903‑1508083 | ttAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAt < 1:3260737‑M2/91‑2 (MQ=255) aatagatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAt > 1:3450200‑M1/64‑91 (MQ=255) aTCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtaga > 1:1839610‑M2/1‑87 (MQ=255) aTCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtaga > 1:2222330‑M2/1‑87 (MQ=255) cAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTTTATCGAtagaaa > 1:3184251‑M2/1‑85 (MQ=255) cAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaa > 1:1567410‑M2/1‑85 (MQ=255) cAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaa > 1:541852‑M2/1‑85 (MQ=255) aaTATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCACAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaata < 1:3398402‑M2/91‑9 (MQ=255) aaTATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaata < 1:2857871‑M2/91‑9 (MQ=255) atatGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatag < 1:2872498‑M2/91‑10 (MQ=255) atatGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatag < 1:1097719‑M2/91‑10 (MQ=255) tatGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagt > 1:108345‑M2/1‑81 (MQ=255) atGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtc < 1:2529359‑M2/91‑12 (MQ=255) tGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtct < 1:1112892‑M2/91‑13 (MQ=255) tGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtct > 1:1986590‑M2/1‑79 (MQ=255) tGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtct > 1:3750719‑M2/1‑79 (MQ=255) gTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtctt < 1:3277879‑M2/91‑14 (MQ=255) tctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtcttttt < 1:1795608‑M2/91‑17 (MQ=255) tctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtcttttt > 1:1558460‑M2/1‑75 (MQ=255) ctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTta < 1:391938/91‑1 (MQ=255) tatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTtat < 1:2549491/91‑1 (MQ=255) tatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTtat < 1:817875/91‑1 (MQ=255) tatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTtat > 1:3798246/1‑91 (MQ=255) tatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTtat > 1:3798523/1‑91 (MQ=255) tatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTtat < 1:2107005/91‑1 (MQ=255) atcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTtata > 1:234690/1‑91 (MQ=255) atcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTtata < 1:3802319/91‑1 (MQ=255) aaaaTTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACtt > 1:3983885/1‑91 (MQ=255) aaaaTTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACtt < 1:433425/91‑1 (MQ=255) aaTTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTaa > 1:3093731/1‑91 (MQ=255) cGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTgg < 1:535119/91‑1 (MQ=255) cGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTgg > 1:167958/1‑91 (MQ=255) ggCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGt > 1:1201541/1‑91 (MQ=255) ggCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGt > 1:2813662/1‑91 (MQ=255) cTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGttt > 1:473086/1‑91 (MQ=255) cTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTACCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGttt > 1:2625339/1‑91 (MQ=255) ttatttatTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACGTAATTGGTTTa > 1:3760217/1‑91 (MQ=255) tttattCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAAtt < 1:3952915/91‑1 (MQ=255) ttCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTc > 1:139782/1‑91 (MQ=255) tCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCa < 1:3438867/91‑1 (MQ=255) tCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCa > 1:709515/1‑91 (MQ=255) tCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCa < 1:1641489/91‑1 (MQ=255) cACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCAt > 1:3572538/1‑91 (MQ=255) aCTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATa < 1:2238255/91‑1 (MQ=255) ctctGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATaa < 1:92893/91‑1 (MQ=255) ctctGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATaa < 1:2464330/91‑1 (MQ=255) aCATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCt < 1:570174/91‑1 (MQ=255) aCATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCt < 1:2787729/91‑1 (MQ=255) aCATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCt < 1:2469045/91‑1 (MQ=255) aCATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCt < 1:1561720/91‑1 (MQ=255) tCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATAc < 1:768352/91‑1 (MQ=255) cAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACtt > 1:2188958/1‑91 (MQ=255) cAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACtt > 1:4104630/1‑91 (MQ=255) cAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACtt > 1:2382002/1‑91 (MQ=255) cAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACtt > 1:1513081/1‑91 (MQ=255) aaaTACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACttt < 1:3099406/91‑1 (MQ=255) aaaTACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAAAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACttt > 1:3490377/1‑91 (MQ=255) aaTACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACtttt > 1:258540/1‑91 (MQ=255) aaTACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACtttt > 1:2263073/1‑91 (MQ=255) aaTACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACtttt > 1:2497771/1‑91 (MQ=255) tACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTa > 1:562106/1‑91 (MQ=255) tACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTa > 1:3706157/1‑91 (MQ=255) 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cTATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatat < 1:1745676‑M2/91‑72 (MQ=255) CTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAACCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGa < 1:711820‑M1/91‑1 (MQ=255) tATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatatt < 1:3416239‑M2/91‑73 (MQ=255) tATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatatt < 1:3619844‑M2/91‑73 (MQ=255) tATTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatatt < 1:1604909‑M2/91‑73 (MQ=255) aTTTCTACCTTGTATCGAtagaaatagtctttttgcgtatttggatatgtcagagtgaataaataagccgaattttgatagatacatattt < 1:2229‑M2/91‑74 (MQ=255) ATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGaaa > 1:2554009‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGaaa < 1:1238714‑M1/91‑1 (MQ=255) 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ACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATAtt > 1:1917918‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATAtt > 1:1187454‑M1/1‑91 (MQ=255) cTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATAtttt > 1:1008949/1‑91 (MQ=255) cTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATAtttt > 1:2664222/1‑91 (MQ=255) tGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATATTTTcc < 1:1485973/91‑1 (MQ=255) tGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATATTTTcc < 1:119867/91‑1 (MQ=255) tGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATATTTTcc < 1:844570/91‑1 (MQ=255) tGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATATTTTcc < 1:2543565/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |