New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1535925 | 86 (0.870) | 6 (0.070) | 5/144 | NT | 7.0% | coding (711/1299 nt) | aroA | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1535948 | 82 (0.930) | coding (688/1299 nt) | aroA | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CCTGAACGTGTTGGATTGATTCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTGCTTCAATT > USA300TCH1516_ALE/1535836‑1536015 | ccTGAACGTGTTGGATTGATTCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATg < 1:795862/91‑1 (MQ=255) ccTGAACGTGTTGGATTGATTCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATg > 1:1110978/1‑91 (MQ=255) ccTGAACGTGTTGGATTGATTCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATg > 1:2825026/1‑91 (MQ=255) cTGAACGTGTTGGATTGATTCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGa < 1:3709763/91‑1 (MQ=255) tGAACGTGTTGGATTGATTCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAATGCTGCAGATGaa > 1:1679761/1‑91 (MQ=255) tGAACGTGTTGGATTGATTCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGaa > 1:346820/1‑91 (MQ=255) gAACGTGTTGGATTGATTCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGaaa > 1:1114898/1‑91 (MQ=255) aCGTGTTGGATTGATTCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAata < 1:146933/91‑1 (MQ=255) cGTGTTGGATTGATTCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAatat > 1:391210/1‑91 (MQ=255) gtgtTGGATTGATTCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATc > 1:3409161/1‑91 (MQ=255) gattgattCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAgg > 1:701938/1‑91 (MQ=255) tgattCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAAc < 1:1008914/91‑1 (MQ=255) attCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACAt < 1:2600772/91‑1 (MQ=255) ttCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATg > 1:247126/1‑91 (MQ=255) ttCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATg > 1:2269895/1‑91 (MQ=255) ttCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATg > 1:190494/1‑91 (MQ=255) ttCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATg > 1:2278988/1‑91 (MQ=255) tCCAACATTATTAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGa < 1:3761370/91‑1 (MQ=255) tCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGa < 1:1658568/91‑1 (MQ=255) aaCATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATtttcatgttcctggcgatatttca < 1:1489127‑M1/91‑25 (MQ=255) aaCATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATtttcatgttcctggcgatatttca < 1:317776‑M1/91‑25 (MQ=255) aaCATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAa < 1:307126‑M2/91‑2 (MQ=255) aaCATTAGGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAa > 1:2063090‑M2/1‑90 (MQ=255) ttATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAatctg > 1:2969520‑M2/1‑86 (MQ=255) ttATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAatctg < 1:2468017‑M2/91‑6 (MQ=255) ttATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAatctg < 1:1789337‑M2/91‑6 (MQ=255) tATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATtttcatgttcctggcgatatttcatctgc < 1:2321709‑M1/91‑30 (MQ=255) gAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAATATGAAAATCTGCAgg > 1:482159/1‑91 (MQ=255) aaTTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATtttcatgttcctggcgatatttcatctgcagcg < 1:1687483‑M1/91‑34 (MQ=255) aaTTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGt > 1:307348/1‑91 (MQ=255) aaTTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGt > 1:306209/1‑91 (MQ=255) aaTTGTGACATCACTTCCTGGTGTGCTACGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAAGATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGt < 1:1555515/91‑1 (MQ=255) aTTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATtttcatgttcctggcgatatttcatctgcagcgt < 1:315463‑M1/91‑35 (MQ=255) ttGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATACAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGttt > 1:3596336/1‑91 (MQ=255) ttGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATACAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGttt > 1:3596410/1‑91 (MQ=255) gTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTaa > 1:3907841/1‑91 (MQ=255) cATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTa < 1:1738589/91‑1 (MQ=255) cATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTa < 1:2263819/91‑1 (MQ=255) aTCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTAt > 1:3148884/1‑91 (MQ=255) aTCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTAt > 1:1012584/1‑91 (MQ=255) aTCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTAt > 1:1325582/1‑91 (MQ=255) aTCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTAt > 1:1323918/1‑91 (MQ=255) cACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCg < 1:1917702/91‑1 (MQ=255) cACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCg < 1:1917490/91‑1 (MQ=255) cACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCg < 1:1917476/91‑1 (MQ=255) cTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGaa < 1:3719156/91‑1 (MQ=255) ttCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAAt < 1:1078219/91‑1 (MQ=255) tCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAAtt < 1:1209828/91‑1 (MQ=255) ccTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTg > 1:2525539/1‑91 (MQ=255) ccTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTg > 1:2584103/1‑91 (MQ=255) ccTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTg < 1:4067567/91‑1 (MQ=255) tGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCt > 1:27057/1‑91 (MQ=255) ggTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCtt > 1:2399996/1‑91 (MQ=255) ggTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCtt > 1:2412400/1‑91 (MQ=255) 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aacaaTAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAAtt > 1:1225173/1‑91 (MQ=255) acaaTAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTg > 1:3054051/1‑91 (MQ=255) caaTAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGa > 1:820959/1‑91 (MQ=255) aaTAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGAt < 1:737418/91‑1 (MQ=255) aaTAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGAt > 1:4148581/1‑91 (MQ=255) aaTAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTGCAGGGGTTGTATTAATTGAt < 1:737296/91‑1 (MQ=255) aaGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAAcc > 1:287903/1‑91 (MQ=255) aaGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAAcc > 1:290858/1‑91 (MQ=255) 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gATtttcatgttcctggcgatatttcatctgcagcgttctttattgttgcagcacttatcacaccaggaagtgatgtaacaattcataatg < 1:1214763‑M1/91‑89 (MQ=255) ttttcatgttcctggcgatatttcatctgcagcgttctttattgttgcagcacttatcacaccaggaagtgatgtaacaattcctaatgtt > 1:2063090‑M1/1‑1 (MQ=255) tGAAATATCGCCAGGAACATGAAAatctgcagcgttctttattgttgcagcacttatcacaccaggaagtgatgtaacaattcataatgtt < 1:1489127‑M2/91‑68 (MQ=255) tGAAATATCGCCAGGAACATGAAAatctgcagcgttctttattgttgcagcacttatcacaccaggaagtgatgtaacaattcataatgtt < 1:317776‑M2/91‑68 (MQ=255) tGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTGCTTCAAtt > 1:3012666/1‑91 (MQ=255) tGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTGCTTCAAtt > 1:475946/1‑91 (MQ=255) | CCTGAACGTGTTGGATTGATTCCAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTGCTTCAATT > USA300TCH1516_ALE/1535836‑1536015 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |