New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1535925 | 86 (0.870) | 6 (0.070) | 5/144 | NT | 7.0% | coding (711/1299 nt) | aroA | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1535948 | 82 (0.930) | coding (688/1299 nt) | aroA | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTGCTTCAATTGGAATATTAAAATGTTTGAACAT > USA300TCH1516_ALE/1535858‑1536038 | cAACATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGaaa > 1:3630043/1‑91 (MQ=255) aaCATTAGGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAa > 1:2063090‑M2/1‑90 (MQ=255) cATTATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAatc < 1:1214763‑M2/91‑4 (MQ=255) ttATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAatctg < 1:1789337‑M2/91‑6 (MQ=255) ttATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAatctg > 1:2969520‑M2/1‑86 (MQ=255) ttATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAatctg < 1:2468017‑M2/91‑6 (MQ=255) ttATGAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAatctg < 1:2567501‑M2/91‑6 (MQ=255) gAATTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAATATGAAAATCTGCAgg > 1:482159/1‑91 (MQ=255) aaTTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGt > 1:306209/1‑91 (MQ=255) aaTTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGt > 1:1348617/1‑91 (MQ=255) aaTTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGt > 1:307348/1‑91 (MQ=255) aaTTGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGt < 1:1555707/91‑1 (MQ=255) aaTTGTGACATCACTTCCTGGTGTGCTACGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAAGATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGt < 1:1555515/91‑1 (MQ=255) ttGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATACAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGttt > 1:3596410/1‑91 (MQ=255) ttGTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATACAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGttt > 1:3596336/1‑91 (MQ=255) gTTACATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTaa > 1:3907841/1‑91 (MQ=255) cATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTa < 1:1738589/91‑1 (MQ=255) cATCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTa < 1:2263819/91‑1 (MQ=255) aTCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTAt > 1:3148884/1‑91 (MQ=255) aTCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTAt > 1:1012584/1‑91 (MQ=255) aTCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTAt > 1:1325582/1‑91 (MQ=255) aTCACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTAt > 1:1323918/1‑91 (MQ=255) cACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCg < 1:1917476/91‑1 (MQ=255) cACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCg < 1:1917490/91‑1 (MQ=255) cACTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCg < 1:1917702/91‑1 (MQ=255) cTTCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGaa < 1:3361711/91‑1 (MQ=255) ttCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAAt < 1:1078219/91‑1 (MQ=255) tCCTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAAtt < 1:1209828/91‑1 (MQ=255) ccTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTg > 1:2712519/1‑91 (MQ=255) ccTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTg > 1:2584103/1‑91 (MQ=255) ccTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTg > 1:2525539/1‑91 (MQ=255) ccTGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTg < 1:4067567/91‑1 (MQ=255) tGGTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCt > 1:27057/1‑91 (MQ=255) ggTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCtt > 1:2412400/1‑91 (MQ=255) ggTGTGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCtt > 1:2399996/1‑91 (MQ=255) gtgtGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTc < 1:3832199/91‑1 (MQ=255) gtgtGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTc > 1:58239/1‑91 (MQ=255) gtgtGATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTc > 1:1426740/1‑91 (MQ=255) tgtgATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCa < 1:2225609/91‑1 (MQ=255) tgATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAgg > 1:2999036/1‑91 (MQ=255) tgATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAgg < 1:2576771/91‑1 (MQ=255) tgATAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAgg > 1:2685199/1‑91 (MQ=255) aTAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAgggg > 1:4112374/1‑91 (MQ=255) aTAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAgggg < 1:2789498/91‑1 (MQ=255) aTAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAgggg < 1:2789063/91‑1 (MQ=255) aTAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAgggg > 1:3251080/1‑91 (MQ=255) tAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGt < 1:290132/91‑1 (MQ=255) tAAGTGCTGCAACAATAAAGAACGCCGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGt < 1:3855812/91‑1 (MQ=255) aaGTGCTGCAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGtt > 1:4121487/1‑91 (MQ=255) tgctgcAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTa < 1:1434384/91‑1 (MQ=255) tgcAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTa < 1:2608677/91‑1 (MQ=255) tgcAACAATAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTa < 1:2608591/91‑1 (MQ=255) caacaaTAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAAt < 1:764323/91‑1 (MQ=255) aacaaTAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAAtt > 1:1225255/1‑91 (MQ=255) aacaaTAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAAtt > 1:1225173/1‑91 (MQ=255) aacaaTAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAAtt < 1:906502/91‑1 (MQ=255) acaaTAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTg > 1:3054051/1‑91 (MQ=255) caaTAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGa > 1:820959/1‑91 (MQ=255) aaTAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGAt > 1:4148581/1‑91 (MQ=255) aaTAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGAt < 1:737418/91‑1 (MQ=255) aaTAAAGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTGCAGGGGTTGTATTAATTGAt < 1:737296/91‑1 (MQ=255) aaGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAAcc > 1:290858/1‑91 (MQ=255) aaGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGATTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAAcc > 1:3301226/1‑91 (MQ=255) aGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAAccc < 1:1103199/91‑1 (MQ=255) aGAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAAccc > 1:3711771/1‑91 (MQ=255) gAACGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCt > 1:2963737/1‑91 (MQ=255) aCGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAatctgcagcgttctttattgttgcagcacttatcacaccaggaagtgatgtaacaat < 1:315463‑M2/91‑58 (MQ=255) aCGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTc > 1:145600/1‑91 (MQ=255) cGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTCATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATCGATAACCCTTCt > 1:1593149/1‑91 (MQ=255) cGCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCt < 1:338591/91‑1 (MQ=255) gCTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTg < 1:2091516/91‑1 (MQ=255) cTGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTGc < 1:3405797/91‑1 (MQ=255) tGCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTGCt > 1:2623519/1‑91 (MQ=255) gCAGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAatctgcagcgttctttattgttgcagcacttatcacaccaggaagtgatgtaacaattcata < 1:2321709‑M2/91‑63 (MQ=255) aGATGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTGCTTCa > 1:4074149/1‑91 (MQ=255) tGAAATATCGCCAGGAACATGAAAatctgcagcgttctttattgttgcagcacttatcacaccaggaagtgatgtaacaattcataatgtt < 1:1489127‑M2/91‑68 (MQ=255) tGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTGCTTCAAtt > 1:475946/1‑91 (MQ=255) tGAAATATCGCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTGCTTCAAtt > 1:3012666/1‑91 (MQ=255) 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gCCAGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTGCTTCAATTGGAATATTa > 1:2619060/1‑91 (MQ=255) aGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTGCTTCAATTGGAATATTaaaa > 1:3564541/1‑91 (MQ=255) aGGAACATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTGCTTCAATTGGAATATTaaaa < 1:3116613/91‑1 (MQ=255) aaCATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTGCTTCAATTGGAATATTAAAATGt < 1:3940845/91‑1 (MQ=255) aCATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTGCTTCAATTGGAATATTAAAATGtt < 1:2412129/91‑1 (MQ=255) aCATGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTGCTTCAATTGGAATATTAAAATGtt < 1:2412446/91‑1 (MQ=255) tGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTGCTTCAATTGGAATATTAAAATGTTTGa > 1:1227449/1‑91 (MQ=255) tGAAAATCTGCAGGTTTAATGTATCGAATTGCTTCAGGGGTTGTATTAATTGATAACCCTTCTGCTTCAATTGGAATATTAAAATGTTTGa > 1:1410058/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |