| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1555341 | 82 (0.830) | 6 (0.070) | 4/140 | NT | 7.8% | intergenic (+37/+69) | USA300HOU_RS07605/ribU | Ferredoxin/Riboflavin transporter RibU |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1555365 | 70 (0.810) | intergenic (+61/+45) | USA300HOU_RS07605/ribU | Ferredoxin/Riboflavin transporter RibU | |||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTC > USA300TCH1516_ALE/1555251‑1555431 | tCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGG > 1:2786028‑M1/1‑91 (MQ=255) cTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGc > 1:1056577/1‑91 (MQ=255) cTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGc > 1:785191/1‑91 (MQ=255) cTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGc > 1:192234/1‑91 (MQ=255) cTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGc > 1:1469726/1‑91 (MQ=255) cTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGc > 1:524003/1‑91 (MQ=255) atATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGc < 1:1174371/90‑1 (MQ=255) tATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCa > 1:1433569/1‑91 (MQ=255) tAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGc < 1:696050/91‑1 (MQ=255) aaacTTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAATAGCAGGCAAGCt < 1:3205940/91‑1 (MQ=255) aaaaTTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCt < 1:37004/91‑1 (MQ=255) aaaTTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTa > 1:1738616/1‑91 (MQ=255) aaaTTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTa < 1:2975489/91‑1 (MQ=255) aTTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATc < 1:4124209/91‑1 (MQ=255) aTTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATc > 1:2865301/1‑91 (MQ=255) ttGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCg < 1:2526003/91‑1 (MQ=255) gCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGtt > 1:45307/1‑91 (MQ=255) gCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGtt > 1:713151/1‑91 (MQ=255) aGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTa > 1:2303747/1‑91 (MQ=255) aGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTa > 1:2689776/1‑91 (MQ=255) aGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTa > 1:3811332/1‑91 (MQ=255) aCGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTAtt > 1:576072/1‑91 (MQ=255) aTCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATa < 1:587011/91‑1 (MQ=255) tCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAg < 1:3747686/91‑1 (MQ=255) tCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAg > 1:3873686/1‑91 (MQ=255) cATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGt > 1:1108047/1‑91 (MQ=255) cATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGATTATTGATAGt > 1:3759246/1‑91 (MQ=255) gcgaatttcttgaaaagaagtgaatcaaattaaatcaaaataatatacacataataatAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTc > 1:2697453‑M1/59‑91 (MQ=255) aTTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTc > 1:1647720/1‑91 (MQ=255) tttGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCa > 1:1814758/1‑91 (MQ=255) tttGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCa > 1:716517/1‑91 (MQ=255) cgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataatAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCa > 1:1078326‑M1/58‑91 (MQ=255) cgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataatAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCa > 1:1078625‑M1/58‑91 (MQ=255) ttGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGtgactatcaataaacgatagcttgc < 1:3748601‑M1/91‑26 (MQ=255) ttGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCAc < 1:1139212‑M2/91‑2 (MQ=255) ttGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCAc < 1:1143212‑M2/91‑2 (MQ=255) tGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCAcc > 1:1947038‑M2/1‑89 (MQ=255) tGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCAcc > 1:3467081‑M2/1‑89 (MQ=255) gATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGtgactatcaataaacgatagcttgcct < 1:851130‑M1/91‑28 (MQ=255) gATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGtgactatcaataaacgatagcttgcct < 1:803758‑M1/91‑28 (MQ=255) gATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCAcct > 1:717828‑M2/1‑88 (MQ=255) tGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCAcctgc < 1:1099326‑M2/91‑6 (MQ=255) ggggACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCAcctgct < 1:88268‑M2/91‑7 (MQ=255) gggACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCAcctgctt < 1:2529322‑M2/91‑8 (MQ=255) tgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataatAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCtttt > 1:2778334‑M1/49‑91 (MQ=255) gACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGtgactatcaataaacgatagcttgcctgctttt < 1:4076937‑M1/91‑34 (MQ=255) gACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCAcctgctttt < 1:1714768‑M2/91‑10 (MQ=255) gCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttat < 1:1870375/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttatt < 1:2109033/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttatt < 1:1371536/91‑1 (MQ=255) ttAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttattat < 1:2410787/91‑1 (MQ=255) aaaaTTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttattatta > 1:1206092/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttattatta > 1:1504012/1‑91 (MQ=255) tttGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTAtgtg < 1:1876271/91‑1 (MQ=255) tttGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTAtgtg < 1:25032/91‑1 (MQ=255) ttGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATgtgt > 1:794474/1‑91 (MQ=255) ttGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATgtgt > 1:2432479/1‑91 (MQ=255) tGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGta > 1:2212359/1‑91 (MQ=255) gAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTGACCTGCTTTTTATTATTATGTGtat > 1:2472880/1‑91 (MQ=255) gAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGtat > 1:2659861/1‑91 (MQ=255) atTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTAGTATTATGTGTAtattat > 1:3556068/1‑91 (MQ=255) ttttttAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGc > 1:3034925/1‑91 (MQ=255) ttttttAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGc < 1:2587624/91‑1 (MQ=255) ttttttAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGc < 1:2237731/91‑1 (MQ=255) ttttttAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGc > 1:3034809/1‑91 (MQ=255) ttttttAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGc < 1:1763231/91‑1 (MQ=255) aGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAAt > 1:292319/1‑91 (MQ=255) aaaTGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGa > 1:2631366/1‑91 (MQ=255) gTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTaa < 1:1207473/91‑1 (MQ=255) gTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTaa < 1:370975/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |