New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1600425 = | 109 (1.110) | 14 (0.150) | 10/152 | NT | 12.3% | intergenic (‑61/+205) | USA300HOU_RS07900/USA300HOU_RS07910 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1600453 = | 97 (1.040) | intergenic (‑89/+177) | USA300HOU_RS07900/USA300HOU_RS07910 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
ATGTTGTTCAGTTTTAATATTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTGCGATACTTGCGAATCC > USA300TCH1516_ALE/1600335‑1600513 | atGTTGTTCAGTTTTAATATTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCa < 1:258800/91‑1 (MQ=255) atGTTGTTCAGTTTTAATATTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCa < 1:1441377/91‑1 (MQ=255) tgttgtTCAGTTTTAATATTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCAc > 1:240569/1‑91 (MQ=255) tgtacttcactacagcatggtcaattgcgggattcgcaagtatcgcaacattcatatactacaaagaatacttttatgaagaataaaaaaa < 1:518924‑M1/1‑1 (MQ=255) gttgttCAGTTTTAATATTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACt < 1:2393467/91‑1 (MQ=255) ttgttCAGTTTTAATATTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTg < 1:2079912/91‑1 (MQ=255) tgttCAGTTTTAATATTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGt > 1:3338014/1‑91 (MQ=255) gttCAGTTTTAATATTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGtt < 1:855224/91‑1 (MQ=255) ttCAGTTTTAATATTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTa < 1:2285795/91‑1 (MQ=255) ttCAGTTTTAATATTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTa > 1:1399880/1‑91 (MQ=255) tCAGTTTTAATATTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTAc < 1:1872130/91‑1 (MQ=255) tCAGTTTTAATATTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTAc < 1:1871931/91‑1 (MQ=255) tCAGTTTTAATATTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTAc > 1:681261/1‑91 (MQ=255) gTTTTAATATTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACttg < 1:2955654/91‑1 (MQ=255) tttAATATTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTCTTACttgtt < 1:2082500/91‑1 (MQ=255) tAATATTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGa < 1:1033594/91‑1 (MQ=255) aaTATTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGAc > 1:3738787/1‑91 (MQ=255) atatTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACg < 1:1960288/91‑1 (MQ=255) atggtcaattgcgggattcgcaagtatcgcaacattcatatactacaaagaatacttttatgaagaataaaaaaACTGCTACTTGTTGACg > 1:1797050‑M1/75‑91 (MQ=255) tggtcaattgcgggattcgcaagtatcgcaacattcatatactacaaagaatacttttatgaagaataaaaaaACTGCTACTTGTTGACGc > 1:1206686‑M1/74‑91 (MQ=255) atTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATCAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCa > 1:182576/1‑91 (MQ=255) atTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCa > 1:643754/1‑91 (MQ=255) ttttCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCaa > 1:2301401/1‑91 (MQ=255) ttttCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCaa > 1:984875/1‑91 (MQ=255) ttCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGt < 1:2533467/91‑1 (MQ=255) tCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTa > 1:1949865/1‑91 (MQ=255) tCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTa < 1:992164/91‑1 (MQ=255) cAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAg < 1:1347522/91‑1 (MQ=255) cAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAg < 1:1557439/91‑1 (MQ=255) cAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAg < 1:3792029/91‑1 (MQ=255) cAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAg < 1:109014/91‑1 (MQ=255) cAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAg < 1:2165355/91‑1 (MQ=255) cAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTCGACGCAAGTAg < 1:2415555/91‑1 (MQ=255) attgcgggattcgcaagtatcgcaacattcatatactacaaagaatacttttatgaagaataaaaaaACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAg > 1:599065‑M1/68‑91 (MQ=255) gCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCa > 1:760343/1‑91 (MQ=255) ccATAGTTGACTACCTCCGTATACTTTGACTTAGTTAAGTTGTATA‑TTTTGCTAAATGTTCGTCACTGTTCCTTGTTGACGCAAGTAGCAg > 1:1837100/1‑91 (MQ=37) cATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGt > 1:391366/1‑91 (MQ=255) cgggattcgcaagtatcgcaacattcatatactacaaagaatacttttatgaagaataaaaaaACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGt > 1:654875‑M1/64‑91 (MQ=255) tAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGttt < 1:3438697/91‑1 (MQ=255) ggattcgcaagcattggaacattcatatactacaaagaatacttttatgaagaataaaaaaACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGttt > 1:3967655‑M1/62‑91 (MQ=255) ggattcgcaagcattggaacattcatatactacaaagaatacttttatgaagaataaaaaaACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGttt > 1:1664474‑M1/62‑91 (MQ=255) gTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGttttt > 1:876340/1‑91 (MQ=255) gTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGttttt < 1:642647/91‑1 (MQ=255) attcgcaagtatcgcaacattcatatactacaaagaatacttttatgaagaataaaaaaACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGttttt > 1:872971‑M1/60‑91 (MQ=255) gACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGTAGTTTTTTTa > 1:1682060/1‑91 (MQ=255) gcaagtatcgcaacattcatatactacaaagaatacttttatgaagaataaaaaaACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTAt > 1:2841187‑M1/56‑91 (MQ=255) tACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTaaga > 1:607546/1‑88 (MQ=255) tACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTAttc < 1:1030903/91‑1 (MQ=255) tACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTAttc > 1:1445298/1‑91 (MQ=255) tACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTAttc < 1:2604968/91‑1 (MQ=255) ccTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTAttctt > 1:3235783/1‑91 (MQ=255) ccTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTAttctt > 1:3236022/1‑91 (MQ=255) cGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATa > 1:2643024/1‑91 (MQ=255) gTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATaa < 1:3971076/91‑1 (MQ=255) gTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATaa < 1:3038447/91‑1 (MQ=255) tataTTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATaaa < 1:2174780/91‑1 (MQ=255) tatTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAg < 1:1962878/91‑1 (MQ=255) tatTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAg < 1:306793/91‑1 (MQ=255) atTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGt < 1:2755688/91‑1 (MQ=255) ttttGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTa < 1:2790245/91‑1 (MQ=255) tttGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTAt > 1:374533/1‑91 (MQ=255) aTTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCtt < 1:2099669/91‑1 (MQ=255) aTTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCtt > 1:4061115/1‑91 (MQ=255) ttaattaaGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTg < 1:4006597/91‑1 (MQ=255) attaaGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTgtag > 1:474665/1‑91 (MQ=255) ttaaGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTgtagt > 1:3258998/1‑91 (MQ=255) ttaaGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTgtagt > 1:3258854/1‑91 (MQ=255) aaGTTGTATATTTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTgtagta < 1:1867668/91‑1 (MQ=255) aGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGtata < 1:2664727/91‑1 (MQ=255) aGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGtata > 1:1192509/1‑91 (MQ=255) 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tGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTGCGATACTTGCGAAt < 1:2184982/91‑1 (MQ=255) gTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTGCGATACTTGCGAATc < 1:553295/91‑1 (MQ=255) gTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTGCGATACTTGCGAATc < 1:545214/91‑1 (MQ=255) tCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTGCGATACTTGCGAATcc > 1:3798902/1‑91 (MQ=255) tCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTGCGATACTTGCGAATcc > 1:288559/1‑91 (MQ=255) tCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTGCGATACTTGCGAATcc < 1:1852393/91‑1 (MQ=255) | ATGTTGTTCAGTTTTAATATTTTCAGCCATAGTTGACTACCTCCGTATATTTTGATTTAATTAAGTTGTATA‑TTTTGATAAATGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTGCGATACTTGCGAATCC > USA300TCH1516_ALE/1600335‑1600513 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |