| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1614319 = | 93 (0.950) | 8 (0.090) | 6/150 | NT | 8.7% | intergenic (+14/+64) | USA300HOU_RS08000/xerD_3 | hypothetical protein/Tyrosine recombinase XerD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1614368 = | 81 (0.880) | intergenic (+63/+15) | USA300HOU_RS08000/xerD_3 | hypothetical protein/Tyrosine recombinase XerD | |||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
ACATGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATA > USA300TCH1516_ALE/1614229‑1614409 | acaTGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaa > 1:929979/1‑91 (MQ=255)acaTGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaa > 1:885969/1‑91 (MQ=255)acaTGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaa > 1:2325818/1‑91 (MQ=255)acaTGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaa > 1:2980548/1‑91 (MQ=255)acaTGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaa > 1:1405919/1‑91 (MQ=255) ctacccaactctatacacatgtttcgaaatctcaaattagaaaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcaa > 1:2103540‑M1/90‑91 (MQ=255) tacccaactctatacacatgtttcgaaatctcaaattagaaaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcaaa > 1:1056376‑M1/89‑91 (MQ=255) aTGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaaaa < 1:1064830/91‑1 (MQ=255) aTGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaaaa < 1:3030813/91‑1 (MQ=255) tGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaaaaa > 1:1829901/1‑91 (MQ=255) tGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaaaaa < 1:1575431/91‑1 (MQ=255) tGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaaaaa > 1:3787188/1‑91 (MQ=255) gcgcCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAg < 1:1067126/91‑1 (MQ=255) gcatgTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGc > 1:1261756/5‑91 (MQ=255) cgcCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGc > 1:1013766/1‑91 (MQ=255) gcCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGcc < 1:1198345/91‑1 (MQ=255) gcCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGcc < 1:1196954/91‑1 (MQ=255) gcCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGcc < 1:847426/91‑1 (MQ=255) gcCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGcc < 1:1894121/91‑1 (MQ=255) gcCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGcc < 1:1893610/91‑1 (MQ=255) ccGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCca > 1:3911594/1‑91 (MQ=255) ccGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCca > 1:3055617/1‑91 (MQ=255) ccGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCca < 1:964671/91‑1 (MQ=255) gTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCcaca > 1:2818068/1‑91 (MQ=255) gTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCcaca > 1:2817628/1‑91 (MQ=255) tGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACaa > 1:867734/1‑91 (MQ=255) tCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGcaca > 1:4026227/1‑91 (MQ=255) tCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGcaca > 1:2315803/1‑91 (MQ=255) aaGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACa < 1:3373147/91‑1 (MQ=255) gTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACAtt < 1:2940947/91‑1 (MQ=255) gATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACAtttt < 1:2196897/91‑1 (MQ=255) gATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACAtttt < 1:2201008/91‑1 (MQ=255) gcagcaAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGt > 1:1723960/1‑91 (MQ=255) gcagcaAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGt < 1:919207/91‑1 (MQ=255) cagcaAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTc > 1:1683954/1‑91 (MQ=255) aaaGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCAtgtg > 1:3783600/1‑91 (MQ=255) aagaagaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATgtgt < 1:1750887/91‑1 (MQ=255) agaaaaatgtataaccattttcatcctagagcataaagtgaacaataactcAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTAtt > 1:3552466‑M1/52‑91 (MQ=255) agaaaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTAtt > 1:2900629‑M1/52‑91 (MQ=255) aagaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTAtt < 1:2702347/91‑1 (MQ=255) aagaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTAtt < 1:2702383/91‑1 (MQ=255) gaaaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtg > 1:229740‑M1/51‑91 (MQ=255) gaaaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtg > 1:1656287‑M1/51‑91 (MQ=255) gaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtgt > 1:1669238/1‑91 (MQ=255) aaaaatgtataaccaatttcatcctagagcatagagtgaacaataactcAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtgt > 1:3685692‑M1/50‑91 (MQ=255) aagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtgtg > 1:212015/1‑91 (MQ=255) aagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtgtg > 1:1614528/1‑91 (MQ=255) agCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGa > 1:3571565/1‑91 (MQ=255) agCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGa < 1:1364954/91‑1 (MQ=255) aaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGa > 1:340765‑M1/48‑91 (MQ=255) gCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATCGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGAc > 1:3531102/1‑91 (MQ=255) gCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGAc > 1:1627566/1‑91 (MQ=255) atgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACt > 1:2734297‑M1/46‑91 (MQ=255) attaaattaaGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACttt < 1:453672/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |